令博士难以做出选择的原因并不是源石并不是源石最终会毁灭现文明。而是博士双目所见到的，源石带给这片大地带来的苦难。
从剧情来看，如果要在两个文明间做出选择，博士肯定是选择前文明的。但源石带给现文明人们的创伤和痛苦令博士陷入了自责与煎熬之中。他想赎罪，可矿石病无法治愈，那就只能消除源石了。但这一行为又会让数亿同胞的努力付之一炬。
如果没有矿石病，博士一定会毫不犹豫地选择隐瞒源石灭世这件事吧。让大家没有痛苦地被源石“拯救”。

是泰拉就是顶过去了源石，最后还是会被祂绞杀。
如果你泰拉不被绞杀，那前文明也不会覆灭要靠源石
如果最后还是要被绞杀，那不如还是按照源石计划执行下去算了

博士本来很努力解决源石病问题的，因为解决源石病对前文明的源石计划其实没啥影响，但能减轻泰拉小猫小狗的痛苦。
真正出问题的是特蕾西娅给博士展示了一手源石消失术，这是博士完全不能接受的事情，你把源石全变没了我前文明火种咋办？所以博士才跟巴别塔爆了

根本就没有两个文明间做选择这种说法，源石计划只是文明的一种保存手段，实际上大家最后都要GG，只是源石能把这些文明带给后来者以延续。所以博士只是在以下两者之间做选择。1.阻止源石计划，相信泰拉人能顶住末日（可能性几乎为0）。2.推进源石计划，至少文明能得以保存（成功率较高）。从理性角度博士只能选择2，并不是博士在前文明和现文明之间做出了选择，如果现文明有办法能顶住末日的话博士也会选择现文明，但博士认为不可能，所以只能以大局为重。