水淹商业街77号仓库的支线，任务是一个小女孩那里领的。首先要修复排水系统，就能下到最底层角落里的77号仓库。
一进门的尸体上捡到记忆棒，内容为“她来了，骂我们是叛徒”（忘记截图了）。之后还有几个记忆棒，大体为不想进摇篮，凶手因为这些人不想进摇篮而追杀他们。
男女主对话之间分析不是空降部队所为，更像是一个地球上埃多斯人精锐战士干的。结合几个记忆棒的内容，真相只能是奥尔科的护卫那几个阿姨干的了。
之前还有一个希雍的支线，讲的是一个反摇篮的项目-方舟，类似于邪教，把几个信众关闭在一处设施直至电量耗尽。可见希雍城内信奉奥尔科和反奥尔科的阵营都有一部分人有极端的思想和行为。
回到交任务的小女孩处，小女孩告知是替一个高大戴面具的人传话。那么这个人应该是曼恩了，他自己不便出马是因为阿姨们都是他的同党。可见曼恩虽为奥尔科
贴身保镖
，手法却不至于像阿姨那么极端。

自来水😂

xion的摇篮的真正目的游戏里也没明说。一开始的告示板有个替丈夫去看一下妻子的任务，去了的留言是叫丈夫快跑，当时以为摇篮有黑幕，但到结局也没发生什么

77仓库这个算是一条暗线，能分析的非常多。
首先委托人就是曼恩，这没错，杀人的也是大肚皮保镖，不过我得出的结论和楼主不同。
Xion内部其实也有分裂，曼恩和老先知是一派的，而大肚皮杀手们虽明面上是老先知的人，但实际并不能100%代表老先知立场，结合男主的阿尔法孽奇拔词条和主线里他一些话里有话的台词(比如刚认识时候Eve问他为什么救她Adam回答我也不知道就是隐隐约约觉得该去救之类的)，可以推测包括男主苏醒、埃多斯式人救老先知以及Xion的建立都是母主领域精心策划的，而侧面引导和控制男主和老先知的团体就是大肚皮杀手这帮人——这帮人在Xion的小市民流言里也是神秘的存在，大伙儿不知道他们的来历，甚至怀疑是孽奇拔，加上正是大肚皮守着卢瓦禁地，他们身份肯定不简单。

我觉得是卖鱼胜，角色简介里卖鱼胜就是身材高大，而且放水后卖鱼胜就立刻出任务要你去找酒喝，他是怎么知道艾多斯7号被放水，放水后的商业街一共3个npc出任务，其中两个是实地派任务，只有卖鱼胜是在主城派任务，感觉此地无银三百两

其次还有一个佐证，也是游戏里各种小文件，看出老先知对待反对他的组织是非常手软的，这和曼恩委托Eve调查77号仓库让取回记忆棒的目的相符。基本可以推测，大肚皮杀手一派是想让老先知狠一点，但是老先知偏不，拗不过最后也只是流放，出了Xion地盘之后杀手们就不听老先知的了，又是77号仓库又是大沙漠的，能杀就杀。老先知最推心置腹的身边就只有曼恩，而他委托Eve说身份敏感不能露面也正是于此——老先知其实被垂帘听政了。

最后还有一个值得说道的，就是楼主提到的cult。这个cult虽然表面上看跟人类解放阵线差不多都是反对老先知，但你仔细看看他们的文档，以及大沙漠日光塔附近断桥尽头的隐藏剧情，这个cult其实是有自己的独特信仰的，这个独特信仰在游戏里表述得非常模糊，能确定是一个“天使”，而且这个天使进化了，会让信众变成“飞升者”，这个信众借此洞悉了母主领域的计划并写成了预言式的教义，这个教义里面精准写出了游戏的三个结局(名称和结局奖杯一一对应)，并且其中有一条写到“记忆失落的代价必将降临”，这个就是牵手且小百合死亡的结局，所以极有可能这个指出了母主领域真正的计划(我看不懂，但我大为震撼)。
这个时候，你会不会想到Adam说的“这次可不能跟上次一样……”？
没细想之前，我觉得这个上一次指的是渡鸦，但其实，指的是这个cult的新神，一个没有在这部游戏里出场过的上一代Eve——这个Eve因为某种原因结合失败，成为了一个类似《控制》这款游戏里的希斯一样的怪物，有可能是第六次、第五次……总之是一个先例，这个极有可能是续作的伏笔。

那些人的遗言说了是被“她”追杀，杀人凶器不是天使的，而是人类精英士兵的，凶手肯定就是蒙面三姐妹之一。

至于摇篮计划，游戏里其实明说了，就是为了解决Xion的能源危机，把人放摇篮里仅提供最低限度的电，随着游戏进程，拿到越来越多的电池，摇篮里的人真的也都放出来了，所以应该是没有什么阴谋的。
这个时候你可能要问了，那亚伦的支线呢？他不是看见护卫队偷偷运送活的孽奇拔进去吗？
如果摇篮计划是用于做孽奇拔结合实验，那么随着找到电池开放摇篮，这个计划肯定要败露，这是再简单不过的逻辑，如果做了实验，出来的人肯定比进去的人少，而游戏里完全没有这方面的支线和文档，有的只是大伙儿对关进摇篮这件事的怀疑。
这其实就是剑星编剧上常用的误导性烟雾弹，上面说过的cult和人类解放阵线是一个例子，这次也是个例子。你以为游戏里写到的伏笔就一定指向事实吗？沙漠反抗者集结的支线结束时Adam
锐评
了一句，这个世界就是会存在阴谋论，事实也并不是非黑即白，全看你怎么定夺。cult和人类解放阵线的烟雾弹在误导你认为老先知城府极深，但我上面解析过了老先知真的是好人，同理，亚伦窥见的这个也是一个误导，因为摇篮计划的成功实施——从开启到释放——已经让针对摇篮计划的谣言都不攻自破了。
所以我说那些个评论剑星剧本无聊的自媒体啊真的是……这个游戏明明在塑造世界上非常注重细节的，就看你玩的时候细不细心思不思考了

我觉得不能说谁好谁坏，双方都干过坏事，一个搞人体实验害好多人变怪物，一个降落殖居地砸死人无数，双方都没有人性，引用刘慈欣的话，失去人性失去很多，失去兽性，失去一切。在生死存亡时，任何道德底线都是空话，人类到底是机械飞升还是生物进化现在也没法给出正确答案，唯一肯定的是旧神早晚被新神取代，唯有时间永恒。

水水更健康

在大沙漠有两个哨兵尸体上的记忆棒描述很有意思，一个桥墩下面的说必须要保证先知奥尔科的安全，他的道路是
正确的
，这样希雍才有希望。另外一个桥上的则说希雍是一台巨大的机器，每个人（无论是哨兵，居民，甚至奥尔科本身）都是维持它运转的零件，不必要的就可以抛弃。

打了三个周目越打越奇怪，怎么玩的越多，剧情就越连不起来了呢。