韩儒因为自己学艺不精，将朱子理气论的概念性论述和实在性论述相混同，所以产生出误解，由此发展出“主理”和“主气”两大流派，互相论争竟长达约500年！朱子明明讲：“此本无先后之可言，然必欲推其所从来，则需说先有是理。然理又非别为一物，即存乎是气之中，无是气，则是理亦无挂搭处”(《朱子语类》卷一)——即是说我们从概念上规定理在气先，但是在实际的现象中，乃至认识上，理是寓于气中，不可分割的，所以也可以说是气在理先。朱子为了进一步论证二者之间的辩证关系，又阐述道：“若论本源，即有理然后有气，故理不可以偏全论。若论禀赋，则有是气，而后，理随以具，故有是气则有是理，无是气则无是理。”(《答赵致道》，《朱子文集》卷五十九)——这句话的意思非常明了了，即是说，理与气，实在上是互相混同，无法分开来的，但是在概念上我们又不能不将二者加以区分，既要加以区分，又要认识上、实践上加以统一，这就是朱子学说的实践论或者说方法论。
何谓“理一分殊”？朱子说的理有两层意思：第一是普遍性的，非言某一具体事物的，抽象的“理”，这就叫做“理一”，这个理是概念上的理；第二是寓于万事万物中的，具体的，分别而言的“理”，这就叫做“分殊”，这个理是实在的理。概念上的理是不变的，不动的；实在的理是因事而异的，有造作的。后世浅学之人未能将朱子这两层意思区分开来，所以产生出许多误解。