西元1249年,法王路易九世发动十字军攻占埃及港口达米埃塔(دمياط),苏丹阿兹-萨利赫.艾尤布(الصالحأيوب)适逢重病过世,其子嗣皆遭马穆鲁克杀害,马穆鲁克另外拥立了艾尤布之妻珊扎.阿尔-都尔(شجرالدر)为苏丹,成为伊斯兰世界罕见的女苏丹。珊扎派遣马穆鲁克出身的巴伊巴尔斯(بيبرس)将军发动反击,马穆鲁克的攻势势如破竹,一举俘虏路易九世,而路易九世则同意缴纳四万里弗尔(Livretournois,古代法国货币)以为赎金。由于阿拔斯朝哈里发与叙利亚诸国拒绝承认珊扎女苏丹之合法地位,为解除外界政治压力珊扎决定下嫁马穆鲁克出身的艾伯克(عز الدينأيبك),艾伯克成为第一个埃及的马穆鲁克苏丹。


十字军、马穆鲁克、蒙古人的 三P
艾伯克与珊扎夫妻在最初几年内合作进一步压制了十字军势力,但艾伯克很快就妄用自己苏丹的政治地位企图压制珊扎的势力,并在未经珊扎许可之情况随意纳取妻妾(一违反伊斯兰教义的举动)。感到被背叛的珊扎派人暗杀了艾伯克,但自己其后也遭艾伯克的旧部杖击至死。在一连串的政治斗争后,马穆鲁克将军库图兹(قطز)脱颖而出,正式建立巴赫里马穆鲁克朝(المماليكالبحرية)。巴赫里系为库图兹所属的马穆鲁克军团的名字,意思为"在河(海)之中",因为该军团最初系居住于尼罗河中央的一座小岛上。西元1252年,蒙古大汗旭烈兀(Хүлэгү)率军西征,并于西元1258年与西元1260年分别攻陷巴格达与大马士革,来势汹汹,企图征服全伊斯兰世界。旭烈兀派遣使者劝告马穆鲁克投降,库图兹则是杀了蒙古使者并集结马穆鲁克于叙利亚南部,准备一决生死。因为蒙哥汗(Мөнххаан)的死亡而必需返国的旭烈兀令大将怯的不花(Хитбух)领军两万征袭埃及,库图兹将军与之前曾俘虏路易九世的巴伊巴尔斯亦共领两万军挥师北上,两军在1260年9月3日决战于艾因贾鲁(عينجالوت),这就是蒙古西征的转捩点—艾因贾鲁之役。在该役中,巴伊巴尔斯成功以打带跑战术引诱蒙古军深入,在与预先埋伏好的库图兹军队同时发动突袭。遭擅长近战的马穆鲁克突然袭击,外加大马士革刀与大斧的近战威力,蒙古军损失惨重,几近全灭,怯的不花本人亦遭俘并处斩。在该役中,巴伊巴尔斯因仅以劣势军力与当时号称所向无敌的蒙古大军正面交锋,并成功诱敌深入,在马穆鲁克军中的呼声高涨。库图兹于回国途中即遭暗杀,巴伊巴尔斯继位成为苏丹,一般相信库图兹被暗杀系由巴伊巴尔斯所指使。
巴伊巴尔斯继位为苏丹后,转而遣军向士气受挫的蒙古军展开反击,在1260年的第一次霍姆斯之役(معركةحمصالأولى)与1271年的埃尔比斯坦之役(معركةالبستان)中,马穆鲁克军二度重挫蒙古军势,收复叙利亚全境与东南安那托利亚,转而将蒙古赶回东部。同时,马穆鲁克军也从十字军手中攻占阿克、凯撒里亚以及安堤阿。对於巴伊巴尔斯的历史评价,东西方历史学家都一致同意巴伊巴尔斯在吓阻蒙古西征中扮演了决定性角色,甚至可以说巴伊巴尔斯拯救了整个伊斯兰与基督教文明。然而,声势如日中天的巴伊巴尔斯的传奇一生却划下了一个诡异的句点,1277年,他因误饮自己为别人所准备的毒马奶酒而死。
拜伯尔斯死后,旭烈兀之胤子阿巴孩(Абага)汗派遣大将蒙哥帖木尔率领八万大军进攻叙利亚,却遭到马穆鲁克朝苏丹盖拉温(قلاوون)以劣势军力击败之,是为第二次霍姆斯之役(معركة حمص الثانية)。在1299年的卡萨德山谷之役(معركةواديالخزندار),蒙古军以十万大军之势对战两万马穆鲁克,虽然蒙古军用计令激战中的马穆鲁克误以为己方战败而溃逃,但是蒙古军却损失了将尽一万人,而马穆鲁克的死伤仅有区区的两百人(另一说蒙古军损失一万四千人,马穆鲁克死伤一千人)。卡萨德山谷之役让蒙古军暂时占领叙利亚,不过在1303年却又在度被马穆鲁克打得大败而逃。


马穆鲁克骑兵与蒙古骑兵