1999年6月农业部科技教育司提出“切实推进农业科研教育推广三结合，充实农业生产第一线的科技力量”
1999年9月，经国务院批准，同处杨凌的原西北农业大学、西北林学院、中国科学院水利部水土保持研究所、水利部西北水利科学研究所、陕西省农业科学院、陕西省林业科学院、陕西省中国科学院西北植物研究所等七所科教单位合并组建为西北农林科技大学。
1999年12月云南省社科院在关于农村建设和发展的一个征求意见稿首先提出将云南农业大学、云南农科院、云南畜牧兽医科学研究所、昆明市农科院合并组建云南农业科技大学的建议。
1999年12月云南农业大学在省委省政府领导调研的时候提出将云南农大、云南农科院和云南畜牧兽医科学研究所合并组建云南农业科技大学的设想。省里成立了调研组开始做方案搞调研。
调研组在调研报告中提到三家单位关于合并的看法和意见：
云南农业大学：开始的时候对合并有较大的热情，但考虑到其他两个单位的现状（人数多，高层次人才不足），产生了很多顾虑，主要考虑另外两个单位的人员不能胜任以后的教学和科研工作，部分班子成员和教授也持反对意见。
云南省农科院：云南省要保持一只独立精干的省级农业科技体系力量；基础教育和应用研究两个体系不能简单合一，而且农业科技大学的组织机构缺乏农业推广体系；全省农业科技推广和科技进步的结合，需要一个责任单位。
云南畜牧兽医科学研究所：现有的主管部门对畜牧业发展更为有利；国际国内类似院所合并例子，不一定适合国情省情；科研院所承担的科研推广应用任务和学校承担的教学科研任务有很大的区别；目前不成熟应该加强合作为主。当时的所长和16位老科技人员向调研组提交了一份意见，认为合并是不合适的。
调研组的上报意见：
1、三家合并不能解决农业技术推广的问题，农业的教育科研推广三者体制很难理顺；
2、教学和科研合并改革的难度加大；
3、农科院人员多，机构分散不容易管理；
4、高层次人员不足；
5、省情限制；
6、三家单位合并跨系统，人员思想很难统一。
最后结果：合并暂缓

十年过去了涉及云南高校合并的外部声音基本没有改变过：不符合云南实际，人员管理困难，现在不是最好的时机。