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关于“好人”或者“坏人”这种说法，我也觉得挺奇怪的，所以请别在意，无视就好……
切入正题：
骑士可能象征着好的倾向也可能象征着不好的倾向。
如果是好的倾向，那么他可能象征着宇宙或者自然（人类能掌握而没有掌握的事物可以看做是宇宙和自然的所有物）。于是这样一来对科学家们而言他们就不必使自己承担过于严重的心灵重负。
而对人类而言，原子弹没有发明就意味着人类灭亡的危险性暂时就还不存在（衰弱是可能的，灭亡则不至于）。
如果是不好的倾向，那么骑士可能象征着力量的所有者（也就是国家，军队以及ZZ家等等）。力量的所有者是战争的直接当事者，因此最有可能，最有必要使用核武器（而且事实上管理着核武器的的确是他们）。
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骑士这个形象本身都有支持这两种解释的部分
从服饰的时代性来讲骑士与公主都是中世纪的服饰（王冠和骑士的盔甲），而相比之下蒂姆是近现代的穿着。
另一方面骑士本身又是实权与力量的象征（骑士群体和贵族是中世纪主要的军事和ZZ力量）
所以从形象上来分析的话，很难区分到底骑士象征着什么。
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来自世界二的剧本：
“蒂姆要出发了！他要去寻找并救出公主。她被又恐怖又邪恶的怪物捉走了。
这都是蒂姆犯下的错误造成的。
他犯的错误还不只一个。多年以前，他们在一起的时候，蒂姆犯了很多错。他们两人之间的点点滴滴都已经模糊不清。只有一个影像刻划在他的记忆里：她猛然转身离去，她的发辫甩向他，仿佛是在鄙视他。”
请注意这里“恐怖”和“邪恶”以及“怪物”三个形容词
然后再参考冷战时期的核武竞赛，明知核弹可能毁灭人类却依然大量囤积核武的力量的所有者们在科学家眼里大概就是这么个形象（这也是导致科学家背负沉重的心灵重负的原因之一，这种行为直接增加了人类灭亡的可能性。）
第二个关键是这里说明了一个问题：“蒂姆和公主在一起，但是这是多年以前的事。既然如此为什么开头背景里的城市熊熊燃烧？”
我的看法是：公主不在蒂姆的控制之下，但她依旧被人利用。这使得城市被战火所笼罩，而蒂姆希望弥补自己的过失，使时间倒退从而挽救自己的错误（不去抓住公主）
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结局部分我就直接根据二战和冷战的背景来说了，几乎全部是猜测，轻拍……
三个结局
第一个结局，公主被骑士带走了（不过公主没有爆炸？）。研发出核弹但是用不了的确是件好事，但是开头动画的战火表明战争并没有休止（或者看作是战争的威胁也可以）。
另外在公主事件上，各个世界的表述中都表明蒂姆是和公主相关的直接责任人。
根据这两点，我猜测这个结局可能是蒂姆还不知道公主的实际破坏性，就把她交给了骑士。而这导致了灾难性的后果（如果是其他原因引起的战火，蒂姆就并非战火的直接责任人，而是没有完成寻找公主这一使命的失败者或者依然忙于寻找公主这一使命的执行者。）
第二个结局，引爆了公主但是没有收集齐星星，这个结果可能根本跟第一个结局一样。即使蒂姆已经了解了公主，但是他还是不得不把公主交出去。而公主依旧被交到了力量的所有者手中，造成了破坏并且使蒂姆心灵负罪
第三个结局，引爆了公主并且收集了星星。这个结果则象征着核武的限制，是最好的结果
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最后总结：
如果这是针对已经过去的原子弹的研发历程，那么我们总可以通过对已经过去的事件的分析来判断孰是孰非，哪个作答方式更能得到宇宙的赞许。
然而如果这其中包含了对未来的做法的提问，那么我们怎么能对其作答？人类经历了数千年的历史，但是对于未来该如何发展依旧是走得如此坎坎坷坷……