服部半藏：统领甲贺流与伊贺流忍者的首领。可以在黑暗时代选择其中一个流派忍者，来协助军队进行战斗。这些流派忍者通过时代推进，将会获得更强大的属性和技能。
特性1、流派忍者：
甲贺流：拥有强大正面战力的忍者，用忍刀进行近距离作战，攻击、生命和护甲较高，可以使用忍术潜行和影分身术（cd30秒，创造一个没伤害的分身持续10秒）。黑暗时代属性较低，随着时代进行，攻击、生命和护甲会不断提高。
伊贺流：拥有骚扰破坏，辅助军队战斗的忍者。用忍者镖进行远距离作战，移动，视野较高，但更为脆弱，可以使用忍术潜行和逃脱术（cd30秒，闪现到一个地方并加速20%持续6秒），黑暗时代属性较低，随着时代进行，攻击、生命会不断提高。
没原版的旗本武士，开局可以建造一个甲贺流忍村或伊贺流忍村（选择建造其中一个后，另一个流派忍村无法建造）。
流派忍者不同于原版忍者，随着时代进行，流派忍者会不断强大，同时忍者不占用总人口，但每个时代限制总数为3/6/9/12.
特性2、忍术训练：
每次在进入封建/城堡/帝王时代的时候，忍村会获得一个忍术训练点，从三个强化中选择一个进行强化。
甲贺流强化：
封建时代：1、武器精通：伤害+15%， 2、规避伤害，每10/8/6（封建/城堡/帝王）秒闪避一次伤害，不同与偏转护甲，此效果在战斗中也能进行恢复。3、分身强化：分身会额外创造一个迷惑敌人的幻象。
城堡时代：1、甲贺流忍者获得一个可以增加全体忍者1点攻击的光环，多个光环效果叠加. 2、甲贺流忍者获得一个恢复全体忍者1点生命的光环，多个光环效果叠加。3、甲贺流忍者获得一个增加全体忍者3%速度的光环，多个光环效果叠加。（分身不会叠加光环）
帝王时代：1、甲贺流忍者上限
+3
，立即获得3个甲贺流忍者。2、在忍村自动免费训练甲贺流忍者，并且不占用忍村产能。3、甲贺流忍者的费用和训练时间降低30%。同时可以解锁在兵营训练甲贺流忍者。
伊贺流强化：
封建时代：1、武器精通：飞镖攻击距离+1.5， 2、专业探察，移动速度提高15%，视野范围+2。3、逃脱强化：逃脱距离增加2。
城堡时代：1、伊贺流忍者获得烟雾*毒烟技能 。让小范围敌人中毒，每秒4点伤害，持续5秒，多个毒烟技能不叠加 2、伊贺流忍者获得烟雾*迷烟技能 。让小范围敌人减速25%，持续5秒，多个迷烟技能不叠加。3、甲贺流忍者获得烟雾*破坏技能 ，让小范围建筑无法进行攻击和工作。
帝王时代：1、伊贺流忍者烟雾弹和逃脱技能冷却降低50%。2、伊贺流忍者获得窃取忍术技能，进入敌人城镇中心，以生命为代价偷窃敌人少量四种资源。3、伊贺流忍者的潜行不会被敌人的任何侦察发现，直到攻击或使用技能。
特性3、巫女：
巫女神社代替原版的神道教和佛教，可以训练拿着弓箭远程攻击的宗教单位巫女（形象参考犬夜叉中的桔梗），巫女攻击和射程都比弓足轻高，并能根据弓箭伤害治疗附件友方，宗教科技草药会提高治疗效果。
特性4、全新地标。
封建时代：村正锻造厂：建成后可以当作锻造厂使用，同时将文明特性20%额外矿料提升到40%。
武 道场：可以切换剑道、弓道、枪道三种模式，风别提升全图对应的日本武士、弓足轻、长矛兵20%攻击速度。
城堡时代：守山神社：建成后可以当作巫女神社使用，此建筑每装有一个圣物，会提升周围村民10%工作效率，最大30%。
上野城：建成后可以当作忍村使用，并使忍者上限+6。
帝王时代：天守阁：建成后可以视为已经升成幕府城的城镇中心。
半藏门：服部半藏奉命守护的江户西门，与此地标相连的城墙受到任何伤害降低50%。同时可以花费高额资源召唤服部半藏来战斗。
服部半藏可以切换使用忍刀或忍者镖进行攻击的强大忍者，使用忍刀会范围斩击，使用忍者镖会弹射敌人3次。
服部半藏为唯一单位，不占用总人口和忍者人口。
服部半藏拥有光环提升全部忍者3点护甲6点攻击.
与原版比，没有旗本，没有依代，没有佛教，其他原版都有。