本来想直接在底下评论的，想了想决定发个帖子，发表一下个人的看法。（以下仅代表个人观点，一切以官方为准，如有不认同的地方欢迎大家讨论）

2楼
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首先，在三个不同的平行世界（原初世界、β实验场、港区）里，舰娘和我的关系都不一样。
在已毁灭的原初世界里，我只是一个研究人员，能力不顶尖仅在世界前列，和真正的科研核心人物安洁、奥斯塔等人有着差距，因为有着心智魔方适应性和一定能力被安洁看中提拔做助手。
而舰娘则是军备竞赛的产物，本可以拥有人权但在某次事件之后丧失，仅作为兵器使用。个人猜测该事件是某舰娘（大概率是企业）meta化至失去理智导致。
我与舰娘的关系应该是师生。作为拥有适应性的我指挥官传授知识给舰娘并和她们相处，并配合安洁一起进行有关舰娘的实验。（此处依据为定向折叠，虽然里面的约2等人为实验数据不能作为证据，但根据安宝身上的伏笔与其称呼猜测是师生。）

在β实验场，也就是大活动剧情中的发生地里，由于塞壬的入侵，导致我顶级的军事才能被发掘，成为碧蓝航线成立后的唯一指挥官，基本等同于海军元帅。相比于原初世界更早的接触了舰娘，导致部分舰娘产生了某些变化，出现认知觉醒现象。让被上了科技锁的舰娘避免meta化的同时还能发挥出突破科技锁的力量。（参考信浓）
而舰娘因为塞壬入侵的缘故被提前创造出来，并且因为强大的力量成为了人类最后的希望，在没有某次事件影响下理所当然地拥有人权并挤入高层。各个阵营的舰娘听从领袖的舰娘，碧蓝航线阵营的舰娘受指挥官调遣，我听命于指挥部，自身也是指挥部的高层。

而在港区线，我是唯一的上司，上面只有一个表面是上层，实际上是每日任务与奖励发放器的指挥部。
舰娘有着不同的身份，或是爷的主人、属下、麻麻、女仆、妹妹，但全都符合一点：完全服从我的命令。即便是红脸失望在我的命令下也会出击，即便是125级拥有远胜于我的力量也不会伤害我。对我的命令不会有任何的反抗，即便是我要她退役。
舰娘与我的关系就是绝对服从。

补充一些内容，关于游戏性，楼主认为真正与剧情毫无关联仅服务于游戏的东西是大舰队，在剧情里找不到任何与之相关的内容。至于退役功能，容楼主胡搅蛮缠一下，楼主认为黛朵所说的抛弃就是指退役。演习在剧情里则是由不同阵营的舰娘开展。
关于人类，在原初世界是有其他人类存在的（再有多指论的发配到和原初世界一起毁灭），β实验场不清楚，港区线只有一个人就是“我”，指挥部实际上是指蛮啾官方。

强调战斗兵器不就是想搞陆军那套黑深残，我可****，这就是我的老婆窝

战斗兵器那不是陆军那里的设定吗.那边的人型好像不管民用的还是军用的都是用坏了就扔的.以前那边的剧情好像还有描述过对人型起感情是让人很难理解的事.（也有可能记得不对.脱离那边已经太久了.

不管，舰娘塞壬都是我老婆，我超超超超超超超超超超超超超超

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碧蓝这边设定舰船本质也是战斗兵器，但是是强调战斗兵器里的战斗，和META化后作为兵器的破坏性。而非其他游戏的服从，舰船连指挥官不合理的命令都可以质疑甚至拒绝。所以不要再说什么指挥官和舰船绝对服从了，整的和精控一样

而且舰船能拒绝指挥官不合理的命令这个剧情可以看出的根本信息是。舰船们连指挥官的不合理命令都可以拒绝，你其他东西什么地位和设定也配强制命令人家？过分强调对指挥官的绝对服从反而扼杀了舰船的独立自主性