指挥官与魔方的关系决定了他与舰娘的羁绊，考虑到原魔方最早是20世纪初（通古斯卡大爆炸）降临地球的天外来物，对此本作参考了《勇者王》的设定和剧本填坑了原初世界线的指挥官的身世与原魔方的来历，把指挥官设定为“原生家园在外敌侵略中灭亡，被原生父母令其携带着先进技术遣送到外星球的流亡难民”——指挥官其实是个外星人，原魔方就是从他的母星带来的科技产物，是守卫“第二故乡”为地球送来的军事援助