苏州城：刚上岸，就发现一有钱人家女孩（林月如）正在教训准备私奔的一对家奴，李逍遥和赵灵儿上前阻止，救了两家奴并把林月如绑在树旁。没想到就在两主角准备进城时，林月如被两淫贼攻击，两主角回去消灭淫贼解救林月如并表示道歉，不料愤怒的林月如忽然一剑刺伤了李逍遥，之后慌忙离开。赵灵儿使用还魂术救了李逍遥性命。 进城后，发现全城都在讨论林家比武招亲的事。在一家客栈的赌场他们发现一男子（刘晋元）被殴打。主角上前打退了恶人救了刘晋元。刘晋元为感谢主角，晚上设酒菜与主角交谈至天亮，然后离去。唤醒睡着的赵灵儿，离开客栈遇见算命仙，表示给主角算命，不灵不要钱。算命后李逍遥表示不相信，于是没付钱离去，来到林家比武招亲现场观战，不料被林家千金林月如发现并要李逍遥上台较量。无奈的李逍遥只好应战，并打败的林月如，被林天南（林月如父亲）招入林家。林天南打发走了前来要求取消亲事的刘晋元，安排了李逍遥在东厢房休息，赵灵儿在西厢房休息。李逍遥来到西面的西厢房会见了赵灵儿，出来到花园，在丫环告知下，来到花园找到林月如并交谈成亲的事情。离开花园时一丫环告知李逍遥林天南在大厅等他。林天南请来了算命人帮李逍遥算命，刚完毕就听到丫环慌忙前来告知在赵灵儿房间发现有半人蛇妖怪，赵灵儿也不见了。李逍遥赶到西厢房，和林月如一起进入赵灵儿的房间，发现半人蛇妖怪，妖怪撞枪离开了林家，李逍遥冲出去追寻赵灵儿下落。林天南听丫环述说那妖怪就是赵灵儿，并要求马上取消婚事，但林月如反对，也离去寻找李逍遥。李逍遥在路上遇见林月如，两人结拜兄妹后来到一直被传有蛇妖出没的隐龙窑寻找赵灵儿下落。通过繁复杂的迷宫最终找到蛇妖家府上，并与蛇妖男交战。蛇妖男诈降被林月如识破，并被林月如所杀。两人进入洞中发现许多被捉到洞中做杂工的女孩，但就是没有找到赵灵儿。狐妖女听说丈夫蛇妖男被主角所杀，于是和主角交战，不料也败在主角刀剑之下。主角们拿到缴获的石钥匙，打开了同向洞外的石门，并逐一告知洞内被抓来的女孩，把全部女孩都救出洞。失望的李逍遥离开山洞，却不留神，差点被一狐狸袭击。幸好林月如帮忙把狐狸打退。两人来到白河村。村内，主角发现村民正被僵尸威胁着生命。在村的东面韩医生的家发现赵灵儿。韩医生告知需要六神丹治疗赵灵儿的病，两人取得药方，找到门外的药童。药童告知主角们需要活鲤鱼、银杏子、鹿茸和何首乌等几样重要药材。李逍遥分担寻找鲤鱼、银杏子和鹿茸的工作，其他药材由林月如分担。林月如决定回家取药，于是沿原路，通过隐龙窑回到林家，遇见正在修理被撞破的房墙的家奴。林月如叫家奴回去取药材但不能给林天南知道。 李逍遥到韩医生家的后面摘到银杏子，出村在山路上，用路上的捕兽夹捉到梅花鹿，取其鹿茸后把鹿放生。回到村中，来到一渔民家借渔竿，但渔民表示渔竿被孩子阿毛拿去玩了，可是找到阿毛时却发现他正因为弄丢了渔竿被其娘亲责备。李逍遥在河边的树林里找到了渔竿[注意：若刚来到白河村就马上到渔民家，可以马上借到渔竿]，再到村西南边的鱼塘钓到鲤鱼。回到药童那发现林月如已经到了。药童熬好六神丹，李逍遥和林月如进入韩医生家让赵灵儿喝下，赵灵儿醒来。为了表示谢意，三位主角表示愿意为白河村消灭僵尸。韩医生女儿韩梦慈告诉主角们先到玉佛寺请方丈帮忙。三人从白河村西北的木桥离开，走到第二个分叉山路，向西北走，忽然遇见一只老虎。把老虎消灭后，众人来到玉佛寺。小和尚化作方丈与其他和尚逼主角成佛，于是三位主角和方丈等人开战。战胜后才知道一切为小和尚所为。小和尚化作玉佛珠，被起名小石头，装配到赵灵儿身上愿意帮助主角们消灭僵尸，众人离开玉佛寺，玉佛寺也随之消失。回到山路的第二个分叉口往东北方向进入黑水镇，一路杀退僵尸来到将军墓入口，进入将军墓。在墓内，通过复杂的迷宫，最终找到将军尸体所在。众人与将军尸体展开激烈战斗。战斗胜利，地面忽然凹陷一个大洞，三人掉入地洞中。等三人醒来，发现置身与血池边。一路跟踪，最终找到僵尸所源赤鬼王。三人与赤鬼王做生死战斗，最终消灭赤鬼王，并从他身上获得土灵珠和引路蜂。众人使用引路蜂回到地面，走回白河村，却发现韩医生家内韩医生被绑捆着。解救韩医生后，韩医生述说有黑苗人把他绑住了，并带走了韩梦慈到了鬼阴山。主角决定再次出发解救韩梦慈。再次从白河村西北的桥出去，来到山路的第一个分叉口向左走，不久来到鬼阴山口。战胜看门的守卫后，众人进入鬼阴山内。通过重重迷宫，最后上到山上的神殿。在大殿内发现韩梦慈被铁笼关着，正要上前解救，却遇石长老埋伏。众人与石长老战斗，却战败收场。赵灵儿无奈之下愿意跟石长老离去换来保存李逍遥和林月如的性命。林月如和韩梦慈被关在铁笼内正烦恼怎么救醒笼外正昏迷的李逍遥时，阿奴再次出现，使用御蜂术的蜂毒与李逍遥体内毒素以毒攻毒，再给李逍遥服用药物后离去，随之韩医生带手下来到解救了众人。李逍遥和林月如继续出发追寻赵灵儿下落。 

把水、土、风、雷、火灵珠按照：火雷水风土顺序摆放在台座上，五灵珠显灵，赵灵儿念起了祈雨咒文，随即大雨降临，大理干旱大地回复生机，黑苗人以为女娲显灵，统统慌忙逃跑。白苗人民马上召开庆祝大典，不料黑苗派来的地魔兽从地面冒出，三为主角前去消灭之，决定继续前进彻底消灭拜月教。从地魔兽出现底苗神殿往南绍城地下迷宫。 　　南绍城：通过无底深渊，三人来到南绍城，在南绍大殿上，赵灵儿在大厅与巫王见面，此时拜月教主出现，并使两手下与三位主角开战。战胜两手下后，趁众人不镇，巫王手变成尖刀，插入赵灵儿后背，赵灵儿受重伤。巫王变成树精，众人才知道此巫王由树精变成，真正的巫王已经被拜月教主所杀。气愤的李逍遥和阿奴消灭了树精。阿奴紧跟着给赵灵儿急救，李逍遥冲出大厅，找拜月教主报仇，一会儿阿奴也赶到。赵灵儿奇迹般复活过来出现在两主角间。三人齐心协力打败了拜月教主。拜月教主不甘失败，跳入的水池。众人以为已经胜利时，忽然听见水底水魔兽的声音，因此决定下水把水魔兽消灭。 来到水底，遇见了水魔兽，惊奇的发现拜月教主啖食了水魔兽，并与水魔兽结合为一体。三人再次与拜月教主交战。经过艰辛的斗争，终于再次战胜拜月教主。赵灵儿在战斗中不镇使背后的伤口裂开，血液流到水中，竟被临终的拜月教主吸取（赵灵儿流有女娲血统）而得到不死身。拜月教主准备再次对付三人，赵灵儿急忙使用风咒送李逍遥和阿奴上地面。可怕的拜月教主冲塌了地面，掀起了洪水淹没了南绍城。阿奴不镇被卷入水中，李逍遥匆忙潜入水中营救阿奴。赵灵儿使用全身灵力，决定完成娘亲未完成的事情，以自己的身体自身爆破封印拜月教主。战斗结束。夕阳，李逍遥和阿奴站在屋顶，只看见赵灵儿的天蛇杖回到地面，却不见赵灵儿的身影。李逍遥也要离开阿奴踏上回归的路。依依不舍的阿奴在山头吹起送别的笛声。回归的路上，李逍遥遇见了复活的林月如（这就是圣姑要你找36条傀儡虫的作用了），正抱着忆如，等待着李逍遥……职员表完了之后，又回到了盛鱼村，玩家操纵王小虎。王小虎来到市集的木匠店，一名蛮不讲理的客人要求换椅子，学徒小贵子请求小虎请正在修篱笆的师父回店。小虎来到十里坡下的篱笆前，把事情告诉夫木匠师傅，木匠师傅便匆匆离去。王小虎来到十里坡顶，看见李逍遥正要跳到对面的山崖，秀兰在一旁劝住。李逍遥一下子跳了过去……十四年后，王小虎已长成身强力壮的青年了，在两个山崖中搭了一个桥，又是个风卷云残，预告仙剑2代剧情…… 　　月如版隐藏结局： 　　时机：把收集的36只傀儡虫交给圣姑之前。　　条件：在罗杀洞1（梦境）时，没有问土妖，金钱也必须是0。　　物品：　　七大毒蛊:金蚕蛊，孔雀胆，血海棠，断肠草，无影毒，三尸蛊，鹤顶红。　　鞭子系列：长鞭，九节鞭，金蛇鞭。　　法宝系列：吸星锁，捆仙绳，雷火珠，血玲珑。　　武器系列：金童剑，玉女剑，越女剑，凤鸣刀。　　暗器系列：银针，袖里剑，透骨钉，梅花镖，无影神针。　　其他物品：聚宝盆，七彩玉灵芝，灵心珠，六十六只傀儡虫，九只金蚕王。 　　只要有以上物品及符合条件，对大林月如直接按回车键，只要看见林月如身上发光，就成功了！ 　　灵儿版隐藏结局： 　　时机：替圣姑去试炼窑收集36只傀儡虫之前。　　物品：　　咒符系列：风灵符，水灵符，土灵符，雷灵符，火灵符，天师符。　　毒物系列：忘魂花，紫罂粟，醍醐香，迷魂香，尸腐肉，蝮蛇涎，缠魂丝。　　毒虫系列：蜂巢，毒龙砂，赤蝎粉，化尸水。　　装备系列：玉镯，丝衣，香袋，绣花鞋，仙女剑，青丝巾，青锋剑，金罡珠，五毒珠。　　其他物品：青龙碧血玉，七颗女娲石，糖葫芦，寿葫芦。 　　只要有以上物品及符合条件，对灵儿使用青龙碧血玉，只要听到李逍遥在仙灵岛偷看灵儿洗澡的音乐，就表示成功了！