最大的反派应该是索菲亚的老爹，就是那个瓦伦廷。
首先，从游戏里的文档可以得知，人偶之王跟主角都是在摩纳德救济院长大的，再结合主角死于石化病，以及人变人偶之王等等证据可以得出：摩纳德救济院其实是炼金术师团搞人梯实验的地方。而且后来也因为实验事故而废弃了，并且克拉特官方还下了封口令。
再结合西蒙BOSS战门前的那个文档可以得出，西蒙也是小时候接受过类似人体实验的，并且通过实验获得了读心的能力。
就是人造永恒生命体，用自我素作为心脏即可永生。并且从文本里可以看出西蒙对于瓦伦廷是抱着怨恨的态度的。这一点可以从第二次回到车站广场的时候，瓦伦廷的雕像被推倒证明。
所以，剧情背后的大反派其实是瓦伦廷。他不搞这些，老登的儿子就不会死，西蒙也不会要创造一个没有谎言的世界。
还有我最大的一点猜想是主角的前身，也就是卡罗，本身就是一个人偶。原因有两点：
1、最早发现觉醒自我的人偶就是吉佩托家里的那个人偶，这点对于吉佩托的人偶跟人之间的界限区分肯定有很大影响。
2、就是这个P器官，作为人类肯定是没有这样的器官的。但是卡罗死后靠什么来保存他的记忆跟思想？人类肯定是没办法做到这样的事情的。
当然也只是我的猜想。更大的可能性是：当初摩纳德救济院里的人不管男女老少都整上自我素心脏。挺过去了就是永恒生命体，没挺过去就拿失败剩下的自我素改造成人偶。主打一个不浪费。所以罗密欧变人偶之王，卡罗变成主角。

好像游戏文件里只说明过炼金术士前首领还在的时候发现了自我素矿脉和石化症，然后他就死在了黑兔帮（水源地），没有说过实验是他做的。
其次石化症是通过水源传播到救济院的，救济院是炼金术士首领联合办的，好像没说过是用来做实验的。
罗密欧是石化症死掉，被吉佩托做成人偶的，石化症会提取人的自我素，成为人偶后会保留记忆。
至于西蒙的剧情，他是石化症的传播者是游戏内表现+他自己说得，解药其实是毒药。
西蒙和前首领的关系是防火女对主角说的，你脑补的剧情游戏内没有任何表现，最多算阴谋论，不太靠谱。

那个瓦伦廷拉赞助的信我这会儿开了新周目还没打到那里，打到了我截图发出来。

索菲娅就是死了把自我素寄托在主角身上，最后又变成人偶复活的，当然你也可以说索菲娅也是改造人，那就谁都可能是改造人了

炼金术士团和游戏城市之所以发迹是因为炼金术士发现了自我素矿脉，然后大规模开采自我素。然后瓦伦廷当首领期间自我素矿脉中的工人出现了石化症，就是他发现的石化症，然后联合贵族封锁消息，在矿脉研究石化症。
封锁消息是因为这座城市靠自我素矿脉发迹，他要继续开采矿脉，这点调查记者梅洛多日记里写了，矿脉有问题，这里的问题是说矿脉会引起石化症，并不是说瓦伦廷的炼金术士团在传播石化症。
多处可以说明石化症在发现和开始传播有一定时间距离，记者也是在这时候逃跑去的隐居地，石化症最开始通过水源传播，玫瑰庄园事件是传播标志。瓦伦廷这时候去调查水源地的时候死的。
以上都说明了，瓦伦廷只和自我素矿脉以及发现石化症有关系，传播石化症到后面搞活尸实验都是西蒙的炼金术士团弄得。

老登儿子死于石化症，不是人偶

家里这会儿在搞电路，没法推图。我现在试图找到证明罗莎'伊莎贝尔跟吉配托关系的文本。

瓦伦汀早死了，死于石化症

西蒙好像本身就有读心的能力，然后天天看别人说谎精神早不正常了，然后跟着瓦论汀研究自我素发现自我素有一种特殊的频率传递信息，类似于只能说真话或者都有读心，就想用自我素创造没有谎言的世界
瓦论汀是炼金团的前首领，西蒙想上位得先弄死他
然后他最后的位置在玫瑰庄园
玫瑰庄园本来说是一座寄宿学校，后面石化病爆发就改造成治疗所，接受石化病人研究尝试做出解药（有很多石化病人），所以西蒙往玫瑰庄园直接投解药（半成品，使用后体质好挺过去当超人类，没挺住变活尸）把石化病全变成活尸成功做掉了瓦论汀
罗密欧，卡罗，索菲亚是在玫瑰庄园（摩纳德救济院）互相认识的玩伴
罗密欧有石化病自愿被改造成机器人，索菲亚被夺权的西蒙囚禁
最后是卡罗，想变强还是啥的找个女追迹者学习武艺，但是女追迹不愿意教他，最后卡罗因为保护人还是别的原因挂了，女追迹者发现（打死黑兔帮还是谁，最后做潜水艇到索菲亚说话那个海滩，顺路走不是一堆雕像吗，这是那些后面几个雕像说的故事，我之前还不知道那小孩是谁呢）

真有幕后反派也是狐狸女老爹沃尔菲 资助炼金士团的人 还有第一个觉醒的人偶是歌剧院老板家的 歌剧院广场雕像有提示 但是歌剧院老板是谁没说

支持考据帖。游戏里吉米尼在经过月光镇还是哪会提到繁华的克拉特是炼金术师一手造就的。
为什么会选克拉特？结合游戏中的文献，应该是先在克拉特发现了自我素矿，然后利用自我素矿发展人偶科技。这个过程应该不短，而且是由前任炼金术师首席瓦伦汀主持的。
炼金术师团体对于自我素的“滥用”应该是从发现第一个有自我意识的家政人偶开始的（游戏有原文，自动保护人类婴儿的保姆机器人）。炼金术师从这个案例里发现了自我素更进一步的可能，这个阶段应该还是瓦伦汀掌权。
石化症究竟是源自于挖自我素矿还是炼金术师团的非法人体实验我感觉游戏说得不是很清楚，等吧友补充。但在滥用自我素上瓦伦汀无疑是负有责任的。

我觉得应该是炼金术师先来了克拉特，后发现的自我素。这点可以从说谎进酒店之后的CG看出。第一幕就是炼金术师来克拉特，第二幕才是发现了自我素矿。
还有玛鲁姆区就是克拉特的老城区，发展落后了，剩下的都是穷人了。并不是上面那个☁️玩所说的是克拉特的水源地。

罗密欧应该是吉佩托做出来的陪伴卡罗的人偶，因为他之前安慰卡罗说至少卡罗还有父母。西蒙单纯的就是想要永生，创造完美世界，追求索菲亚不成所以就囚禁折磨她，瓦伦庭也是因为发现自我素会导致危害所以就禁止实验，阻碍了西蒙，才导致被杀害。还有一点我不太懂就是天使降临赐予人类永生，承受不了的会得石化病，所以从古至今到底有没有人实现永生啊？