1.乔返回一天前，在阿垦大楼里，冷冻舱旁边看到过去的自己时，那个实验室的门是开着的，但我们在游玩前面的章节时，那个实验室的门是锁着的
2.这个是我个人感觉最有问题的点，乔在博士（我记不住名字）的家中找到现在的博士，博士对他说病毒会被带回来并爆发，但这时博士还没有去过未来，在此之前也没有和乔取得过联系，那此时的博士是怎么得知的呢？
3.这个不是大问题，但总感觉结尾有点潦草，或者说荒诞的感觉，有种说不清的悲伤

问题1，可能是制作组的失误，又或者说只是属性的问题，因为游戏中开过的门，代码状态一定是on，显示出来就是门已经开了，从配图上看就是开门状态，不然如果只是为了让看上去合理，程序员还要改设计，没必要；
问题2，这里如果要解释的话，可以这么理解：因为雅典娜公司一直就在做时间旅行的实验，在最后章节10可以看到有两个time traveler死在未来，而在Joe和博士对话中博士也提到曾经也有成功回来的旅行者，但是都带了病毒回来，且博士一直反对这么做，博士对此也是持悲观态度，那么博士对他说病毒会被带回来并爆发倒也能解释的通了。
问题3，至于真结局，其实时间类的问题都不能深究，目前主流观点是平行时空论，也有持单一宇宙多可能性世界观点的（命运石之门），所以就不用太在意了。