有几千万个三维数，找出其中所有两两之间距离小于一个特定值的组合，怎么找比较快？

你是说找点数最多的组合吗？
以前有ACM题，二维数，能用的办法只有暴力搜索，规模的上限只有100个点左右。
所以你这千万个三维数就不要想找最优解了，找近似解吧。比如你要两两之间距离小于R，那么你把空间分成R/Sqrt(3)边长的立方体网格，同一个网格内的点显然两两之间距离小于R。网格之外也有一些点可能可以加进来，可以试试加入，直道不能加为止。用这种办法考察所有网格，应该就是一个近似方案了。