看图，区别就是注释在分号的前后。两次运行，第一行是否显示输出竟然还不一样，醉的不要不要的。
各位看客，被这输出整笑了吗？辛苦半个月写的程序，莫名其妙产生了2种输出结果，排查了一上午，才发现是这个无语的问题……于是有了上面的测试代码。没发现不一致的时候会不会有没有类似逗比问题导致程序结果错误谁知道呢？？？对这软件是越来越不放心了

我不知道你说的什么操作，要源代码就是“
第一行;
第二行;(*我日这**注释*)
%
第一行;
第二行(*我日这**注释*);
”
了，没几行代码你自己也可以试试

第一行;
第二行;(*我日这**注释*)
%
第一行;
第二行(*我日这**注释*);
%

12.2成功复现问题。
粘贴来的代码的框符与手动输入的不同，%被划入注释所在的RowBox中。
按一下ctrl+shift+e就能比较区别了，如果不熟悉框符可以用ctrl+shift+n看看重建框符的结果。看了你就懂了。
最简单的例子是：
a;(**)
b
也许算BUG吧。

BoxForm`TopLevelMakeExpression[BoxData[{RowBox[{"a", ";", RowBox[{"(*", "*)"}]}], "\n", "b"}], StandardForm]
BoxForm`TopLevelMakeExpression[BoxData[RowBox[{"a", ";", RowBox[{"(*", "*)"}], "\n", "b"}]], StandardForm]

基本可以定位，是前端令牌Paste的问题。
在插入ClipboardNotebook后应用前端令牌"SelectionDisplayAs"->"InputForm"也能复现相同问题。

我已向WRI报告此问题，等待回复中。

12.0简单复现步骤, 先输入
a;
b;
%
再补上 (**)
a;
b;(**)
%
优先级会解析为
a;
(b;(**)
%)

三天过去了，WRI回复了两次，都说不知道问题在哪，让提供更多信息……
截图和复现程序都配齐了，而且从回复看来似乎回复者不知道什么是BoxForm转换。
目前我的Report还卡在审核人员手里，开发者还没见到……