1.男主离家出走的原因是追随光柱，那怎么解释他在女主家吃饭的时候说在自己的家乡“喘不过气”？

一千个人眼中有一千个哈姆雷特

2.东京的光柱是水龙为了钓人上钩成为祭品的陷阱，那男主角追随的光柱是什么来历？为啥来了东京就没了？

3.男主在船上被空中凝聚的水团差点拍下船，而且后来在东京有两个学生也在巷子里看到凝聚的水团突然落下，之后烟消云散，这一点之后再也没提过了，不知道有何用意

男主离家出走好像是因为家暴的原因

个人提问:警察为何跑不过一个16岁的少年？难道主角光环无敌必须有？

4.收留主角大叔乐善好施，是写志怪、都市传说文章的编辑，中期又对晴女格外关注，片中对于他的想法（比如晴牺牲晴女换来晴天是值得的）和一些动作（比如摸戒指）也有很多特写，可是中间和老警察对话后潸然泪下的他为什么选择去废弃大楼阻止主角？并且在主角枪口相对并三言两语之后立刻跳反？那那些看起来是伏笔的东西岂不是没有任何意义了？大叔只是个单纯的工具人？他老婆死了就是为了后面揭示跟他同居的年轻女性是他侄女？他女儿哮喘只是运气不好？他是个搞志怪的编辑也纯属巧合？

建议补小说

楼主所提追光的问题，就《小説　天気の子》（即日文版小说，角川文库出版）第34页内容来看，表现的情景是男主角骑着自行着追逐光线，但是没追上，不过此时下定决定要走入那道光线之中——注意，这里文章描写的是男主角在麦当劳趴桌子的场景，因此该段描述可能是真的记忆，也有可能是做梦，或是二者混合。

关于楼主提到的问题4，即須賀的问题。我有几点观察：
1、关于須賀的妻子是不是晴女，以及其死因，这一点几个月前日本观众就有讨论，我在自己博客里也提到了。
2、新海诚在日本影院发售的场刊中，提到須賀这个角色是有较大改动的角色。也提到了原本大概是怎样的设定。
3、新海诚这位导演是有藏设定的「前科」的！《你的名字。》里就藏住了三叶爸爸以前是民俗学家，反过来嫁入三叶家是为了研究巫女民俗，后来失望后才改变志向参政的。所以，按照创作者的习惯来说，很可能新海诚又要把关于須賀的一系列特别描述背后的原因，放到未来的某一本小说里揭露了，

5.阳菜使用能力会导致身体“消失”，可是宾馆里女主牺牲自我之后却只是传送到了天界，对于宾馆的男主来说是消失而已。所以那个透明化其实只是“传送”的表现？可是既然是传送的表现，为何男主去了天界找到女主的时候，女主还是有那种透明化的痕迹？

6.女主向男主坦白自己副作用的时候，被迷之物体击中在空中悬浮的表现是什么意思？那个迷之物体是什么？女主的漂浮一直都是描写在进入鸟居之后的世界和梦的世界还有被吸上天界的时候，只有这一段是女主突然起飞，这是为什么？

你提的问题。直接看我五刷完成的分析贴，就全部有答案了。看官方访谈信息看我三刷完整理的贴

又，关于龙的问题，我可以提一个反例。这个反例虽然不直接来自作品，但是来自官方设定集《新海誠監督作品　天気の子　公式ビジュアルガイド》。第112页。
记者（不知道是什么身份）采访了《天気の子》中4幅传统绘图（包括云龙图、被龙缠绕的巫女图、巫女和和尚祈祷图以及大日本国地震之图——的绘画作者山本二三。
这一段他们在讨论《大日本国地震之图》。
记者问：
——この原画の意味としては、龍は日本の天変地異を抑え込んでいるという説もあるみたいですね。
——作为这幅原画的意义来说，好像也有龙是抑制日本天地异变的这种说法哟。
山本二三：現代でもそうですが、世界的にいろいろな自然災害があって。大昔の日本では水の神様である龍が守っているという考え方があったそうです。
山本二三：现代也是如此，世界上有各种功能各样的灾害。很久之前，在日本，有「水之神明的龙正在守护」这样的考虑方法。
（下略）
在这段讨论中，直接参与到影片中四张传统图绘制，并且与新海诚导演有过沟通的画师提出了这个看法。