早期的京都动画的名字是“京都动画工作室”，那个时期的京都动画主要是担任其他动画公司的作画工作，也就是所谓的外包。
2003年，京都动画在进行了近20年的外包工作后，有了自己独立制作的动画。由京都动画制作了《全金属狂潮（惊爆危机）》校园篇的动画在富士电视台播出，高质量的作画水平在当时收到了一致好评。

2005年在日本播放的的动画《AIR》以压倒当时动画水准的评价引起了话题，奠定了京都动画的名字。

同年全金属狂潮系列的续篇《全金属狂潮TSR》也引起了不少的话题。

2006年，《凉宫春日的忧郁》奠定了京都动画的动画风格，当时日本动画主打原创动画和漫改动画，很少有轻改作品。凭着饱满的人物塑造，以及代入感，让我对于凉宫春日的这个世界觉得十分有趣。
2006年第11回神户动画大赏的电视动画部门的大奖和主题曲奖、2007年东京动画Awards授予的电视动画部门优秀作品赏。这些成就无一不透露着凉宫的成功以及大家的认同。

同年京都动画改编Kanon。kanon 有两次动画化 东映版13话（02年），由于制作水准有限，糟糕的人设还引发出了一个新的词汇——「颚アニメ」来抨击可怕的人设。「颚アニメ」指的是动画/游戏的角色设定中，将人物嘴巴的位置画的过于往上靠，直接导致下颚看上去特别明显。京都版24话人设比较接近原作被广泛认同。

2007年播放的《幸运☆星》，lucky star的语调还记得吗（2008年的萌战，《幸运星》中的角色柊镜、柊司携手登顶。而且这届萌战前八的角色有五位出自京都的动画。）。当时还有一起大事件，《幸运☆星》最初的监督是由曾经出色驾驭《凉宫春日的忧郁》的知名监督山本宽担任。但是《幸运☆星》动画化最初的4话却似乎不尽如人意。按照专业评论的话来说就是相对于漫画来说画面质量并未得到飞跃。所以在地4话完结后京都动画做出了一个大胆的决定：撤去山本宽作为《幸运☆星》的监督一职，从第五话开始《幸运☆星》改用曾经指导过《全金属狂潮》和《魔法护士小麦》的武本康弘为新监督。除了监督改用武本康弘之外，《幸运☆星》之后的脚本也是由《全金属狂潮》的原作者贺东招二担当。当时对于这一动作，京都动画在其官方网站上作出了正面解释：“敝社认为山本宽尚且不够资格成为一名动画监督”。（所以今天山本宽的弟弟行为...算了不评价）

同年CLANNAD与次年电视动画第2期《CLANNAD～AFTER STORY～》播出。

2009年播出原创动画Munto第三部，因剧情等原因销量惨淡，是京都原创动画的一大失败。MUNTO第一部因宏大的世界观和细腻的镜头表现赢得了赞誉，尽管在商业上并不是特别成功。

2009年4月，《凉宫春日的忧郁》重制为28集动画并用重播的名义播出，同年12月18日，剧场版《凉宫春日的消失》公映，取得8.5亿日元票房，并获得第15届“动画神户赏”的剧场部门作品赏。09版将06版的14集内容包括在内，并新增了14集新的剧情。09版重新编排了顺序，使剧情相对更加连贯。09版的凉宫里包括了06版中的剧情，而且将06版中遗漏掉的细节补全，还新增了《凉宫春日的叹息中》的剧情以及永无止尽的八月、竹叶狂想曲。09版的OP和ED都重新制作，画面也比06版的更为精致。

2009年将四格漫画《K-ON!（轻音少女）》TV化，这部以小成本制作的动画却再次在日本掀起热潮，发售的音乐CD创造了日本Oricon公信榜动漫歌曲新的纪录，并于2010年推出第二季。在当时为什么轻音少女能如此之火呢？萌！萌！萌！重要的事情说三遍！唯的呆萌，澪的羞涩，的脱线，律子的男孩子气，还有梓喵，优，佐和子等等一些又可爱又萌的角色，同期作品里面没有比她们更萌的。《轻音》开辟了后KEY时代的京都动画的发展方向，在动画之外包括周边产品、圣地巡礼等各个领域上都获得了巨大的经济收益。

2011年，将漫画《日常》进行了动画化，虽然收获很多好评，但销售成绩与收益低于预期。

同年轻音少女剧场版公映，最终获得了19亿日元的票房，再一次体现了京都动画公司一贯的精品风格。

2012年将角川的小说《冰菓》动画化，因其人设、作画的质量十分精良而广受好评。《冰果》改编自同名小说，它的原着并不属于轻小说的范畴。在保持着对人物和人物动作高水准的刻画上，《冰果》加强了对场景的描绘，使得《每一帧都可以用来当壁纸。京都动画在音乐上也非常的考究，配合着古典文艺风的剧情，BGM也多采用古典乐，没有一丝一毫的电子音。而在《冰果》之后，有一个新鲜的话题油然而生，那就是京都脸。

同年改编自京都动画小说大赛奖励奖的《
中二病
也要谈恋爱！》动画化，2013年，京都动画宣布推出剧场版总集篇以及第二季。电视动画是在原作小说的基础上将进行的二次创作，故而动画剧情和人物设定上与原著有相当大的差异。（邪王真眼.jpg）