1953年陈寅恪受邀去中科院历史研究所二所任所长，给中科院的回复。
《对科学院的答复》
我决不反对现在政权，在宣统三年时就在瑞士读过资本论原文。但我认为不能先存马列主义的见解，再研究学术。我要请的人，要带的徒弟都要有自由思想、独立精神。不是这样，即不是我的学生。你以前的看法是否和我相同我不知道，但现在不同了，你已不是我的学生了，所有周一良也好，王永兴也好，从我之说即是我的学生，否则即不是。将来我要带徒弟也是如此。

"我认为研究学术，最主要的是要具有自由的意志和独立的精神。所以我说“士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏。”“俗谛”在当时即指三民主义而言。必须脱掉“俗谛之桎梏”，真理才能发挥，受“俗谛之桎梏”，没有自由思想，没有独立精神，即不能发扬真理，即不能发扬真理，即不能研究学术。学说有无错误，这是可以商量的......"

"因此，我提出第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治”。其意就在不要有桎梏，不要先有马列主义的见解再研究学术，也不要学政治。不止我一个人要如此，我要全部的人都如此。我从来不谈政治，与政治决无连涉，和任何党派没有关系。怎样调查也只是这样。"

"因此我又提出第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”其意是毛公是政治上的最高当局，刘少奇是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样的看法，应从我说。否则，就谈不到学术研究。"