顺治三年农历十二月中旬（1647年1月）,正当“永历”和“绍武”两个小朝廷在广州周围忙于自相残杀时，佟养甲、李成栋部清军突袭广州，一举端了绍武小朝廷的老窝，绍武帝和聚集在广州的很多朱明皇族一齐被杀。永历帝闻讯大惊，一月下旬，永历小朝廷慌忙放弃肇庆仓皇出逃，开始永历朝不断逃跑的历史。一行人抵达梧州后，不久又从梧州逃到桂林。
广州占领之后，佟养甲仅率领数百人留守。李成栋继续出击，轻易夺取了粤西各据点的战略枢纽肇庆，再从肇庆分兵三路 全面出击，其中一路沿西江而上，追赶永历帝一行，永历元年（顺治四年）二月占梧州，还派军向西北逼近桂林,永历小朝廷照例一逃了之，去了全州，只有瞿式耜等人坚持要守桂林。三月十一日，一小支清军突袭桂林，前锋数百人突然冲入城中，幸亏明军焦琏部前一天赶到了桂林，葡萄牙雇佣军也已到达，在街头城墙上用西洋火器击退了这一小批清军。
五月二十五日，尚可喜部清军由湖南再次强攻桂林，瞿式耜指挥焦琏、白贵等将领分守各城门，并在城头用司礼监太监庞天寿主持铸造的西洋大炮轰击来犯清军，清军骑兵冲锋时遭遇西洋火器猛烈射击，应该就是葡萄牙雇佣军所为。明军出城迎战，再次击败清军骑兵冲击。

历政权的主要扶持者多为天主教徒，或有天主教背景，如庞天寿、瞿式稆、焦琏、丁魁楚等，他们与西方传教士有着十分密切的关系。在那危难之时，位高权重的司礼监掌印太监庞天寿向永历帝极力推荐西方传教士毕方济，欲藉其与澳门的良好关系，向澳门寻求军事援助。　　毕方济，意大利人，1603年加人耶稣会。1610年到达澳门。后来进人内地传教。毕方济学贯中西，也深通中国学术乃至人情世故。在华传教过程中，很注意与士大夫结交朋友，其中著名者有徐光启、冒辟疆、郑芝龙等，甚至与朱明皇家成员关系亦相当好。为帮助朱明王朝抗击清军，毕氏先后作为崇祯、弘光、隆武的特使，三赴澳门，以争取澳门当局的军援。　　 为拯救濒朴覆没的朱明王朝，永历帝相当器重毕方济，“仍以隆武帝所付之特权授之，并授以国中最大四种官职之一”（费赖之：《在华耶稣会士列传及书目》〔M〕.冯承钧译.北京:中华书局），1647年1月派遣他出访澳门，借兵购械。

这时的澳门葡人仍是明朝的支持者，澳门当局对永历政权的这次请求，十分重视。按澳门基金会版《澳门编年史》（施白蒂.澳门1995）记载，这次雇佣军组建工作又是高效完成了，很快便征募到士兵300名，大炮数门，火枪一批，并派尼古拉•费雷拉(Nicolau Ferreira ,1582～1649 年)为统帅，以耶稣会士瞿纱微为随军司铎。这批澳门援军于永历元年(1647年)初即抵达桂林，被安排在焦琏的部下。