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是时候利用大数据对抗癌症了。我们正在与美国国家癌症研究所 (NCI) 旗下的临床蛋白质组学肿瘤研究协会 (CPTAC) 合作,以资助研究人员利用数据密集型计算工具寻找治疗癌症的新方法。
NVIDIA 基金会通过其 Compute the Cure (计算治疗) 计划赞助 20 万美元用于项目招标。同时,CPTAC 将设立总额高达 180 万美元的三类奖励措施。

“我们正在寻找这样的个体人员,他们能够抓取相关数据,然后从不同的角度进行分析,并提出被我们忽视的问题,”NCI 旗下的癌症临床蛋白质组学研究办公室的主任 Henry Rodriguez 解释说。长远目标是解决 Rodriguez 等研究人员命名的“组学”类问题。这是一种较为通俗的说法,旨在表示收集所有生命形式所必需三大类主要分子大数据的能力越来越强。
具体包括:DNA,包含我们的基因遗传密码的分子;RNA,将细胞核内的遗传信息传送至其他细胞的分子;蛋白质,利用最终成为细胞主干的 RNA 所携带的信息创建的分子。
DNA 测序已经获得了突破性成果。NCI 旗下 CPTAC 的技术项目经理 Christopher Kinsinger 表示,目前最大的挑战在于这种方法并非总是有效。
退一步重新观察 DNA、RNA 和蛋白质等所有主类分子的交互方式,这必将可以提供合理的解释。从而可能获得治疗顽固癌症的新方法。
“如果你开始整合这些不同类型的组学,你可以获得简单挖掘基因数据不可能推断出的更多信息,”Kinsinger 表示。
为了提供帮助,我们正在征求每一位研究人员的提案,以寻找利用计算能力理解此类数据的新方式。(此处需要明确一点,虽然 NCI 支持与 NVIDIA 基金会的 Compute the Cure (计算治疗) 计划类似的目标,但它是一个完全独立的组织。)
我们会考虑资助的项目领域: 新计算工具的研发,新计算分析技术的集成,以及创新模拟和可视化方法的开发。
我们有两个目标。首先,帮助正在开发新方式的研究人员推动癌症的诊断、治疗或预防。其次,为没有编程经验的研究科学家提供计算生物学访问渠道。
也就是说,我们希望把计算科学应用到对抗癌症中。