文殊根本续》云：“污垢清澈之，净河水洗珠，随后而取出，以牛净物洗，涂抹清净香，搓洗净后念。”首先用净水如法洗净数珠材料，并涂抹牛净物与妙香，然后各自依四种事业而合理用线，且需一边吟唱吽歌，一边穿珠线。
四种事业如理用线的方式为：息业用童男童女洗净的丝线，颜色为白色，口朝东方而捻；增业则用黄线，口朝南方而捻；怀业用红色线，口朝西方而捻；诛业既可以采用尸陀林的尸体头发与狗毛混合，也可以采用马、水牛、乌鸦
等等的毛，口朝北方而捻。还有，随各自事业的不同，所用珠线的根数也有多少之差别：息业用三股线绞和，增业用四股线绞和，怀业用两股线绞和，诛业用九股线绞和等等。有些阿阇黎主张，如果无法实施，则用线与所修主尊数量相同也可。
《集上师密意续》云：无论如何，都应当根据珠孔大小用线。应当避免过粗与过细、过长与过短、粗细不均匀等情况。如果过粗，则会使修行招致违缘；如果过细，则无力成办事业；过长会耽误获得悉地；过短又会妨害寿命；断后重接、有结与粗细不均等情况，则会导致损失等祸害。

远离以上过失的如法珠线则不同于普通珠线，为殊胜缘起物，所以应当倍加珍惜，这一点至关重要。如果珠线断开，则应不过夜接好。穿数珠需记住先穿上面的母珠，(至于母珠的层数)，新派为两层而旧派为三层。正如自宗《集密意续》所云：“种种事业之数珠，母珠印证身语意。”母珠的三层，可以依次表示身语意之三金刚及三根本。上层为蓝色，中间为红色，下层为白色。四种不同事业的母珠，其形状、颜色与种类也各不相同。莲花生大师云：“如此之母珠，息业白而圆；增业黄疙瘩，犹如暂效形；怀业为红色，形如半边月，体性为修长；诛业为黑色，三角或碟形，角边网状纹，极粗糙尖锐。” 念珠的使用方式

谓不如法的数珠，就是指从违越誓言者、持邪见者、造作无间罪者、刽子手(屠夫)、骨肉相残者、盗贼等人手中得来，以及自己从别人手中抢夺而来的、他人丢失的、取自于佛像装饰品的、被火烧焦、(珠子)类别不同、形状大小不一、破损等情形的数珠。总而言之，凡是与瑜伽士意愿不合的数珠，都不应该持带。莲花生大师云：“以兽角与骨头为数珠者，其加持与妙力不生（但头盖骨之类的念珠则为例外）。”因此，这类数珠也属于不如法持带数珠的范畴。

四种事业各自所用数珠之处有不同差别：息业于心间，增业于脐间，怀业于密处，诛业于跏趺交叉处之膝盖上计数，混杂事业念颂咒语的数珠位置随意即可。
虽然在《金刚顶续》等中，按照瑜伽续部的观点，宣说了正式使用的方法为：左手结各本尊之手印，右手计数。另外，父续部用右手与母续部用左手的观点也有充分的依据。但是，自宗若干伏藏品中却云：“一切用左手，右手不使用。”也就是说，不用右手而仅用左手，当然，平时使用左手的方式也非常方便。念回遮咒与降伏咒等时，用右手拿数珠而不用左手的说法是特殊例外。

，《威猛调伏霹雳续》云：“各种数珠串联之珠线，拇指匝字放射铁钩光，勾招本尊集于脐心间。”也即拇指匝字放射出如铁钩状之光芒勾招悉地。
无论外拨或内拨，都不得越过母珠，而须回转再念。

持带数珠之誓言
持带数珠之誓言分根本誓言与支分誓言两种。
根本誓言为：必须形影不离般地随身携带一串具相数珠；
支分誓言有很多，归纳而言即为：决不持带尚未开光过的数珠；不离开体温；不展示与别人；不让誓言不同的人以及毁坏誓言的具晦之人触摸；除了念颂之时，非时不用，不可用于统计人数等等；不可接触地面，不可随意放置；倘若自己所持的念珠有破损等缺陷，可给予其它金刚兄妹，或者放于火炉中供养智慧本尊，或者供养水神，自己不可持带。
如此了解取舍处，并如理如法地持带，则可速疾成办一切所欲事业，自心恒时能随念三根本护法及金刚兄妹，永不违越誓言，以金刚妙线于法性密意中相结合，最终于同一坛城本性中获得圆满佛果。

《瑜伽念珠经》说：“佛部用菩提子珠，金刚部用金刚子珠，宝部用金等诸宝珠，莲花部用莲花子珠，羯磨部用种种和合珠。”又近人金安一居士所著《密宗辑要》一文说：“修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修怀法及长寿法用珊瑚珠，修诛法用人头骨珠，修观音法用菩提子珠，修一切法均可用凤眼菩提子珠。”

五，记念或者计数器
这是指悬挂在念珠之上的两串小的珠子，一般有子珠的五分之一或者五分之二大小，每一串十粒珠子，一般将这两串珠子称为记念，主要是用在长串的念珠上。计数器则是一种银质的小卡子，一般会有些莲花或者法的造型在上面，使用的时候直接卡在子珠之间来计数用。藏地密乘行人多用银质的小铃和小金刚杵为装饰带有银珠的计数器，随着各流派的传承不同所放置的位置也不同。苦行者一般用普通材质或者六道木的木头念珠，然后用一小段绳子系在子珠之间来计数，每念一长串的数量就将短绳子向下移动一颗珠子。当这段绳子从一端移动到另一端的时候就等于一百零八遍长珠，二者相乘就等于是念诵了一万一千六百六十四遍圣号或者真言。
六，络绳
就是将所有珠子穿起来的绳子，汉地的念珠是用绳子时候要求比较松，各种各样的绳子只要自己喜欢能够穿得进去就可以了。但是在藏地对于念珠所用的绳子要求就比较严格。一般用棉线制成，多用红颜色。以独股或者三股为绳而穿珠。也有用皮绳来穿珠的，但这是各例，一般不会这样做。汉地行者的念珠一般穿得比较紧一些，而藏地的念珠穿得比较松一些，基本上是空出两到三厘米的空间。这主要是在念诵一些长的祈祷文的时候或者做四加行的时候会比较方便计数，同时会使念诵更加清晰，计数更加准确。而络绳也有一种说法是代表圣观世音菩萨。当然，这只是众多讲解中的一种说法，细致地讲起来还有很多。
七，流苏
这是一种装饰在念珠佛塔顶上的线穗，其缘起是缨络上面的垂拂，汉地的信众经常将它编织成万字节或者盘肠结，这两种图案都是佛教里的象征正法和吉祥的图案。但是流苏一般在经常使用的念珠上很少装饰，因为它比较长会妨碍念珠的计数。在奉献给佛像的念珠或者陈列用的念珠上经常会有这样的装饰。

虽然我们或认为这些上师会视我们为弟子，但事实这些上师是将我们视同「金刚上师咒」vajra guru mamtra（即莲师咒——译按）等真言咒字一般。
他们了知我们的语言为真言，了知彼此的心在根本智的广大法界中全没有分别，他们常住於明觉之境中永不散失，不管在谈话，饮食及诵咒时悉皆相同。
若我们达到这种阶位便不需要系心於修持，因为修行己变成毫不勉力造作的事情，生、圆二次第在这种阶位中皆全圆满成办，
行者只需要觉受这种果德，并不造作地令智慧显现，但当我们的心出现散乱时，这就必须要导心返回修习的次第上，我们要尽最大的努力来作任持明觉心修习，在我们证得无求无作之果前，修行中所造的一切便是调练。
诵咒时即使有些微的散乱，我们的修持便会一无所成，尽管我们是处於圆满建立本尊瑜伽之境，已经生起本尊中围及仪轨的每一支分，但是这种努力也会完全白费。
不论我们要成办的是哪一位本尊或某种修持，也不会有任何成就或获得任何力量。虽然在这种情况下诵咒也能减少我们的语业障碍，但却绝对无法达成我们希望从仪轨中所获得的效果的。莲花生大师曾言：
「若由散乱心 事修金刚诵
虽久经一劫 然亦不得果」
这种说法并不奇特，正如我们和人家交谈时不面向对方，反而到处东张西望，便不能明确表达自己的意向，目光或身体的接触能令你的谈话成为有意义的交流。
同样假如我们以散乱的心来诵咒，便不可能领会得真言的本性，这样又怎能期望会取得成果？我们只是在游戏罢了。
论中随即谈及以念珠诵咒之法，第二佛陀莲花生大师复说：
「增益咒数之念珠 珍宝所成为最上
中为树木果实种 土木石药所成者
皆为念珠之下品」
以砗磲贝、土、铁、木或树、果实、种子所造的念珠特适用於息灾事业仪轨；黄金念珠用於增益事业；怀爱法以红珊瑚珠为最上；
降伏法则以铁及绿松石的念珠为佳；天珠石dzi及其他宝石所造的念珠则可用於任何世间事业法中。

我们更要清楚认识念珠的表义及穿线之法。穿珠的线唯以三股、五股或九股之数搓捻而成，此外别无余数。
三股线表三身；五股线表五佛，九股线表九乘。珠首上师珠由三枚念珠所组成，表三身及三金刚，
在最外面的一枚以青蓝色的宝石所成，表胜义不动心慧「金刚意」；中间的一枚是红色表「金刚语」；最内的一枚是白色表「金刚身」。
行者的念珠应先由其上师所加持，而自己亦要常常加持念珠令其充满力量。
在我们用念珠持咒之前，必须把力量贯注於珠中，以引生真实的利益。
取念珠前应洁手漱口，并可用檀香油涂抹於珠上，然后自成本尊身，以念珠盘绕於左掌中，珠头直立置於中央，

再诵观空咒：「嗡梳巴哇舒打沙哇达尔玛梳巴哇舒多杭」Om Swabava Shudda Sarva Dharma Swabava Shuddo Ham，将一切法转化为实相空慧，此真言能清净转化一切不净的见解为空慧。
於空性中念珠的珠首现为中围主尊，其余的念珠则现为眷属天众，这部分是观想誓句尊的修法。然后要迎请智尊，就像仪轨中所修持的一般，行者先迎请智尊降临并勾召智尊融入誓句尊中。
我们要召请智尊从其净土来临面前虚空，然后再融入念珠之内，坚固安住於其中。这样念珠的每一部分即转为圆满的中围坛城，一切主尊、眷属、莲座及种种庄严、手帜、颜色等皆具足於念珠中。
用这种方法来加持念珠，可令我们所念诵的任何真言其每一个咒字皆增加十万倍，而且更能感生善妙之果，所以这种修法极为重要。
我们的念珠不单表徵本尊之身，还表徵著本尊之语。以百字明咒为例：珠头是表咒首的「嗡」字，而余下的念珠则代表其他的咒字。莲花生大师有言：
「何时持诵息灾咒 应於食指端拨数
诵增益咒用中指 若为持念怀爱咒
共用拇指无名指 降伏猛咒以小指」
行者只可用左手拨数念珠，除了在某些降伏法中，才会罕有地使用右手。在某些论典中虽亦有说双手共用，但却不会仅以右手拨数念珠。
不论我们作息、增、怀、诛或任何的修持，要常把拇指想为能勾召种种力量、本尊及加持的金刚钩一般，这样亦会易於以拇指拨动念珠。
虽然此论未加详说，但是在一些广大的教授中，却有教示在作某些修法时应如何过珠的方法。譬如在一些降伏修法中，我们便要用双手急猛地拨动念珠。
以下所说是不使用念珠时如何保护处理的方法，这是莲师所亲口传授的。
若行者所用的念珠是曾为众大德、自己的上师及经本尊修法多次加持的话，这念珠便应与我们形影不离。行者要守持金刚念珠不离身的根本誓句。
关於使用念珠的支分誓句甚多，但这里仅谈及一小部分：念珠不可远离体温；切勿将秘密金刚念珠展示人前；不可交予他人之手；
不可随处摆放或交托他人保管；不可被破犯三昧耶者或与反对自身的信仰者所触摸。
在诵咒时才可以手持念珠，其他的时间不可以无聊地搓弄念珠，更不可用你的念珠占卜或计算金额。
对念珠要常存有敬意，要把它秘密收藏不可以公开向他人展示炫耀；不可以放置低处更绝不可放在地上；
不应为了装饰或无意义地配戴念珠，若行者能守持使用念珠的誓句，一切所求定会如欲成办。
以上这些教授只是对向常被加持的念珠而说，如果是一串未曾被加持及对於自身修行没有用处的普通念珠，你们才可任意把玩。

保护念珠不受恶人所染污极为重要，若其被那些破犯五逆大恶者的手所触及，那即使是菩提子或黄金所造的特殊念珠，亦将不会对人有利，
行者的一切所求亦难以如愿达成。又念珠若被屠夫、破坏金刚誓戒者、杀人凶手或盗贼所触，便无法有益於行者。
由於不清净的来源而获得的念珠或有某些损坏不全的念珠即不应使用。
经过多次加持及供养本尊的念珠，虽或会增添光泽，但也绝不可以因此而将它变作私人的用途。
若念「这串念珠曾获加持，我要据为己用！」便是一种极坏的念头，盗取或转售这样的念珠是极大的过恶。
念珠的数目多於或小於一百零八粒皆不宜采用；若曾为火烧；被兽畜跨越；为鼠所啃的念珠均不适合使用。
如果我们的念珠有这样的问题，便会损灭金刚念诵的功德，所以要舍弃这种念珠，因其效用己失。

经典中亦有记载不同的念珠，有不同的念诵功德，《佛说校量数珠功德经》中说：“曼殊室利告大众言：‘汝等谛听！受数珠校量功德差别如是：若用铁为数珠者，诵掐一遍，得福五倍；若用赤铜为数珠者，诵掐一遍，得福十倍；若用真珠、珊瑚等为数珠者，诵掐一遍，得福百倍；若用木槵子为数珠者，诵掐一遍，得福千倍。若求往生诸佛净土及天宫者，应受此珠。’”
若用莲子为数珠者，诵掐一遍，得福万倍；若用因陀罗佉叉为数珠者，诵掐一遍，得福万倍；若用因陀罗佉叉为为数珠者，诵掐一遍，得福百万倍；若开乌卢陁罗佉叉为数珠者，诵掐一遍，得福千万倍；若用水精为数珠者，诵掐一遍，得福万万倍。
若用菩提子为数珠者，或用插念，或但手持此珠，不能依法诵佛名，等数难可拔。是诸善男子，若复有人手持此珠，不能依法念诵佛名及陀罗尼，此善男子但能手持随身，行住坐共，所出言语，若善若恶，斯由此人以持菩提子故，得福等同如念诸佛诵咒无异，得福无量。
《陀罗尼集经》以水精为第一；《摄真实经》卷下<建立道场发愿品>说香木得一皆福，鍮石、铜、铁得二分，水精、真珠得一俱胝分，莲华子、金刚子得二俱胝分，间错种种诸宝及菩提子最胜，可得无量无骤不可说不可说分之福德。《守护经》说菩提子及种种和合之珠最胜；《数珠功德经》、《瑜珠念珠经》等亦以菩提子为最胜。
在密教行法之中，依三部五部之差别，所用数珠亦有不同。《苏悉地羯罗经》说佛部用菩提子观音部用莲花子，金刚部用噜梛罗叉子之数珠；《守护经》及《瑜伽念珠经》说佛部用菩提子、金刚部用金刚子，宝部用金等诸宝，莲华部用莲华子，羯磨部用种种和合之数珠。
我国有关使用数珠的记事，首见于《续高僧传》卷二十<道绰传>：“人各掐珠，口同佛号。”道绰之专弘净土，始于隋末，於唐代贞观年间又以数珠教人念佛，可见数珠是在唐初才被当作称名记数之法具。其后，以《陀罗尼集经》为始，密部仪轨被大量传译出来，数珠亦为密教僧人所广泛使用。
在使用念珠时，通常一串念珠会有一颗母珠，方便计数。在《陀罗尼集经》中说：“作是相珠一百八颗，造成珠已，又作一金珠，以为母珠，又更别作十颗银珠，以充记子。”除了母珠之外，颗数多的念珠，除母珠外，也会多加数珠记子。如《禅林象器笺》中后：“百八颗外，有十颗小颗为记子。”