一是环境。农作物对环境的影响是一个非常严肃的课题，转基因作物对环境的影响受到普遍关注。关于转基因抗虫玉米可能伤害到其他种类的昆虫的实验引起了美国农业部和环境部的重视。
二是对人体健康的影响。反方认为，转基因新型植物可能创造出新的过敏原，可能会因为基因突变而产生新的变种，很可能存在未知的对人体健康的危害。
三是经济方面因素。反方认为那些大公司将垄断转基因农作物种子市场，让富者更富、穷者更穷。另外，最近数年风行美国的“有机食品”爱好者强烈反对转基因食品。