1937年7月7日，日军制造事端，挑起卢沟桥事变，八年全面抗战爆发。8月13日，日军又在上海发动大规模进攻。11月，上海沦陷。12月13日，日军攻入南京。12月24日，杭州失守。顿时，抗战形势十分严峻。到1939年5、6月间，日军侵占了舟山地区；敌机又不断轰炸宁波，致使宁波处于危急境地。
其时，为避战祸，杭嘉湖地区的好多公立学校相继解散，宁波也有不少学校停办。社会人士认为宁波中学不能留给日本人，应设法自行坚持办学。省教育厅适于1939年夏将省立处州中学(今丽水中学)校长赵仲苏调到省立宁波中学任校长，以主导宁中前程。赵仲苏(1899—1955)是东阳县巍山镇人，1922年毕业于湖北武昌高等师范学校，曾先后在杭高、两浙盐务中学任教，后又在处州中学任职8年。他于7月到宁波上任后，认为维护宁波中学的有效办法是迁离宁波，于是提出到150公里外的嵊县太平（今属嵊州市长乐镇）一带继续办学。但一时遭到不少宁波籍师生、家长和地方人士的反对，甚至怀疑这位外来的校长可能将宁中带往自己家乡那边，从而使宁波失去一所名校。赵校长忍受着被猜疑的委屈，日夜奔走，苦口婆心地争取各方支持；他又发出《告家长书》，陈述迁校之必要，表示一旦抗战胜利，定将学校迁回宁波。终于，得到多数家长和爱国人士的理解，又得到省教育厅的批示同意，赵仲苏校长最终凝聚众议，拍板迁嵊。
在1939年的炎炎夏日里，依靠省府和民众的支持，师生员工同心协力，克服公路已破坏的困难，通过肩挑手扛，或用木船竹筏，千辛万苦地将学校的档案资料、图书仪器、课桌床架，甚至硕大笨重的钢琴和乒乓球桌等校具，辗转三百余里运抵嵊县太平。按事先联系，借用了太平、坎流、石砩三个村的8座宗祠和1座庙宇，为教学、办公和生活用房，另在坎流搭盖茅房增作教室，并在溪边空地开辟运动场。是夏，立即在甬、嵊两地同时招收新生。随后宁波地区的师生如期赶到嵊县太平，宁中终于在9月1日准时开学。当时以太平为校本部，坎流与石砩各为分部；学校设初中、高中两部。1941年秋，又按省教育厅指示，试办了六年一贯制，并首次录取了7名优秀的公费生。1939年夏全校师生共超千人。翌年更增达30个教学班，约1500名学生。在这时局动荡不定、生存艰难困苦的流亡岁月里，宁中来嵊坚持办学，真是一项爱国为民之大无畏的果敢行动，实在令人震撼与钦佩。
初在太平开学时,初中学生主要在石砩村的刘家祠堂和郭家祠堂授课，高中学生则在太平的清风公祠、渔稳公祠和坎流村的应家祠堂学习。后来六年一贯制的初一新生先在石砩开课，一年后移至坎流茅房教室里学习。校本部设于清风公祠。另在清逸公祠设图书馆和仪器实验室，西崖公祠为音乐教室和女生宿舍。为敷教学所需，还借用过沃基村的祠堂也作音乐教室。太平、坎流、沃基互为邻村，近在咫尺，石砩与太平则相距约五里，师生教课和听课、参加集会或体育活动，不论寒暑晴雨、白昼黑夜都得奔走于田间小道，可谓艰苦备尝。但学校的教学管理、师生的教风学风都非常严正规范，集体纪律也十分完备严明。如师生一早起床后，以军事化的要求迅速整理好内务，立即上体育场进行早操或跑步锻炼。赵校长带头执行生活制度，总是一早亲临学生寝室进行巡查，有时还摸黑起床后，提着灯笼从太平赶到石砩同初中部师生一起进行晨间锻炼。为鼓舞学生以乐观向上的精神风貌面对艰苦的生活条件,又使受到生动积极的思想素质教育，教务主任吕漠野和音乐教师陈有文分别作词和谱曲，编创出了包括《起床歌》、《早操歌》、《进餐歌》等等的《宁中生活组歌》。如《早操歌》：“起来，起来，同学们，别等那公鸡三番两次的叫。青年是人类的春天，青年是民族的珍宝，要……”有的歌词里还有“泥土太少栽不起参天树，基础太松盖不起摩天楼。没有结结实实的身体来担负，学问、聪明、道德、技能这都是没根的萍草在水面上浮……”这些歌词在隔了七十余年后的今天，有的老校友还能哼唱出几句来。
当时宁中学生满怀爱我中华、仇恨日寇之激情，十分珍惜这一学习机会，都比往常更加发奋刻苦地努力学习。时因煤油紧缺，在晚上只能是各人一盏一芯的桐油灯(称搁釜)，在昏暗的灯光下埋头看书和作业。每逢星期日，有许多住校生分散在田间地头和溪边树下捧书阅读或朗声背诵英语。时虽战事消息频传，但学校仍能抓紧进行各项教学活动，除尽力做到正常授课外，还让各班自编出刊墙报，并进行评比；举行文艺晚会，演出《黄河大合唱》、《打回老家去》等节目。其时浙江省府转撤至金华地区，宁中合唱团因而曾特去金华进行抗日宣传活动；学校体育活动也很活跃，既举行田径运动会，又有学校男女篮球队和排球队，还和校外球队进行友谊比赛。那时高中部设有军事课，学校有十多支步枪，军训教官则有短枪。初中部学生曾统一穿童子军服装，男生戴帽穿制服，女生剪齐耳短发，穿裙装。当时还曾在万松林搞军事露行，举行营火会活动。

之后抗日时局日益紧张，师生高度警惕敌情变化。1941年4月17日，绍兴沦陷。4月20日，宁波陷敌。日军飞机不时前来嵊县骚扰，疯狂地进行高空机枪扫射和俯冲投弹轰炸。已踞绍兴、诸暨等地的日军随时可能窜袭嵊县，因而宁中师生进行了多次化整为零的疏散演练和连夜向南山紧急撤离的演练。
1942年元旦，师生千余人在坎流村大祠堂集会迎新年。上午八时许，赵校长正在台上报告当前形势和应变措施时,突然日机来袭。此时师生已来不及向野外疏散，临危不惧的赵校长立即果断地大声喝令大家就地卧倒、不准走动和跑出祠堂门外。由于平日训练有素，师生一律迅速匍匐在地。日机在长乐、太平上空低飞盘旋，寻觅袭击目标。不一会，敌机的机枪扫射声和俯冲投弹的爆炸声接连响起……事后获知，此次有7架敌机进行了疯狂轰炸，致使长乐和太平被炸死19人，炸伤15人，炸毁民房40余间。赵校长在太平的住处大门也在轰炸中受损。幸好全校师生在紧急情况下未暴露目标而无一伤亡。这年春天，赵校长和一位工友跋山涉水数百里，不畏艰险地穿过几道封锁线，去浙南景宁向转撤在那里的省教育厅报告宁中情况并领回学校所需经费。有一次学校总务人员在外地采购得粮食数千斤，不料在东阳县境被拦截，赵校长立即赶去东阳找县长据理力争，终使被扣大米运回太平。5月，日军拟三路进攻金华，企图夺取衢州飞机场。中旬的一天，数股日军调动，过境嵊县。宁中师生得讯后连夜负重冒雨撤至南山雅安村。到达后天将黎明正欲休整时，又忽闻敌情，赵校长迅即决定，师生再次紧急转移，撤往时属东阳县的玠溪村（今属嵊州市贵门乡）。隔不多久，一股日军在窜往东阳县城的途中，袭击了白宅墅村和雅安村，野蛮地进行了烧杀掳掠。幸好宁中师生转移及时，未遭祸害。后来又得悉，流窜的日军还在长乐行凶，杀人抓夫，烧毁大街店屋数十间；又太平建成才15年、曾是宁中本部的清风公祠也被焚毁，由此宁波中学也就不能再回到太平一带办学了。
1942年7月14日，日军侵占嵊城；接着强派民夫加紧修复嵊长公路和东长公路。1943年春，日军在东阳巍山设据点。4月16日，日军侵占长乐并设为据点。玠溪与长乐、巍山三地位置呈三角形，分别相距30、50、60里。在玠溪复课的宁波中学为防日军突袭，日夜轮班派出受过军训的高中男学生去贵门和岱马岭两地设卡放哨。若发现日军来袭，立即向学校报警，以迅速应对。师生每日清晨打好被包，备好学用必需品，甚至灯笼蜡烛，然后才上课，随时准备撤离或疏散隐蔽。其时有一支具一定装备和战斗力、番号为“唱凯部队”的国军，在嵊县与东阳的毗连地区活动，不时打击日军。这支部队与宁中关系很好，在其数次袭敌获胜时，师生曾前往慰问，部队则让有的学生骑战马返回。后该部认为宁中在玠溪离敌太近，且这一带已为敌我交火之战场，所以诚告学校为安全计必须尽早南撤。宁中遂提前放假，师生在民众和部队的协助下，于8月份按计划经墨林、大盘，跋涉约150里，撤迁至磐安县大皿村。