请问能否用github桌面端软件创建一个总仓库，然后在总仓库里面创建子仓库对应不同的项目

你这个需求叫「子模块」，对应 git submodule 能力。你可以在 GitHub Desktop 里进行尝试，这个需求本意是为了把项目各模块部分解耦，分别独立维护。
我自己是不用 GitHub Desktop 的，它的定位没有那么全面，适合新人上手，一些偏门功能（比如我会用到的 GPG 签名、Sparse-checkout 稀疏检出、Monorepo 巨型仓性能优化等）它都不支持的。