大概就是路西斯国古代出现了一种虫，被它附身会失去自己的身体控制变成不老不死的厮蟹，然后由于古代的路西斯没有不死斩也没有净化篝火的余灰，差点几乎灭绝，之后出了个叫鸭蛋的王族成员，他通过一种秘法牺牲自己把所有不死虫吸进自己体内拯救了整个路西斯，但是得救的其他路西斯王族兄弟却惧怕鸭蛋身体的不死虫而拒绝让他登基成王并把他封印数千年？？然后他不知道怎么又复活了，然后要向整个路西斯国和皇族报仇？
这些都是游戏里巴哈姆特的对话里猜出来的，其余时间几乎完全没有主线剧情，几乎所有人物背景去向都不明，谜语人太多。

大差不差 然后 六神干预 想救世 诺就得死

其实差不太多，你说的“虫”就是使骸化，吸收“虫”也是巴哈姆特赐予亚丹的一种能力，真结局里巴哈姆特也给了露娜同样的能力。
亚丹他弟弟（夜叉王）陷害亚丹的原因其中一点是你说的那样是因为害怕，其次是他私心也很重，为此他不惜欺骗、利用并杀死神使艾拉，夜叉王夺权以后其实就后悔了（也不影响他干了出生事就是了）。
但归根结底是巴哈姆特的锅。亚丹是水晶选中的初代王，但是巴哈姆特给了他吸收使骸的能力，为了保护人民（亚丹针对使骸化人类的方针是靠自己救，夜叉王觉得他救不过来主张直接杀），亚丹吸收了过多使骸之力导致自己变成了类使骸的怪物体质（不死、长生不老），这导致水晶不再认可他进而导致他无法成为王，夜叉王也顺势夺位了。
后面亚丹杀进王都的时候被巴哈姆特阻止那里也能看出来，巴哈姆特就是幕后黑手，他主导了这一切，目的就是“引导人类走上正途”，方式是先创造出亚丹这种仇恨集合体的怪物让世界陷入黑暗，再引导一位天命真王出来以生命为代价彻底击败亚丹为世界带来光明。可以说巴哈姆特热衷于当导演，但是作为演员的亚丹 诺克特等人都不是自愿的且被巴哈姆特玩弄了人生

想了解更多内容的话要去看电影王者之剑（前传）和小说未来黎明（真结局）

要是光玩一遍游戏主线就捋明白这些，楼主你还真厉害呢。就是这么回事，不过亚丹的复仇不完全是出于他本意，正如ff系列历代的boss大都不是“纯恶”。