主角在第三幕的时候跟着哲平前往海祈岛，（这一次哲平的人设变成了一个普普通通的士兵，不是后勤）到了海祈岛心海对主角大驾光临，然后跟主角商讨最近海祁岛的现状以及幕府军那边的一些动向。对于主角的热心帮助，心海也表示感谢，并说事后如果能真的推翻眼狩令，锁国令，一定会报答主角的恩情。
虽然主角主动提出要帮助海祈岛，但是心海觉得不能让主角过于掺和海祈岛和鸣神岛之间的伤亡战争，所以心海决定请主角帮忙接手一下海祈岛的后方后勤的部分，比如清理魔物，缴纳贼匪，还有帮助后勤的一些日常事务安排。在这期间主角可以详细的感受到海祁岛一些士兵和平民的热心。感受到他们因为锁国令就是造成的生活不便，也在这段时间跟他们相处的期间，逐渐感受到他们为了生活，为了反抗愚政的意志和决心，也认识到了各种各样的对这场战争不同态度的人。有的人讨厌幕府，有的人只是希望能让雷电将军那边能改变政策，有的人则是对幕府特别的恨，也有的人只是觉得妨碍了自己的生活，其他的都无所谓。各式各样的人都有。（楼下继续说）

期间哲平表示海祁岛曾经也侵略过鸣神岛，据说雷电将军失去了自己的珍视的事物，但至少这一次他们也要终结幕府不合理的愚政暴政，同时也表示自己过于弱小的无奈和不知能否成功的未知，要是能尽快彻底终结这场战争就好了。心海则是对此表示疑惑，因为这一年多的战争期间，雷电将军从来都不过问他们和鸣神岛之间的战争，包括之前打仗前他们也曾多次找天领奉行和勘定奉行的人商谈各种不合理政策的恶劣影响，但他们却全部无视，甚至还对他们到海祁岛的人以过去的各种恩怨为理由，对他们实施各种各样的辱骂，对于他们设立的各种暴力政策也觉得理所当然。这种事情雷电将军也从来不过问和表态。但仅凭他们自己实在是没办法去查明这深层次的原因。只能暂时作罢，等战争结束后再说。

同时在这期间心海带着主角和神里绫人的一些终末番密探进行了一些秘密的私下联络。（绫人本人不登场，只在幕后进行一些局势的把控。）主角也靠自己强大的做事能力逐步获得了海祈岛士兵们的信任，请求心海将主角奉命为建于二番队队长。心海也照做了，主角也接受了这个荣誉称呼。而哲平也接到一些长时间远征的任务，可能要好几天后才能回来。

结果这几天密探一直在传达前线作战非常的顺利。可是后面哲平等人回来后，心海和主角却发现了他们的不对劲，似乎变得更加衰老了。可他们却对此支支吾吾不想明说，心海于是赶紧派自己的一些心腹士兵悄悄进行调查。后来心腹拿悄悄拿到了一个秘密武器，给心海五郎主角看。主角立刻发现了这是邪眼，是愚人众的东西。意识到问题的严重性的星海和五郎，赶紧去找那些士兵查看情况。却发现他们此时的老化现象更加的严重了，于是赶紧问他们是怎么回事儿，最后哲平只好说出在远征期间，他们遇到了一个资助方的人。告诉他们:“他们是来支持海祁岛做英勇抗争的人，这里有一种秘密武器。可以大幅强化你们的战斗力，但是这件事一定要保密，千万不能说出去。”哲平还说自己知道其实仅靠海祁岛的平均战斗力量还是比不过鸣神岛的军事力量。希望我们能继承他们的意志，尽快打赢这场仗，推翻暴政，为整个海祁岛乃至稻妻迎来更好的未来。话音刚落，哲平和这几个士兵就失去了气息。心海和五郎对这个情况感到非常的不知所措，因为他们之前几乎从来都没有跟愚人众接触过，而主角也很快意识到了对愚人众利用他们的抗争之心而试图削弱他们的力量，他对这一行为感到出奇的愤怒。于是他将这个想法说了出来。心海想了想，根据哲平他们行动的大致位置推测出了愚人众大概在八耘岛的南部区域有所行动，到那边探查或许会有所收获。但心海不能支持主角一个人行动，于是他决定派一批士兵，帮助主角到那边探查情况并清缴愚人众。

到了那个地方，主角仔细探索了一番，发现在这一块区域中有一个隐藏的入口，于是跟士兵们一同商量决定突袭这个入口，主角当主力前锋。一路上主角和士兵们斩杀了好些愚人众的人。（还看到主线在斜眼工厂里看到的那个跟内森有关的文本。）但越往深处里面的邪祟气息就越来越严重。于是主角决定让士兵们赶紧离开这个地方，自己一个人深入探查。结果到了工厂的最内部，散兵突然出现，说出了跟现在主线差不多的对话，然后主角被突然变得更加浓厚的邪祟气息，弄得昏倒了，在昏倒前看到了八重神子找到了散兵。
之后的发展跟游戏现在的剧情大差不差，但后面加了一个细节。那就是九条得知了真相后，准备回去找家主兴师问罪，主角也一并追上去之后神子在跟绫人进行一番联系，表示可以开始后续计划的行动了，绫人知道后就悄悄的派终末番的人带领反抗军的人，躲在鸣神岛的暗处待命，等待时机。

目前大致修改的故事就是这样，虽然可能还是有一些细节没完全考虑到，不过我觉得至少在观感上能比原来的故事更加的完善，你们觉得怎样呢？