那个叫拉斐尔的黄毛和故事第一部分自杀的拉斐尔是什么关系?还是单纯重名?最后结局就是那个关于地球运动这本书终于初版了么?

可以理解成平行世界（或者if)，前三代主角都是架空世界观，最后一代是真实背景，结局精髓应该在怀疑那里吧，书出没出版不太好说（毕竟背景都不一样了）

此前都是无名者的过去，因为没有名字事迹流传下来，自然不是真实的
但也并非虚假
正是那一代代无名者们的薪火相传，那份追求真理的精神才能跨越时空隔阂传达到如今，变成我们所知晓的历史，与最后的“？”

我倒觉得算是妙笔。
为了真理不惜以身殉道的拉法尔的另一个可能，是信奉名为「理性」的神明而漠视生命的恶徒（哲学上的独断论/科学实在论）。正如曾经在历史中站在进步一方的教会阻滞了思想的解放。或许我们所能知晓的永远都残缺不全，但如果偏执于自身既有的观念而拒绝理解他人与世界的运动，则必将会堕落为异端审问官那样的「反派」。
或许作者在这里开出一个if最终想要表达的是:前三章主角们的事迹固然可歌可泣，但历史并非仅仅由特定的某人书写——只要人类求知的「感动」仍存，一切对历史的反动不过是螳臂当车。

不是平行世界啊，最后书都发行了，还要给拉法尔养父送钱，之前的事都是真实发生过的历史

解读很多.....如果用最简单的一个方式理解的话。第四部是现实，前三部是故事。
假设历史上阿尔伯特在童年时真被一个叫拉法尔的老师吓到差点一辈子当面包师，但在一个对朋友见死不救很内疚的神父的开导后愿意上大学，并且被一封有着奇怪书名的信给启发了。
于是作家想给这封信赋予重量，故决定以此编前传，为这封信的来历架空一个P王国谱了一大篇故事。也因为现实中的拉法尔所为，作家就抓到了他的极端性让他为真理自尽，好开启这个歌颂追求知性的故事。阿尔伯特所在的现实中虽没有小拉、欧、巴、约、杜这些人，但也有着类似的存在，一样伟大，一样不知名。我们能将在P王国得到的感动投射到现实中这封不知名人士寄出的信来。

后面说不是马上被抓了刚好就被当异端抓了 就是被抓前一阵子干的事呗 最后紫砂可能也是有鲨人的后悔吧顺便还能成就个大义

历史记录会失真，书会散佚，人会死亡，组织会僵化，信念会变质，但对真理的探索永远都不会停止。
我觉得作者大概就是想表达这个意思。