关于分子对接的新人疑惑
autodock吧
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level 2
ehhh 楼主
这几天用vina分子对接，然后有好多问题上网搜也搜不明白，有无佬救救[泪] [泪] [泪]
1.为什么有些结果出来是0啊，步骤都一样的
2.为什么同一步骤隔了几天再做同一个对接出来的结果差异好大，之前做出了一个-6的，今天又做变成-4了，好像就是位置坐标不一样，但是每次在弄盒子的时候不应该重新搞盒子的位置吗？所以坐标会变应该正常吧
3.在show interaction的位置一直报错，查了应该不是虚拟内存的问题，跟python版本有关？
附图
图1是问题3，图2是问题1，感谢大佬们
2025年03月01日 04点03分 1
level 2
狼哩格朗
同样有问题3，顶一下，求助🆘
2025年03月26日 18点03分 2
ehhh
可以下个开源版pymol，自己找氢键
2025年03月30日 07点03分
ehhh
xd，三个可能，1 计算量太大，配置不够，2 路径没有全英文，3 python或者什么东西的版本不对
2025年03月30日 07点03分
level 1
Nenelx
想问一下就是点击show interaction会报错但其实到这一步已经对接好了吧，想要保存这一步的pbdqt文件该怎么操作啊，还是就只能在show interaction里面保存啊
2025年05月31日 05点05分 3
level 1
Nenelx
用autodock对接出来结合能基本都不小于负五
2025年05月31日 05点05分 4
level 1
啥时候毕业呀？
问题三把gridbox缩小点
2025年12月15日 02点12分 5
level 1
啥时候毕业呀？
或者把结果文件pymol处理后用其他能预测网站相互作用网站打开，
2025年12月15日 02点12分 6
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