以女娲娘娘和伏羲大神的关系，他们创造出来的功法应该可以一起修炼吧？

当然可以合练 因为魂天宝剑本身就是一种兼容并蓄 甚至炼法可以七彩多变的 功法。你甚至可以称他为万金油辅助功法。
天子传奇里面先天乾坤功可以和浑天宝剑合练 那么神兵里面至尊宫当然也可以和浑天宝剑合练 。
至尊宫和乾坤宫其实就是某种同位一体 。
当然真要细分的话 两者确实也有不同 按照一些同人的说法 至尊宫和乾坤宫是分别代表内丹和元神 但是浑天宝甲则是内丹 元神皆能炼成的 所以也不影响 。