首先，要解释一下何为DeeponE Prototype？
DeeponE Prototype是同人社团时期所创作的同人作品，可以说是商业作品DeepOne的雏形也是原点。
虽然如此DeeponE Prototype并不是一部完成了的作品，虽然日后DeepOne的世界观设定框架已经在该作有了个大概框架，但实际上做出来的剧情内容对比日后的DeepOne只占很少了一部分，简单来说可以理解为是一个体验版。

一开始，自然是故事的主人公斋野尚哉了。
其实，斋野尚哉也算是DeeponE Prototype和DeepOne里外形变化最大的角色了，因为DeeponE Prototype里尚哉就没有画出过人设。
就像我之前说过的DeeponE Prototype虽然是DeepOne的原型，但实际上做出来的故事内容只是日后DeepOne的很小一部分可以说是只鳞片爪的程度了。而在DeeponE Prototype的故事进展中尚哉还没有成长到可以作为战力参与实战的地步同时又因为以尚哉作为第一人称视角的关系，以同人社团的产能一开始自然没有花力气去专门绘制尚哉的人设。
斋野尚哉（DeeponE Prototype）
斋野尚哉（DeepOne）

作为女主人公之一的斋野九花，在DeeponE Prototype中她是一位有着粉色长发和紫色双眸的少女，而在DeepOne中则改成了相对来说较为平凡的棕发棕瞳的人设，不过裙子变成超短裙算是跟上时代潮流了。
发型上DeeponE Prototype的九花两侧的头发扎了多条小辫的，而DeepOne的九花只扎了一条小辫并且为了强调花的印象戴了花形头饰。
无袖毛衣则是从DeeponE Prototype保留至DeepOne的元素。
斋野九花（DeeponE Prototype）
斋野九花（DeepOne）

身为女主人公之一的佑姬霞，在DeeponE Prototype至DeepOne的演变中，她的形象属于变化不大的那一类。最大区别可能是DeeponE Prototype中的佑姬发型是低马尾麻花辫，而DeepOne的佑姬则是高马尾。服饰上也做了一些变动，由长袖变成了无袖（或者说是超短袖）。
佑姬霞（DeeponE Prototype）
佑姬霞（DeepOne）

身为女主人公之一的比奈森沙耶，在DeeponE Prototype至DeepOne的演变中，她的形象属于变化蛮大的那一类。
DeeponE Prototype中的沙耶是有着绿色头发并且扎了两根麻花辫并穿着了一套看起来比较朴素的和服的造型，虽然说起来有点不是很好听，但真的看起来很像村姑。
而DeepOne中则为了改变这一印象，因此改变了沙耶的发色发型并加入了金色头饰和大红蝴蝶结等元素，所穿的和服也变成了适合战斗用的个人改装版，用于突出“典雅高贵的大和抚子”这一印象。比起DeeponE Prototype中的造型，DeepOne中的沙耶确实更符合分家的家主这一身份设定。
比奈森沙耶（DeeponE Prototype）
比奈森沙耶（DeepOne）

身为女配（?）的泡沫夜仔，在DeeponE Prototype至DeepOne的演变中，她的形象属于变化特别大的那一类。
在DeeponE Prototype中夜仔的形象是一位银色长发紫色双眸的美人，光是配色就能让人一眼觉得“哇，这个角色不简单”的类型。但也可能是这个形象太过张扬了，不符合伪装成教师这一身份设定，于是在DeepOne中修改成了相对普通的亚麻色发色。
另外，可能是绘师笔触以及服装制式的一些变化，看起来DeepOne的泡沫夜仔比起DeeponE Prototype中的泡沫夜仔身材更加凹凸有致。
泡沫夜仔（DeeponE Prototype）
泡沫夜仔（DeepOne）

身为女配（?）的柚原亚希，在DeeponE Prototype中她的名字则为柚原叶，与伊世变一叶读音没变不同，叶（Kana）变成了亚希（Aki）。
总体设计印象基本保留，DeepOne之中只是对服装进行了现代化修饰，具体形式以及脖子上系着的缎带都有保留。主要变化在于头部，原本在DeeponE Prototype中淡紫色头发紫色双眸然后一侧头发扎个小辫的形象在DeepOne之中则变化为了银发银眸，增加了头饰品取消了小辫。
柚原叶（DeeponE Prototype）
柚原亚希（DeepOne）
但是DeeponE Prototype的柚原叶的头部设计元素并没有完全废弃，在DeepOne的续篇DeepOne领界侵犯（Desecration）中新登场的女角色斋野一花继承了这个淡紫色头发的设计。

身为男配的山元元喜，于DeeponE Prototype至DeepOne的演变中，他的造型上其实变化不大，但是给人气质上的观感则变化很大。
DeeponE Prototype中的山元元喜看起来更像是那种体育生山猴子的感觉，而DeepOne中的山元元喜则是突出其少年感以至于无论面相还是体型都给人一种“与其说是高中生，不如说是初中生”的印象。
山元元喜（DeeponE Prototype）
山元元喜（DeepOne）

八户荚贵（DeepOne）

文示宫笃（DeepOne）

身为男配（?）的朱鹭谷众逸，这也是DeeponE Prototype最后一位有人设的角色了，同样跟日后商业成品的DeepOne中的朱鹭谷众逸造型和印象差距不大。
基本造型都是是身着学生制服的形象，DeepOne中也只是给制服增添了一些细节而已。在DeeponE Prototype中墨绿色的头发和双眸于DeepOne修改为黑发黑瞳，另外不知道是因为头发遮住还是因为同人社团时期就没有此设定的缘故，DeepOne中众逸左眼角靠近太阳穴处的刀疤在DeeponE Prototype中的人物立绘上没有体现。
朱鹭谷众逸（DeeponE Prototype）
朱鹭谷众逸（DeepOne）

九花感觉倒是更喜欢老版人设