第一部分故事梗概追忆篇幕府末期的日本，受到外国列强瓜分的严重威胁，由一群昏庸无能的武士统治下的国家支离破碎，民不聊生，到处兵荒马乱。　　某日，在一个偏僻的村庄，一群强盗正在肆意抢夺，滥杀无辜。绯村剑心，原名绯村心太，当时只有5，6岁，但已经父母双亡，当时他正在一群被拐卖者的队伍中，同行者中还有几位命运和他一样悲惨的姐姐（樱，茜，），心太曾说过会尽全力保护她们，但是，弱小的当时能做到的只是眼睁睁的看着几个姐姐被残酷杀害，反而是她们临死前哀求强盗放过心太，这残酷的一幕在心太的心中留下难以抹平的伤痕。心太眼看也难逃一劫，忽然一道冰冷的剑光闪过，刹那间数命强盗已成剑下亡魂，最后一个不知死活的强盗问那个男人的名字，男人冷冷的说：“快要死的人，没有必要知道我的名字。”心太面前出现一位衣着飘逸，威风凛凛的年轻剑客--飞天御剑流第15代传人比古清十郎。第二天，当比古清十郎准备埋葬村民们的尸骨时，在坟墓里又遇见了昨天那个小孩，他正在掩埋所有人的遗骸，连强盗和人贩子遗骸也一起埋葬了。夕阳下满眼望去都是密密麻麻的十字架。比古清十郎将美酒浇在那三位可怜女子的坟墓上，说道：没有品尝到美酒就离开人世，真是可惜啊。“也对心太说了一句：“心太这个名字太软弱，以后你就叫剑心吧！”

就这样， 剑心跟随这位世外高人苦学剑术，5年后，剑术已达登峰造极之境。但他与师傅对以剑救世，以剑救人的信念的分歧日益明显。师傅认为虽然自己身怀绝学，竟连身边的弱者都保护不了，只能亲手将他们埋葬，他认为凭个人力量不能挽救些什么，他对这个乱世已失去信心，想隐居不再过问世事。他知道剑心投身于乱世只会成为政客和野心家的杀人工具。而剑心作为热血少年，一心要以剑保卫弱者，铲除恶人，结束乱世。为正义而挥剑杀人是他当时的理想。两人常在争吵声中度日，比古清十郎也想考验一下剑心，因此并没有将飞天御剑流的最终奥义--天翔龙闪传授给他，终于，剑心不辞而别，踏上了维新的崭新人生旅途。革命是需要流血的，剑心加入长洲城维新派属下的高杉晋作的奇兵队后凭借出神入化的剑术，尤其是拔刀术，成为幕末最强的剑客，一把剑染满鲜血。人称刽子手拔刀斋，由于幕末不同的维新派别之间经常相互争斗，剑心树敌甚多。一次，在执行暗杀任务时，剑心将少女雪代巴的未婚夫清里杀死，清里临死前强烈的求生欲望促使他在剑心的面颊上划出一道刀痕。　　一个春雨霏霏的美丽夜晚，剑心遭到刺客袭击，但那个不自量力的忍者顷刻变成了血肉模糊的死尸，血腥的一幕恰好让喝醉了酒而途经此地的雪代巴看见了。她用平静语气说到：“你真的会唤来腥风血雨啊。”然后就晕了过去。剑心本想杀人灭口，但她身上那种久违了的白梅香使他不忍心下手，于是把她救了回去。

未几，因为长洲城维新派与另一个势力强大的倒幕派－－新撰组发生争斗，在池田屋大战中交战失利，而剑心也因为遇到了无法战胜的对手，该组第三队组长--斋腾一。又加上有内奸出卖，险些被幕府全歼，剑心与其他维新志士只能转入地下斗争。雪代巴和弟弟雪代缘此时接受了幕府暗乃武忍者组织的委托接近剑心，试图找出他的弱点，雪代巴也想乘机为未婚夫报仇。剑心一开始就保持警惕，几次差点杀掉巴，但一次在巴看他睡在窗台附近，怕他着凉，于是为他披上被子，由于常年的暗杀生涯，在惊醒的一瞬间拔打砍向巴，发现之后一把将巴推开，并说出：“如果是你的话，我不会对你拔刀的。”后来由于著名的池田屋事件，长州藩大部分领导者被新选组斩杀。桂小五郎要求剑心和雪代巴假扮夫妇暂时在乡村隐居等待机会。随着时间的流逝，16岁的剑心对20多岁的雪代巴说：“如果可以的话，不仅仅是形式上，而是真正的生活在一起吧。”两人过起了隐居生活，而雪代巴也被剑心的远大理想和伟大人格所折服，放弃了报仇的想法，为了不让剑心成为只会杀人的狂刀，雪代巴愿意成为这把刀的刀鞘。而剑心也觉得和善良的雪代巴在一起使他能忘记杀戮，一种和平宁静的感觉油然而生。这其间组织的内奸也被清除，忍者组织见计划失败，便劫持雪代巴来要挟剑心，并布下天罗地网，要剑心永远消失。然而正如剑心所说：“马上把雪代交出来，否则，死……！”

后来，剑心确实去找他了，不过新井已经归西了，找到的是他的儿子，但剑心要的并不是杀人剑，而最后他也得到了新井赤空的最后之作－－逆刃刀真打，看来新井赤空最后还是领悟了剑道的真义是活人，所以造出这把名剑留给剑心。就这样，传说中最强的人——绯村拔刀斋从此在世上“消失了”，再没有人看见他，直到十年后的一天，在一个宁静的村庄里，拔刀斋这个令人闻风丧胆的名字又再次响起……（追忆篇完）

维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里，剑心遇见了一位少女神谷熏。交谈中得知有个叫此留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，阿熏手拿竹刀与之拼命，但不是对手。五兵卫手起刀落，眼看阿熏性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了个空，而阿熏已在一位英俊的红发少年怀中。　　阿熏见救自己的竟然是一位拿逆刃刀的少年武士，而且还说自己就是杀人无数的刽子手拔刀斋，她很想知道剑心为什么不再杀人，她也很想了解剑心的过去，她希望剑心结束流浪生活，在道场安家，用剑去实现保护受苦受难的人的愿望。　　阿熏把自己的身世告诉了剑心，她父亲是神谷活心流传人，一直遵循以剑活人，以剑救世的宗旨，剑术高超却从不使用真剑，专门锄强扶弱，幕末乱世中，一名弟子受利益驱使，杀死了她父亲，如今道场解散，门下一个弟子也没有，　　但她没有气馁，决心独力支撑大局，并将父亲活人的剑道精神发扬光大，以保护弱者。

剑心深深地被阿熏这种不屈不挠的精神所感动，尤其觉得她的志向与自己很相近，于是他决定留下。此后，剑心在道场里过着和平宁静的生活。不久，他遇到并解救了命中注定的几位好朋友，一个是明神弥彦，他父亲是士族，因与人有过隙而被杀，死后留下大量债务，追债者要弥彦还钱，弥彦无力偿还，只能去当小偷，后被剑心解救，追债的无赖也被打得落花流水。弥彦决心成为像他父亲一样出色的人，于是希望剑心能教自己飞天御剑流的绝学，但剑心以‘那是杀人的剑术，不适合这个时代’为由拒绝了他的要求，而推荐他投身神谷道场门下学习剑术，不过却和师傅阿熏成了对师徒冤家。另一个人是相乐左之助，他自幼父母双亡，是个孤苦零仃的孤儿，后来被维新组织之一的红报队收留，相乐队长象哥哥一样照顾他，于是他跟随队长姓相乐，并跟随红报队四处转战，维新胜利后，政府过桥抽板宣布红报队非法，并予以取缔，红报队苦战不力，全军覆没，只剩下左之助和另外一个小孩－阿黑幸免，相乐队长带着左之助逃到悬崖边，自己冲回去与政府的步枪队肉搏，当场牺牲，左之助趁乱逃脱。

还有前新撰组的冷血杀手刃卫，尽管不再需要刽子手的时代已经到来，但他凶残的本性没有丝毫改变，唯一的目的只是为了满足战斗和杀人的欲望，这样的人当然没有好下场。　　但是，最可怕的敌人还是和剑心同时代的刽子手，志志雄真实……（序篇完）

京都决战篇志志雄在幕末时代就是一个同剑心齐名的刽子手，人称“千人斩”。但维新政府建立后，这位昔日的维新志士因为知道太多政府内部的黑幕而被抛弃，甚至被夕日的同志暗算击中头部，还淋上汽油焚烧（人类生命力强大及至的体现），不料他命不该绝，反而在火光中悟出剑术的最高境界，留下无穷后患。逃过这场劫难后，他四处网罗许多对社会现实和对维新政府不满的人，组成最强的部下十本刀，并以贩卖军火、鸦片作为资金的来源，疯狂扩张势力，准备发动政变。他对维新政府落井下石的做法恨之入骨，因此在他的势力范围内，到处是生灵涂炭的景象。志志雄的所作所为惊动了政府，秘密警察负责人斋藤一决定要除去这个祸患。斋藤一是前新撰组第三队队长，为维新政府的建立立下汗马功劳，他当然知道单枪匹马不是志志雄的对手，于是他想到了剑心。此时，志志雄已经开始行动，派宗次郎暗杀了几位政府高官，甚至包括维新三杰中最后一名——大久保利通。斋藤一立即起程去找剑心，并将左之助打成重伤，以警告剑心。剑心一开始并不同意，他觉得与志志雄交手必然会造成更多无辜的死伤，斋藤一拔剑与他交手，两人过去的交手都未分出胜负，为了迫使剑心同意与他合作，斋藤一招招致命，剑心不得不最后一次变回刽子手拔刀斋，杀气逼人并击伤了斋藤一，最后大久保利通出面阻止了他们。剑心见连大久保利通都来劝自己，但仍然决定维持现状。不跟他们去找志志雄决战。在大久保利通给剑心最后考虑期限的那天路上。他被宗次郎暗杀。于是剑心了解了问题的严重性，答应出手，但前提是只能由他们两个人来解决问题而不能伤害其他的无辜者。

苍紫也来到了东京，他对剑心依然怀恨在心，在志志雄非常欣赏他杀人时的狠劲，而派人多次邀请，并答应不需要他加入，还免费提供他所需的情报后，他留在了志志雄的老巢。　　剑心送阿操去她爷爷家后，便去找斋藤一，斋藤一已得知志志雄已在某座城市安放大量炸药，并准备放火烧城，作为对维新政府的报复前奏。但具体是哪一座城市并不清楚。此时，阿薰等人也来到了东京，剑心既高兴，又担心。

凭借同为杀手的直觉和根据志志雄过去的遭遇，剑心分析了志志雄的心态，认定他将会在江户城放火。因为那里曾经发生过非常著名的历史事件，而当时维新派正是通过放火烧城而大获全胜，志志雄想以其人之道还治其人之身。于是，众人齐心合力挫败了志志雄的阴谋。志志雄恼羞成怒，竟然派出巨型炮舰“炼狱丸”要彻底埋葬剑心。 关键时刻， 经过几次迷路，并在途中跟随一位和尚学会威力无穷的“二重技击拳”的左之助施展绝技并抛出临走前月冈克浩（旧时红报队时的好友）交给他的数枚高能炸弹，将“炼狱丸”一举炸沉。志志雄怒不可遏，认定他们才是他称霸日本的最大障碍，决定在夺取日本前要先和剑心，斋藤一决斗以泄心头之恨。

决战前夕，剑心、斋藤一曾与志志雄见面，但双方观点相去甚远，随即破裂，志志雄派出牛高马大的手下尖角作为见面礼给剑心，剑心巧妙利用尖角笨重的特点使他在过度奔跑中骨折，不战而屈人之兵。随后，志志雄手下第一剑术高手——濑田宗次郎与剑心交手，剑心的逆刃刀竟然被志志雄借给宗次郎的名刀——长曾弥虎彻结合[第三阶天剑]打断。连手下都如此厉害，剑心深感对手的强大。于是，他去找名铸剑师新井赤空，没想到新井已经去世。新井同剑心的交情很深，他留下了一把名剑——逆刃刀.真打，这也是他的遗作。随后，剑心在深山老林中找到了他的师傅比古清十郎。剑心锲而不舍的精神最终打动了比古清十郎。几经周折，并有几次出生入死的交手之后，剑心终于领悟到了飞天御剑流的奥义——天翔龙闪。比古清十郎希望剑心正式继承他的位置，但被婉拒，不过他知道剑心一定会将剑术的真正精神发扬光大。决战的时刻终于来临，阿操率领宫廷间谍前来支援。志志雄接受了部下的计策，只留下最高强的天剑宗次郎，盲剑宇水及安慈留守大本营，其他人去偷袭葵屋即阿薰他们的所在地。此时，剑心、斋藤一、左之助三人踏上了通往地狱的道路。

剑心已猜测到志志雄的阴谋，于是让阿操、阿薰等人留下来守护葵屋。经过浴血奋战，志志雄派去攻打葵屋的“十本刀”军队几乎全军覆没，葵屋的众人也身受重伤，但此时敌人出现了援军，一个身型巨大的巨人——破军不二。众人无力应战，眼看性命不保。　　危急时刻，一位高手飘然而至，只一招便击败了这个不可一世的巨人，解救了葵屋，他便是剑心的师傅比古清十郎。而在决斗场上，第一轮由左之助迎战安慈。安慈其实就是教左之助双重技击拳的那个和尚。因亲人被误杀而愤世嫉俗。这是一场师徒之战，左之助将体力提升至极限，付出了沉重代价，最后击败安慈，并成功地化解了他对维新政府的误会。随后，剑心与苍紫，斋藤一与宇水也展开血战。宇水双目失明，靠感觉对方心跳，呼吸以及情绪变化来感觉对方的存在，这种法术称为心眼，斋藤一凭借其出神入化的剑术以及他一贯坚持“恶即斩”的信念，打败了宇水，但身上已是伤痕累累。

而苍紫经过多年苦练，练就了绝技“回天剑舞”，而且使用两把长剑互相配合，威力大增。剑心并不想伤害苍紫，尽管他将宫廷间谍前首领，阿操的养父翁伯打成重伤，但因为他误会了自己，而且也是阿操的情人。剑心也曾经答应过阿操要把一个恢复常性的苍紫带回去，他觉得苍紫只是被过度的欲望与愤怒所驱使而成为恶魔，其内心仍然有善良的一面。最后，剑心首次使出绝招天翔龙闪，使苍紫成为最强者的梦想又一次破灭。失败之后，苍紫静坐思过，最终决定了抛弃名利，重新做人。前进的道路危机四伏，剑心很快又遇见了天剑宗次郎。宗次郎自幼无亲无故，因为是侍妾的私生子，所以他名义上只是养子，连他的父亲都把他当作奴隶看，受尽折磨，最终只能整天以一副笑脸来面对他人，因为别人打他，骂他，他都只会笑，那么别人便会觉得没意思而停手。后来，他偶遇志志雄，志志雄认为反抗才是唯一出路，“强者才能生存，弱者只能死亡”。这句话从此成为宗次郎的人生格言，他拿起志志雄送给他的武士刀，第一次杀人了……

宗次郎得到志志雄的真传，而且只有喜怒哀乐中“喜”的表情，别人觉察不到他的感情变化，感觉不到他的“剑气”，因此行动神出鬼没，令剑心十分被动而身负重伤。但剑心仍坚持战斗，并极力劝服宗次郎：“剑是用来救人的，用来保护弱者的！”宗次郎不相信这位使用逆刃刀而且毫无杀人意念的人竟然有如此高超的剑术。最终，宗次郎被剑心的信念所感染，感情出现波动，剑心抓住机会，两人以绝招对决。凭借天翔龙闪的巨大破坏力，宗次郎手中的名剑菊一文字则宗被斩断，宗次郎也重伤倒地。剑心即不认为是志志雄对，也不是自己对，要他自己寻找真理，看看自己和志志雄到底谁说得对。临行前，他把看见的天翔龙闪的秘密告诉了志志雄，作为最后的特别礼物。斋藤一凭借其出神大魔头志志雄在熊熊烈火中得到恶魔指引，领悟到最强剑术——秘剑，再加上他的刀是逆刃刀真打的兄弟刀——不变刃，威力惊人。秘剑第一式--焰灵，就是利用沾在刀刃锯齿上的残余人类脂肪；当志志雄挥舞利剑时，脂肪与空气摩擦燃烧，于是利用剑与火同时攻击对方。第二式--红莲腕，是将火药粉藏在衣袖中，用迅雷不及掩耳之势抓住对手再用剑摩擦衣袖引爆火药，炸伤对方。这等怪异的招式，令剑心只有招架之功，再加上他经历连场恶战，身上多处负伤，终于不敌而倒地。

危急时刻，斋藤一突然出现，打了个志志雄一个措手不及。剑光闪处，志志雄头部被击中，偏偏他吸取了以前曾经头部被袭击的经验教训，戴了个铁护头而大难不死。随后，志志雄发起狠毒的反击，斋藤一重伤倒地。但紧接着，苍紫，左之助挣扎着站起来，与志志雄拼命，他们拼死作战的精神激发起剑心的无穷斗志。　　“我还不能死，我还有需要保护的人，我还要以剑救世，以剑活人。”　　于是，不屈的剑心又站起来了，拼尽全部力气把飞天御剑流发挥极至，重创了志志雄。志志雄从废墟中站了起来，“你是第一个要我使出绝技的对手！”于是，两人以绝招对决，剑心倒下了，志志雄也倒下了，但他竟然还能站起来，果然是个恶魔！但是由于以前那场大火烧坏了他的汗腺，他失去了排汗功能，无法调节体温，当剧烈战斗超过十五分钟就有生命危险！

此时，曾经被志志雄解救，并以身相许的由美上前想阻止这场残酷的决斗，但志志雄已经像失控的野兽一般，他竟然趁由美挡住剑心视线的一刹那用利剑杀死心爱的由美并再次重创剑心。　　志志雄一心要打败剑心，便突破自己的身体极限，体温高至连血液都蒸发了，最终全身自行燃烧而死！志志雄刚死，他的手下便说，“这里已经布满炸药，要死大家一起死。”斋藤一马上命令左之助抱着剑心逃离地狱，而自己作好了与志志雄的手下同归于尽的准备……（京都决战篇完）不过当然象斋藤一那样能活着走过幕末那么混乱的时代的人怎么会轻易死去呢！

这个大坏蛋就是龟王，他在幕末的宗教迫害中失去父母，流落他国，他对日本痛恨不已，并把这种憎恨带到明治时代，他决心利用外国的军队和炮舰摧毁日本，他看中了天草在群众中的至高无上的地位，胡乱编写了一本预言，并说是天草写的，书中极力丑化维新政府，要求人们起来反抗，建立一个天主教的社会。另一方面，他疯狂扩军备战，四处制造动乱。天草这时还认为用外部势力要挟政府，可以使政府承认天主教的合法地位，于是对龟王的作为置之不理。天草开始了复仇计划，到京都暗杀了几位政要，以吸引政府的注意力。　　后来不知怎的，连师傅也杀死了，在京都时天草的妹妹遇到左之助，两人发生严重冲突，其实是一见钟情，玛莉娜还把护身符送给了左之助（玛莉娜确实挺漂亮的，人品也很好）。

左之助背上玛丽娜，日夜兼程，马不停蹄地赶往京都，途中克服无数艰难险阻，玛丽娜看见了左之助真实善良的心， 看见他为自己如此操劳， 十分感动，说道：“左之助，我要是早点认识你就好了。”两人终于找到了艾司登，佐将病人交给他，并将岛原的危急局势告诉他，不料艾司登的仆人竟然是龟王的手下，他忽然拔枪射击，千钧一发之际，玛丽娜推开艾司登，以血肉之躯挡住罪恶的子弹…。临死前玛丽娜将一封亲笔信交给左之助，让他交给哥哥。两人互诉心声，深情凝视片刻后，玛丽娜最终魂归天国，左之助抱着玛丽娜，泪水夺眶而出。艾司登深受感动，答应出面解决危机。

统帅经过再三考虑，说：“那好，给你一小时时间，若天草还不放下武器投降，我就下令进攻。”　　“我们都相信，那位有名望的维新义士绯村先生一定会说服天草长伍的。”　　悬崖边，双目失明的剑心和受了枪伤的天草已准备作最后了断，“觉醒吧，天草，不要再将自己掩饰成神的儿子了，你不过是一个普通人罢了，你能将飞天御剑流修炼至最高境界，并能收放自如，达到天人合一，说明你拥有一颗善良纯洁的心。但你连自己最心爱的妹妹的性命都挽救不了，我也知道你有悲惨的过去，但是，内心的伤痕难道要用这些无辜百姓的生命来抹平吗？你杀人的时候，我知道你的心在流血。”这时，天草想起了师傅的一番话：“天草，你的内心充满仇恨，即使你达到了神的境界，你的天翔龙闪也很快会被破解的。”

天草对剑心说：“我的生命何时结束由我来决定，我已决定带领他们殉教，以告慰无数受迫害的天主教徒的亡魂，我知道你想以剑救人，来祢补因杀人无数而受伤的心，你我之间只有一个办法可以知道谁是谁非……”　　两人的剑几乎同时出鞘。　　“飞天御剑流－－天翔龙闪。”　　“飞天御剑流－－雷龙闪。”　　终于，天草倒下了，剑心也重见光明，善良的百姓们看见天草身负重伤，纷纷落泪并祈求上天保佑天草平安，天草深受感动，那颗嫉世的冰冷的心也开始慢慢解冻……。