最后打败长老时听他们说要一切都是为了抵御毁灭我们所有人的力量，指挥官还没准备好什么之类的，指的是什么，是指还有比长老更强的势力吗？

dos原作里面好像说是有一个海底文明啥的，如果你有天选者dlc的话，结局里面圣殿骑士也会对着大海说什么大的要来了之类的话

有的吧，大概是长老被更厉害的外星人给灭了，然后拖家带口拉着其他种族的外星人逃难，比如灰人，狂兽人等等都是逃难路上收的小弟，最后来到地球发现人类dna有很强的灵能天赋和融合能力，就想借助人类翻盘。

毁灭我们的力量应该就是指长老们无法逃避的肌肉萎缩，化身计划的最终目的就是研发一个肉身强度合格且能继承灵能力量的宿体。
还没准备好这个其实算翻译问题，原文是you are not prepared。这句话其实有个更广为人知、更信达雅的翻译，就是wow2.0里伊利丹的名台词“你们这是自寻死路”。
至于天选者之战之后的剧情，其实还有个手游叫xcom legends，剧情上承接二代，大意就是海底的长老力量再度崛起，新长老召唤了xcom英雄们的投影并利用他们侵略。这之后才是奇美拉小队。不过这个手游质量看样子不怎么样，像是骗氪的那种。