博士有两个选择，第一是相信小特能完全研究源石，然后通过源石反抗那个“它”，第二是继续执行源石计划，而执行源石计划需要与大特合作，而小特和巴别塔肯定要反抗
博士跟大特会面后大特给了两个选择，要么把巴别塔全杀了保小特，要么把小特杀了保巴别塔，博士选了后者

因为小特对原石的研究威胁到原石计划了

几代人千万年的成果让你去实现，犹豫一秒都是人奸

博士不想杀小特，他是想摧毁巴别塔组织小特对源石的研究（为了继续推行源石计划，小特继续研究下去的话很可能会导致源石计划失败）。但大特只给了博士两个选择，要么杀光小特的追随者，活小特一个。要么只杀小特，活巴别塔的其他人。博士最后选择了活大部分人牺牲小特一个。
感觉博士本身是个烂好人，但是脑子被动过手脚，要么是被调整了记忆，要么是被打上了思想钢印，导致博士只能去执行前文明的复兴计划，一切影响计划的干扰因素都要被剔除，但这与博士善良的本性相悖，所以留下了老猫作为后手（希望老猫学会去爱，我总觉得这个很奇怪，如果在原计划里不该出现新文明 老猫要去爱谁？一群小动物？） 。 而小特很可能是在读博士记忆的时候发现了这一点，所以选择洗掉博士的记忆而不是杀了博士。

首先，博士跟大特说过能不能不杀小特，但是大特表示，要我跟你合作，又要不杀小特，你空手套白狼?杀小特，保住巴别塔的残部，大特也说过不会继续对巴别塔残部动手

首先就是小特不死，内战估计要持续，最后战争也带来不了什么结果。
其次呢，小特把源石变成花看似美好，实则是破灭了泰拉文明的希望，泰拉想赢，必须靠源石。小特的理想实现的话，没有源石的情况下联合整个泰拉去对抗前文明都无法对抗的敌人？前文明就算辉煌不到哪去也不是现文明可以碰瓷的，胜率太低了

是条件，博士献出源石计划，同时要求不伤害特蕾西娅凯尔希阿米娅这些巴别塔罗德岛干员，特雷西斯提出的交易就是去把特蕾西娅宰了就能饶了巴别塔成员一命。

因为小特给你看花了

博士从棺里出来就不正常，从时间线就存在三种博士了，前文明的预言者、巴别塔的恶灵、失忆博士，说实在的恶灵的选择是否是预言者会做出的选择是有待商讨的，至少我认为正常状态的预言者是不会轻易做出如此草率的决定。还有他并不是打算救前文明，前文明已经毁灭了没法救，他是在权衡这个不适配原石的意外文明是否只是昙花一现，如果是的话那么随着特蕾西娅更改原石本来的作用就会令所谓的未来希望完全消失，也就是为了这个文明中途阻止原石计划。如果特蕾西娅失败的话这个行为会让前文明的努力付之东流，因此最后他选择了风险最小的抉择，让特雷西斯加速让原石同化这个时代，把希望寄托在下一次的文明，直到正在进行中的源石计划成功。

这有什么难理解的，你毕竟不是游戏里面的人，只是玩玩游戏无所谓，可以根据自己喜好来，但是从合理的剧中角度来看，代入换算一下，你是普通地球人，他们是外星人(异人 精灵 哥布林 亚人)其他动物其他种族，博士跟他们并不是同类并不一样(可能很像)，有点感情但是没有认同归属感，总之就是不把自己当做他们的一份子。同一人种不同国家尚且有很大的差异，何况是其他人种，保护自己的同胞，还是保护新的朋友二选一，博士也是背负着前人的寄托的

简单描述下动机，你这个文明最后幸存者所执行的几个计划，大部分出了问题，就这个原始计划还在原始计划的目的就是保存信息同化整个宇宙，说白了就是个存档，然后不知道睡了多少年，你被你家的猫叫起来了，你家猫交的新女朋友，这个女朋友不得了啊。能把你弄的存档给翻出来，这尼玛又能搞事情啊，放任不管吧，估计原石要被拔干净，前文明可能就没了，管的话，那没办法呀，都得死啊，那咋办？

说白了，博士要源石扩张让源石覆盖整个泰拉，参考老猫皮肤，而特蕾西娅可以逆向解构源石并成立了巴别塔组织，帮她就实现不了目标，所以找到特雷西斯想要废了巴别塔，结果特雷西斯同意扩张源石，但是条件是把特蕾西娅图图了

就你这言论真不怪牢普搞思想钢印程心疑似有点太多了，朝夕相处的同类不如呆了几天的异族，而且看到的你就心生怜悯哪前面牺牲的怎么办，凭什么前面的就要牺牲？

先别急，普瑞赛斯好像还活着，源石计划和预期有偏差也有可能是她的手笔。等等杨颜的解析吧

现文明目前看来就是一群还在打内战的猫猫狗狗，连阻隔层都不知道是啥，无论是技术水平或者统一程度都看起来没有希望去阻挡未来的灾难，但是小特看起来能把源石程序干出bug，帮大特能推进源石遍布全大陆的进程，牢博看这帮小猫小狗没啥指望了，肯定想加速完成之前的任务啊，出于愧疚想被小特一换一，谁知道小特直接当尤里洗脑牢博给自己打工