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大家好，本期小编分享一篇恶性胸膜间皮瘤(MPM)是一种比较罕见的异质性肿瘤题为Multi-site tu mor samp ling high lights molec ular intra-tumor hetero geneity inma lignant pleural meso thelioma（恶性胸膜间皮瘤多部位肿瘤采样高分子瘤内异质性）的论文。
01
研究背景
恶性胸膜间皮瘤（MPM）是一种异质性癌症。需要更好地了解整个胸腔的分子和细胞内异质性，以开发有效的治疗方法。这项研究的重点是使用迄今为止最大的MPM系列的肿瘤内异质性，并且是第一个报告大量多部位肿瘤样本的多组学谱分析的研究。
见图一
研究工作流程和突变肿瘤内异质性。
图一
a 研究工作流程显示了为多重采样程序选择的解剖部位，以及显示患者系列大小和样本选择的相关分子分析。
b 癌症相关基因变异的热图，在配对活检和衍生原代细胞系中检测到破坏性后果。左下角的图例表示热图中使用的颜色代码。肿瘤内异质性变异以蓝色框住。
c 突变肿瘤内异质性。树木示意性地说明了癌症相关基因变异，在配对活检中检测到破坏性后果，并且四名患者的衍生原代细胞系在遗传水平上显示出肿瘤内异质性。实线用于配对活检，虚线用于原代细胞系 （CL）。
d 在患者T333HP的肿瘤样本中检测到具有结构后果的变异的克隆性。在左侧，该图显示了使用IGV可视化验证的每个蛋白质变体的调整癌细胞分数（CCF）值。然后根据其克隆性（存在于样品的所有细胞中时为克隆）以及其空间分离（在两次活检中存在时共享，否则为私人）对每个变体进行分类，并根据其克隆性状态进行着色。指出癌症相关基因。亚克隆变异仅存在于一小部分癌细胞中，但在两对活检中都被红色圆圈包围，并且可能与这些肿瘤在整个胸腔中的多克隆扩散一致。在右侧，克隆进化示意性地表示为一棵树。对于亚克隆群体，线宽与变异数量成正比。
见图二
转录组和表观遗传水平的肿瘤内异质性。
图二
a 表中显示了配对肿瘤样品的分子异质性（分子分类和组织分子梯度）以及与细胞粘附和细胞外基质相关的过度代表性途径。对于每个患者，指示肿瘤位置（A：心尖;B：侧壁;C：肋膈肌;D：最高代谢部位）。分子分类分为两到四个亚型，E/S.分数是根据RNA-seq数据预测的，根据亚型以蓝色或绿色着色，E/S.分数呈红色梯度。途径过度表示由一个圆圈表示，其大小和颜色分别与基因比和FDR p值成正比。
b， c 基于转录组和甲基组分析，确定了配对肿瘤样品之间具有相关差异甲基化CpG（DE_DM基因）的差异表达蛋白编码基因。所有差异表达的蛋白质编码基因中DE_DM基因的百分比显示在每位患者的直方图中。DE_DM基因的数量显示在直方图条（b）的右侧。先前显示的蛋白质编码基因在所有DE_DM基因中与E / S.score相关的比例在患者T10LE和T227HP（c）的饼图中显示。DE：差异表达;DM：差异甲基化。
见图三
免疫通路的肿瘤内异质性。
图三
a，b通过过度代表性分析（a）和单样本基因集富集分析（ssGSEA）（b）确定的失调免疫途径。对于每个患者，指示肿瘤位置（A：心尖;B：侧壁;C：肋膈肌;D：最高代谢部位）。免疫状态“热”或“冷”是根据基质和免疫细胞浸润的聚类确定的（见图）。4）. 与免疫通讯相关的每个途径的过度表示为一个圆圈，其大小与基因比成正比，颜色梯度表示FDR p值（a）。每个配对肿瘤样本的ssGSEA评分（delta_score）的差异表示为颜色梯度（b）。
c 免疫检查点配对肿瘤样本之间的差异表达显示在热图中。对于在至少一个配对活检中未显示FPKM评分高于0的基因，差异表达设置为1。具有至少2倍变化的差异表达基因以蓝色框住。编码PDL1（CD274），CTLA4（CTLA4）和PD1（PDCD1）的基因由蓝色箭头表示。
见图四
基质和免疫细胞群的差异浸润。
图四
a 根据MCP计数器方法确定的细胞群，对209名患者的配对肿瘤样本进行无监督聚类，分别来自Bueno和TCGA系列的70和1138个肿瘤样本。八名患者的配对肿瘤样本（U199系列）由热图顶部的颜色代码以及每个肿瘤样本的系列表示。
b 小提琴图显示了患者 T225LE、T227LE 和 T<>LE 配对肿瘤样本之间免疫和基质细胞群的标准化 MCP 计数器值，其特征在于热/冷混合免疫谱。每个细胞群在箱形图中由成对肿瘤样品之间的虚线连接的色点表示。Wilcoxon 检验的 p 值比较成对肿瘤样本之间的分布，显示在小提琴图的顶部。
02
研究结论
MPM 患者的肿瘤内空间异质性很复杂，并且因患者而异。我们强调了多种类型的异质性，即（i）遗传，（ii）转录组，（iii）表观遗传和（iv）与免疫微环境相关。研究发现，通过检查几种肿瘤活检提高了组织学分类的准确性，建议进行多次采样[21，61]。
我们的分子分析还支持这样的观点，即应从胸膜腔中取样单独的解剖部位，以便能够根据分子特征估计预后或预测对治疗的反应，目的是开发基于分子的精准医学策略，以提高患者的生存率和生活质量。
好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理. 数据分析等支持.也随时可以联系我们。
2023年11月02日 08点11分
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研究背景
恶性胸膜间皮瘤（MPM）是一种异质性癌症。需要更好地了解整个胸腔的分子和细胞内异质性，以开发有效的治疗方法。这项研究的重点是使用迄今为止最大的MPM系列的肿瘤内异质性，并且是第一个报告大量多部位肿瘤样本的多组学谱分析的研究。
见图一
研究工作流程和突变肿瘤内异质性。
图一a 研究工作流程显示了为多重采样程序选择的解剖部位，以及显示患者系列大小和样本选择的相关分子分析。
b 癌症相关基因变异的热图，在配对活检和衍生原代细胞系中检测到破坏性后果。左下角的图例表示热图中使用的颜色代码。肿瘤内异质性变异以蓝色框住。
c 突变肿瘤内异质性。树木示意性地说明了癌症相关基因变异，在配对活检中检测到破坏性后果，并且四名患者的衍生原代细胞系在遗传水平上显示出肿瘤内异质性。实线用于配对活检，虚线用于原代细胞系 （CL）。
d 在患者T333HP的肿瘤样本中检测到具有结构后果的变异的克隆性。在左侧，该图显示了使用IGV可视化验证的每个蛋白质变体的调整癌细胞分数（CCF）值。然后根据其克隆性（存在于样品的所有细胞中时为克隆）以及其空间分离（在两次活检中存在时共享，否则为私人）对每个变体进行分类，并根据其克隆性状态进行着色。指出癌症相关基因。亚克隆变异仅存在于一小部分癌细胞中，但在两对活检中都被红色圆圈包围，并且可能与这些肿瘤在整个胸腔中的多克隆扩散一致。在右侧，克隆进化示意性地表示为一棵树。对于亚克隆群体，线宽与变异数量成正比。
见图二
转录组和表观遗传水平的肿瘤内异质性。
图二a 表中显示了配对肿瘤样品的分子异质性（分子分类和组织分子梯度）以及与细胞粘附和细胞外基质相关的过度代表性途径。对于每个患者，指示肿瘤位置（A：心尖;B：侧壁;C：肋膈肌;D：最高代谢部位）。分子分类分为两到四个亚型，E/S.分数是根据RNA-seq数据预测的，根据亚型以蓝色或绿色着色，E/S.分数呈红色梯度。途径过度表示由一个圆圈表示，其大小和颜色分别与基因比和FDR p值成正比。
b， c 基于转录组和甲基组分析，确定了配对肿瘤样品之间具有相关差异甲基化CpG（DE_DM基因）的差异表达蛋白编码基因。所有差异表达的蛋白质编码基因中DE_DM基因的百分比显示在每位患者的直方图中。DE_DM基因的数量显示在直方图条（b）的右侧。先前显示的蛋白质编码基因在所有DE_DM基因中与E / S.score相关的比例在患者T10LE和T227HP（c）的饼图中显示。DE：差异表达;DM：差异甲基化。
见图三
免疫通路的肿瘤内异质性。
图三a，b通过过度代表性分析（a）和单样本基因集富集分析（ssGSEA）（b）确定的失调免疫途径。对于每个患者，指示肿瘤位置（A：心尖;B：侧壁;C：肋膈肌;D：最高代谢部位）。免疫状态“热”或“冷”是根据基质和免疫细胞浸润的聚类确定的（见图）。4）. 与免疫通讯相关的每个途径的过度表示为一个圆圈，其大小与基因比成正比，颜色梯度表示FDR p值（a）。每个配对肿瘤样本的ssGSEA评分（delta_score）的差异表示为颜色梯度（b）。
c 免疫检查点配对肿瘤样本之间的差异表达显示在热图中。对于在至少一个配对活检中未显示FPKM评分高于0的基因，差异表达设置为1。具有至少2倍变化的差异表达基因以蓝色框住。编码PDL1（CD274），CTLA4（CTLA4）和PD1（PDCD1）的基因由蓝色箭头表示。
见图四
基质和免疫细胞群的差异浸润。
图四a 根据MCP计数器方法确定的细胞群，对209名患者的配对肿瘤样本进行无监督聚类，分别来自Bueno和TCGA系列的70和1138个肿瘤样本。八名患者的配对肿瘤样本（U199系列）由热图顶部的颜色代码以及每个肿瘤样本的系列表示。
b 小提琴图显示了患者 T225LE、T227LE 和 T<>LE 配对肿瘤样本之间免疫和基质细胞群的标准化 MCP 计数器值，其特征在于热/冷混合免疫谱。每个细胞群在箱形图中由成对肿瘤样品之间的虚线连接的色点表示。Wilcoxon 检验的 p 值比较成对肿瘤样本之间的分布，显示在小提琴图的顶部。
02
研究结论
MPM 患者的肿瘤内空间异质性很复杂，并且因患者而异。我们强调了多种类型的异质性，即（i）遗传，（ii）转录组，（iii）表观遗传和（iv）与免疫微环境相关。研究发现，通过检查几种肿瘤活检提高了组织学分类的准确性，建议进行多次采样[21，61]。
我们的分子分析还支持这样的观点，即应从胸膜腔中取样单独的解剖部位，以便能够根据分子特征估计预后或预测对治疗的反应，目的是开发基于分子的精准医学策略，以提高患者的生存率和生活质量。
好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理. 数据分析等支持.也随时可以联系我们。