我在网上查到了，有帖子说解决方法，我试一下就有效。
怪盗B金手指在ryujinx没有生效的原因不是文件夹的识别，就是ryujinx金手指功能不完善。
怪盗B金手指在很多游戏有时生效，有时不生效，因为代码地址不同，都是与关键码有关的。
解决方法：
ryujinx金手指功能支持以5开头的金手指才有效果。
怪盗B金手指的关键码的第一行以5开头的代码复制，粘贴放到每个效果的第一行可以。
比如
{怪盗B 关键码}
5XXXXXXX XXXXXXXX
4XXXXXXX XXXXXXXX XXXXXXXX
[HP不减]
4XXXXXXX XXXXXXXX XXXXXXXX
改成
[怪盗B 关键码]
5XXXXXXX XXXXXXXX
4XXXXXXX XXXXXXXX XXXXXXXX
[HP不减]
5XXXXXXX XXXXXXXX
4XXXXXXX XXXXXXXX XXXXXXXX
后面每个效果的第一行要添加关键码的第一行代码。
开启关键码后，再勾选哪个效果都行了。
只限不生效的金手指才能要用这个办法。
有效果的其它游戏金手指不用采用这个办法。

关于金手指没有效果的另一个问题是PPTC
开启PPTC，有时有效果，有时没效果，不如关闭PPTC就能解决金手指效果随机失灵问题。