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青铜龙所管理的时光之穴被不明来历的永恒龙族
入侵
，龙王诺兹多姆却失踪，因此剩下的青铜龙们开始征召
勇士
与冒险者协助战斗意图破坏时间线的永恒龙族。失去记忆的瓦里安·乌瑞恩成为竞技场角斗士季赛冠军，逃离了奴隶生涯，开始进行他的记忆追寻之旅。塞纳里奥议会发现纳迦瓦丝琪女士意图破坏赞加沼泽的生态，她将整个沼泽的水源抽取到自己建立的蓄水池，借以
控制
外域珍贵的水源。因为法力炸弹的投掷造成许多勇士死亡，部落的血精灵终于发现王子凯尔萨斯·逐日者对人民的背叛，开始策动部落与联盟、纳鲁阿达尔领导的沙塔尔合作。沙塔尔联军攻破地狱火堡垒，杀死用来腐化兽人的来源
恶魔
玛瑟里顿。部落大酋长萨尔归乡，激励格罗姆之子加尔鲁什·地狱咆哮，让与部落分隔已久的玛格汉兽人再度回归。雷克萨与黑龙王之子萨贝里安以及食人魔所组成的军团奥格瑞拉联手铲除外域的戈隆威胁，击倒格鲁尔。蓝龙泰莉苟萨研究变种的虚空龙力量，带回她的新发现修复了蓝龙王失去近万年的理智。同时黑龙王的配偶希奈丝特拉也研究这些虚空龙，打算将这些特殊的力量用在她未来的新实验。沙塔尔联军对风暴要塞发动攻势，打败了背叛人民与艾泽拉斯的凯尔萨斯王子，但是他却被恶魔祭司德莉希亚所救，让凯尔萨斯带着他所聚集的奥术能量逃走。沙塔尔联军与塞纳里奥远征队合作，阻止瓦丝琪的野心，成功的消弱了伊利丹的军力。沙塔尔联军对黑暗神殿进行攻城，阿卡玛背叛伊利丹和沙塔尔里应外合，释放囚禁的玛维，杀死陷入疯狂的伊利丹，终结外域之王的统治。祖尔金取得动物神的力量之后试图复仇并光复阿曼尼帝国，但是却被冒险者与英雄们打倒，不过有个贪婪的冒险者巴德却疑似被祖尔金的灵魂附身或
诅咒
而变得疯癫。凯尔萨斯带着恶魔与亲信席卷自己的家乡，掳走太阳之井的化身安薇娜，试图再造一座新的太阳之井召唤基尔加丹进入艾泽拉斯。部落、联盟、沙塔尔组成联军破碎残阳，和蓝龙卡雷苟斯合作终结疯狂的凯尔萨斯的性命，并靠着安薇娜的牺牲打败召唤到一半的基尔加丹，结束燃烧的远征。德莱尼先知维伦利用圣光的力量重新激发太阳之井，成为一个蕴含圣光力量的魔法泉源，引导血精灵的血骑士回归正统的圣光信仰。恢复神智的蓝龙王玛里苟斯认为凡人太过滥用奥术能量，仍然随时会再替整个艾泽拉斯招来危机，开始大量抽取魔网的奥术能量到魔枢，打算控制在全世界四散的奥术能量。巫妖王从长眠醒来，由阿尔萨斯的黑暗人格取得身体的控制权，接着复活蓝龙辛达苟萨为冰霜巨龙，预备发动入侵。瓦里安·乌瑞恩在吉安娜和艾格文的帮助下恢复记忆，回归暴风王国取回自己的王位和揭发奥妮克希亚的真面目，接着带领大军攻入奥妮克希亚的巢穴，击杀黑龙公主。吉安娜邀请萨尔和瓦里安再度参与领袖高峰会，却被邪恶的食人魔古加尔派暮光之锤的刺客破坏，而真正目的是引诱出前守护者之子麦德安然后利用他的力量解放上古之神的封印，引发大灾难。大量受到瘟疫污染的谷物被散播到世界各地的大城市，引发亡灵僵尸的
感染
危机，但是在幽暗城的大药剂师普特雷斯的研究帮助下解除感染危机，接着而来的天灾浮空城也尽数被部落和联盟打退，部落和联盟都对巫妖王发动远征。