仓鼠分辨公母的方法很简单：
公仓鼠的臀部一般比较大，又红又肿；
母仓鼠的臀部一般呈倒三角形，肛门小而闭拢。个别则可以看到有圆状物体。
公鼠和母鼠的分辨方法主要是通过其肛门和生殖器官的距离来判断的。母鼠的生殖器和肛门的距离比较近，公鼠生殖器和肛门离的距离比较开，另外成熟的公鼠会有突出的睾丸和阴茎，黄金鼠、沙鼠、通心粉鼠 会非常明显，枫叶鼠比较不明显。但大多数人都是从小鼠开始养，小鼠因性器官没那么明显，所以不好区分，在此提供一种方便的分辨法：小公鼠因生殖器和肛门距离远，所以在两点间会有毛；小母鼠因距离近，所以两点间会没有毛。只要仔细辨认，一般情况下还是能正确辨别的。

雄性仓鼠的肛门附近会有一个较大的睾丸，而雌性仓鼠则没有。

仓鼠的生殖器在腹部的中央，雄性仓鼠的生殖器比雌性的要长，而雌性仓鼠的生殖器则呈现两个小圆点状。