根据施工单位违反的具体规定，施工单位应该承担不同的处罚。一般情况下，施工单位违反法律法规或者经营范围之外的行为，可以予以罚款、停业整顿、暂停承包资格等处罚。若施工单位侵犯他人合法权利或者有重大违法行为，可以给予行政拘留、行政撤销营业执照等处罚。此外，还可以对相关人员给予行政处分，或者开除其职务。施工单位提出的未经批准的变更和设计文件，可以对此类行为作出一定的技术处罚，如取消不符合质量要求的施工部分的所有费用，索赔、回退以及拆除等。同时，可以要求施工单位支付违约金、赔偿损失等。