1：何足道的辈分
这是新修版出现的BUG。
第八章：灵宝道长是西华子的师祖，是昆仑三圣何足道的师兄......卫四娘心中暗骂师哥胡涂，竟听不出自己言中之意，大声道：“师哥，你没来由的得罪武当五侠，师父与掌门师叔怪罪起来，我可不管。”.......西华子见他听了自己这两句话后，眼皮一翻，神光炯炯，有如电闪，不由得心中打了个突：“我师父和掌门师叔是本派最强的高手，眼神的厉害似乎还不及他。”
第十四章：昆仑派自“昆仑三圣”何足道的师兄灵宝道人以来，历代掌门人于数十年中花了极大力气整顿这个山坳，派遣弟子东至江南，西至天竺，搬移奇花异树前来种植......班淑娴是昆仑派中的杰出人物，年纪比何太冲大了两岁，入门较他早，武功修为亦比他稍高。何太冲年轻时英俊潇洒，深得这位师姊欢心。他们师父白鹿子因和明教中一个高手争斗而死，不及留下遗言。
由以上情节可知班淑娴与何太冲是亲师姐弟，他们的师父是白鹿子。西华子和卫四娘是亲是兄妹，他们的师父是班淑娴，掌门师叔则是何太冲。那这么说来西华子和卫四娘的师祖应该是白鹿子才对，可文中却又说是灵宝道人，这明显冲突了。如果按照何足道，白鹿子，灵宝同辈，比何太冲高一个辈分来看，何足道在倚天开篇出场是三十来岁，当时张三丰大约十六岁，可何太冲在张三丰一百岁的时候显得也不甚老，大致就是五十多岁吧，比张三丰小四十几岁，那他就要比何足道小大约60岁，这么大年龄差距只小一个辈分也比较奇怪。此外如果认为白鹿子和灵宝道人是一个人，只是改过道号，那怎么解释自灵宝道人以来历代掌门这个设定？既然都说了“历代”那至少三代，如果只是灵宝（假设灵宝即白鹿子）和何太冲二人，则“历代”放在这里就不合适了。
个人认为合理的修改方式：将灵宝道人和何太冲二人提高一个辈分即可，即设定灵宝为白鹿子的师父，何太冲与班淑娴的师祖，西华子和卫四娘的太师祖，而何太冲依然是灵宝的师弟，这样子一切问题都可以解决了。年龄上也比较吻合，也不会有灵宝和白鹿子身份的冲突，灵宝，白鹿子，何太冲三人被称作“历代掌门”这样子也没有问题。
2：张三丰对假扮道童的张无忌的辈分认知
这是早期版本就有的BUG，直到新修版都没有修改。
第二十四章：过了约莫一盏茶时分，那道人匆匆从俞岱岩房中出来，低声叫道：“清风、明月！到这边来。”便有两个道童走到他身前，叫了声：“师叔！”那道人道：“预备软椅，三师叔要出来。”两名道童答应了。张无忌在武当山上住过数年，那知客道人是俞莲舟新收的弟子，他不相识，却识得清风、明月两个道童......一等二童进房，突然叫道：“清风、明月，认得我么？”二童吓了一跳，凝目瞧他时，依稀有些面熟，一时却认不出来。张无忌笑道：“我是无忌小师叔啊，你们忘了么？”二童登时忆起旧事，心中大喜，叫道：“啊，小师叔，你回来啦！你的病好了？”三人年纪相若，当年常在一处玩耍......忽然俞岱岩身后走出一个蓬头垢面的小道童来，说道：“太师父，这位施主要见识我武当派拳技，又何必劳动太师父大驾？待弟子演几招给他瞧瞧，也就足了......张三丰一时瞧不清他面目，见到他身上衣着，只道便是清风
知客道人是俞莲舟的弟子，在武当派来说可以算张无忌平辈，所以管俞岱岩叫三师叔。清风明月是武当第四代（以张三丰为第一代），所以称呼知客道人和张无忌都是“师叔”，到这里作者还是写的很清楚的，但是后面就乱了。张无忌假扮的道童叫张三丰“太师父”，明显他扮演的还是第三代弟子的角色，怎么张三丰却认为他是第四代的清风？这里当然可以强行解释为当时形势危急张三丰又身受重伤所以一时头脑也没那么清楚，但这里明显还是作者糊涂把辈分搞错了，武当第四代应该称呼张三丰为“太师祖”才对。
个人认为合理的修改方式：只需要改为张三丰一时瞧不清他面目，只道他是第三代弟子即可。