1、通关问题
　　由于海关规定，实体货物在不同关境流通时必须接受各国海关的一系列检查环节，它会产生一定的手续费和时间成本，这些都必须由跨境电商企业来承担。
　　还有各国海关对不同货物在规定上的理解和执行不一致，会出现很多问题，严重时甚至会造成货物滞留或者被海关没收的情况，这也成为跨境电商发展的最大障碍。
　　2、物流体系问题
　　跨境电子商务物流环节节点很多，它存在的情况比较复杂，物流时间比国内电商更漫长，所以容易拉低物流服务水平，进而给用户产生不良的购物体验。从实际发展情况来看，很多企业也意识到了这个问题，通过一些举措尽可能的降低这种影响，例如：一些实力比较强的企业通过设立边境仓、海外仓储，有效缩短跨境物流配送的时间，提高市场竞争力。
　　对于跨境电子商务物流企业而言，要在全球化背景下去提升跨境物流保障体系，努力转变成全球供应链服务供应商，建立更加高效的订单、库存、仓储、物流配送体系，为B2C跨境电子商务提供高效优质的服务。
　　3、信用机制不健全
　　最近几年，我国电子商务发展迅猛，网络传销、网络诈骗案件时有发生，为消费者造成经济损失的同时，也造成了不良的负面影响。信用问题已经成为制约我国电子商务发展的最大问题。跨境电子商务由于涉及不同关境主体，在文化、法律等方面存在很多差异，各国的信用机制健全程度参差不齐。
　　在B2C跨境电子商务中涉及的区域地区比较广，不能够直接应用某区域或者国家的信用机制，这给跨境电子商务信用机制体系建设带来不确定性。一些不法份子利用跨境电子商务物流环节比较耗时的特点，进行网络诈骗。从这个层面分析，我国如果不加快推进企业信用体系建设，跨境电子商务的发展将会面临更大的困境。
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