1.主角亚当在1代时，直接从星区7实验室离开了，这时船上还是有hive的，为什么2代开局没hive了，还要从一个自己克隆体的残骸上扣下来
2.这个克隆体怎么来到2代星系（Ceto）的，难道其实Ceto就是1代的星区1？（Union星系的配色也很像星区2）。或者这个克隆体也成功从星区7跳出循环了？（好像剧情里还有一个克隆体）

1：永恒系统是一人一机，所以有些时候需要准确的身份识别，二代我记得就是去扣身份识别~
2：一代通关后 每次再进7区 主角还是永恒系统就会来一句进场台词 大概意思就是要去寻找新家园了。所以可以断定二代的主角克隆体 就是1代通关的那位了 已经自由了。
另外也不是什么循环....只是游戏的玩法误导了我们。1代亚当本体制造了很多个自己的克隆体 每一个克隆体都是为了完成本体的目标，当一个半路寄了 就启动下一个克隆体继承下去 直到完成目标。

emmm第一条我也没啥合理的解释，不过如果主角开局就有HIVE，会对现有剧情产生bug，比如主角序章的时候被抓然后越狱偷船，这是相当于自己把HIVE给扔了 。
2.一二代整个故事发生在非军事区，参考星区要过星门进行跃迁，一个星区应该就是一个星系这样。

回答你第一个问题：一代你作为的Adam跟二代不是一个人
一代和二代是有超过一年的设定时差，那第一位从第七星区逃离的克隆人无外乎俩个结局：被殖民舰队在前往母星的路上拦截（二代剧情对话解释）/隐居至今（其本人表明自己不会因任何情况前往当地酒吧）
2：二代的Adam是被迫为G&B打工一路跟随至ceto
目前没有任何解释ceto为一代星区1

3.“母星”应该是指地球吧，那些试图去母星的克隆体可能也觉醒了地球上（？）的记忆，想去寻找真相？