剧情其实很简单，也没有那么多可以想象的空间，除非你硬要去联想。像这种游戏，没有复杂的格斗画面和操作技巧，只是通过一段精彩的游戏过程对你叙述一个故事，所以通关后你应该就明白了这段故事。隐藏结局也是为了圆这个故事的完整性，是整体故事的一部分，除了一些细枝末节的小猜想，根本没有那么多遐想的空间好吧。
回归正题，我认为
Inside
讲了这么一个故事：
我们的小主人公，一个小男孩，因为某些原因（个人认为是好奇）去接近这个秘密实验基地，刚开始的一段路上可以看到各种动物尸体，说明实验最初是在动物身上进行的，实验的根本，就是通过一种白色的虫子（我们从那头猪身上拽出来的那条），将人的肢体融合，创造出一个有意识、可以控制木偶人的融合体，也就是后面的肉球。而木偶人，是基地通过白色虫子“制”成的，也是用来作为融合成肉球的原料。肉球控制这些木偶人有两种方式，第一种是小男孩连接黄色灯球（头上的那个），通过肉球可以控制身上附有白色虫子的木偶人，所以有一些关卡，当我们头上连接灯球的时候，可以使那些傀儡做出和我们一样的动作。第二种比较高级，在人无意识时链接特定的黄色灯球，相当于连通了肉球本身的意识。肉球可以直接控制人的行为，或者说此时的人已经变成了“肉球”本身。
游戏的前半段，就是小男孩往秘密基地深入的探险旅程。也许小男孩就是被抓来制作木偶人的，但是逃脱了。但游戏的后半段，小男孩已经变成了肉球控制的行尸走肉，从什么时候开始的呢？就是小男孩在水里被水鬼拖下去那一段，可能有人注意到了，水鬼先给小男孩拖下去溺死，这里可以注意到，水鬼在水底拖了很久，直到小男孩溺水失去意识或者说已经死了，这时候水鬼给小男孩接通了连接肉球的灯球，等我们醒来以后会发现，原本在水里会溺水而亡的小男孩，在水下已经不需要呼吸了，我们走到最后会发现肉球是一直存在于水里，所以我们作为肉球的“一部分”自然可以一直呆在水里，个人认为这就是游戏中一个比较明显的暗示，即小男孩从此刻开始，已经死了，剩下的后半段就是肉球的“自救”，同样从此刻开始，我们在水里活动再也没有水鬼来袭扰我们了。这里提一下水鬼，个人认为这也是基地里的实验品，可以看到水鬼肚子上有各种颜色被剪断的线，所以可能是
人类
肉体连接肉球所诞生的产物，自然也受到肉球意识的控制。然后肉球控制着小男孩，拔下限制肉球移动的控制器，肉球与小男孩融合，逃脱控制。整个游戏就是：某基地发现了可以将人变成行尸走肉的“白色虫子”，通过实验将人类肢体融合可以诞生出控制行尸走肉的控制器“肉球”，但肉球具备了自我意识，通过小男孩最后成功完成了自救或者说是自杀。
这里面有还两个问题，第一个是，肉球逃出来以后，基地里的人明明很害怕，但是为什么有的人还帮助肉球逃脱？这里我注意到，帮助肉球逃脱的，都是戴安全帽的工人，是这个基地里最下级的劳动者，也许是基地高层对生命的漠视激起了他们的反抗心理，也许是他们想制造些混乱趁机逃出去，还有一种很微弱的可能，就是这些人也是被白虫控制了（可能性微乎其微）。
第二问题是隐藏结局里，小男孩到地下室拔掉电源后，蜷缩在角落里，像是睡过去了似的。这里我的理解为，小男孩本身已经被白色虫子寄生，关掉电源以后，肉球不一定会死，但是控制木偶人的黄色灯球设备一定不会再运行，也就说明小男孩成为了那些无人控制的木偶人的一部分，即在无人连接灯球的时候，会像死尸一样躺在地上。