我感觉MMA可以改名叫{}语言，这个{}对初学者来说，太多太多的坑了。
第一个坑，{1,2}，你以为它是一个1X2的矩阵，也就是传统语言里面那种一行的数组，错，MMA里面它是一个2X1的矩阵，要想得到真正的一维数组，要写成{{1,2}}，也就是再套一对{}。
第二个坑，函数调用的时候，{}层数必须要数清楚，否者结果就是错的。比如
Transpose[{{{1,2},{3,4}}}],很简单的转置操作，你以为它的结果是{{{1,3},{2,4}}}，错，结果是什么都不变，{{{1,2}，{3,4}}}。因为多了一层{}
接下来换种方式，定义m1={{1,2}},m2={{3,4}}。
Transpose[{m1,m2}],中套了，这样就会和上面一样，输出什么都不变的结果。而Tr函数又必须要求参数套上{}作为一个组传进去，所以这个套对这样两个矩阵的混合转置，还是一点办法都么有。。
MMA，酷刑语言

「第一个坑」：我不清楚你在什么地方被要求把一维数组写成列矩阵了。你最好拿个例子出来，否则看上去很可疑，我不知道有这种情况。
「第二个坑」：张量运算的数学规定就是如此，任何软件都应当如此设计。
「中套了」：你只会{}括起来这种升张量阶数的结构操作，那自然是要中套的，但没有设计者需要为你这种中套负责。

回老大，因为我现在是在学习期，所以大量的做各种乱七八糟的试验，比如第一个坑我就是在测试Transpose的时候，有时候用{}不行，必须用{{}}传参。
不过今天下来，脑子稍微又清晰了一些。面对特别复杂的矩阵，必须是用MatrixForm把{{}{}}表达式转换成肉眼直观的矩阵格式，然后仔细研究构造，进而构思代码，否则矩阵一旦复杂，变成{{{{{}{}{}}}}}这样的形式，估计就算Wolfram自己来都要被搅晕过去。
菜鸟艰难的学习中。。。。

1. 一维列表在参与矩阵乘法时，既可以作为行向量，也可以作为列向量
In[10]:= Array[a,{3,2}].{1,2}
Out[10]= {a[1,1]+2 a[1,2],a[2,1]+2 a[2,2],a[3,1]+2 a[3,2]}
In[11]:= {1,2}.Array[a,{2,3}]
Out[11]= {a[1,1]+2 a[2,1],a[1,2]+2 a[2,2],a[1,3]+2 a[2,3]}
2. 想达成你的目标，可以用
Transpose[Join[m1, m2]]
或
Transpose[ArrayFlatten[{{m1}, {m2}}]]
或
Transpose[{m1, m2}, {3, 1, 2}]
前两个都是把{m1, m2}转换为二维后转置，第三个则是直接转置高维列表
归根结底，mma这些在你看来“中套”的操作实质上都是为了保证语法在高维列表中保持一致与严谨。你可以想象一下，如果按照你设想中的语法，在处理高维列表时会有多少令人头疼的情况
按我个人的经验，如果只和矩阵打交道的话，mma的语法确实是不如matlab用起来顺手。但如果需要处理高维列表，mma语法上的一致性还是非常让人舒服的。建议根据自己的需求选择适合自己的工具吧

而我认为可以叫[]语言

所以说LISP是不是可以叫()语言

@无影东瓜 实质上已经在6楼点破了问题的本质，不过说得还不够明确，这里再补充下：LZ你是有且只有一点MATLAB经验吧？如果是的话，请记住：奇怪的不是Mathematica，是MATLAB，因为它采用了一切以矩阵（形状规则的二维表）为中心的设计，所有语法都是以“便利地生成矩阵”为前提的，相应的，也就放弃了一定的“规范性”。
现在看这帖的想必也有不懂MATLAB核心语言的人，那随便举几个例子。先从简单的说起。用 [] 和 ; 输入一个二维表，输出是个二维表，
或者也可以
这很自然，然而也就到此为止了。使用 [] 输入一个“一维表”，MATLAB照样会把它认成“二维表”（依输入方式不同，它的行数或列数会是1——这就是你在顶楼第2段想干的事吧）：
而在Mathematica里，类似的语法只会生成一维表：
这还没完。即使你输入的是个常量，MATLAB照样会把它当成1行1列的矩阵，并且这个“把常量当矩阵”的处理是无限进行的：
而在Mathematica里，标量就是标量，不会被认成列表，用Dimensions检查，输出也是{}：
当 [] 括起来的“东西”不是标量时（这说法其实不太准确，由上面的叙述我们已经知道，标量在MATLAB里也是矩阵），MATLAB也会尽可能地把输入往矩阵变换，比如
而Mathematica不会，它只会认为你生成了一个含有两个矩阵的表：
如之前的回复所说，Mathematica的这种嵌套逻辑可以非常自然地推广至n维列表。
MATLAB这种设计自然有它的道理。既然在实践中二维表用得多，那么让它的输入和转换方便一些也没什么不好。便利与规范不可兼得，Mathematica里也有很多类似的设计。但是，如果觉得MATLAB那种设计才叫正常，那我只能说你属实是被PUA了。