湖南是一百多年前的戊戌维新变法的发祥地之一。时任湖南巡抚陈宝箴所领导而由其子陈三立襄助赞画的“湖南新政”，可以说是清季改革的模范域区。正因为如此，戊戌变法失败后，湖南新政以及陈宝箴父子所受之打击格外沉重。　　　　1898年9月21日（光绪二十四年八月初六）慈禧发动政变，幽禁光绪，通缉康梁，杀谭嗣同等“六君子”于北京城南的菜市口。10月6日（农历八月二十一），发上谕惩处陈宝箴、陈三立父子： 湖南巡抚陈宝箴，以封疆大吏滥保匪人，实属有负委任。陈宝箴着即行革职，永不叙用。伊子吏部主事陈三立，招引奸邪，着一并革职。　　　　同时革职的有湘政同事候补四品京堂江标、庶吉士熊希龄和原湖南按察使、新擢三品卿黄遵宪。戊戌披难的“六君子”中，刘光第、杨锐都是陈宝箴所保荐，谭嗣同是“湖南新政”的鼓吹者，而梁启超则是湖南时务学堂的总教习，与陈氏父子的关系不同寻常。　　　　1898年冬天，被罢免的陈宝箴、陈三立父子携家眷，离开湖南巡抚任所，迁往江西老家。他们不是回江西修水县竹乡，而是在南昌磨子巷赁屋暂居。第二年筑庐于南昌的西山（今南昌市新建县境内），陈宝箴即住西山之岘庐，陈三立陪侍左右。　　　　 然而让人纳闷的是，陈宝箴、陈三立父子在南昌西山只住了一年多时间，到光绪二十六年（公元1900年）春夏之间，陈宝箴便突然去世了。陈三立的记载是：“是年六月二十六日，忽以微疾卒，享年七十。”　　　　根据陈三立的记载，陈宝箴是慈禧密诏赐死的。问题是戊戌变法失败一年多后，慈禧何以还要对已经给予革职、永不叙用处分的陈宝箴另下密旨赐死?　　　　据史料记载，变法失败后，一些官僚对陈氏父子发起了猛烈抨击，如：福建道监察御史黄桂钧就上奏折给慈禧，认为对陈的处分太轻，提出：“如陈宝箴之保谭嗣同、杨锐，王锡蕃之保林旭，适以增长逆焰，助成奸谋。仅予革职，不足蔽辜。”两个月后，山东道监察御史张荀鹤更是
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造证据、诬告陈三立贪赃受贿。在这种情势下，慈禧尚没有要杀陈宝箴的念头，一年多后，陈又有何罪招惹了慈禧？　　　　最新的说法是，促使慈禧动杀机的直接导火线，是文廷式案。文廷式是江西省萍乡人，以学问精深见闻，而为士林所推重。入仕以来，官至翰林院侍读学士，被任命为皇帝（后）的师傅。其时，日清战争爆发，与同僚联名上奏皇帝，弹劾李鸿章、盛宣怀等，名声一时大振。随后，呈交上奏文，称皇太后干预国政，不啻牝鸡司晨，非国家之美事。　　　　文廷式早就遭到慈禧忌恨。所以，慈禧在发动戊戌政变之前，就已将文廷式驱逐出宫。政变后不久，慈禧发下谕旨：“江西巡抚并江苏、湖北督抚密拿文廷式解京。”随后又有拿获就地正法的密旨。此时文潜逃到湖南，文的江西同乡彭恭为邀功买赏，将其出卖，报告给当时尚未去职的陈宝箴，宝箴假意捕人，其实是派人通报消息，令其逃匿。后来日本人出面保护文廷式，致使慈禧捕杀文的计划一时落空。但此后文廷式不顾清廷多次要缉拿他的危险，继续活跃在士林中，反对慈禧。　　　　一年多后，外国人胁迫慈禧让权的呼声高涨。慈禧一方面恼恨外国人对她指手画脚，更气恼维新派依然那么狂妄。这一年慈禧不仅下令铲平了康有为、梁启超的祖坟，还处死了一些高官。作为文的后台，陈宝箴受到牵连也就自然了。