以下内容充满了我个人的或过度或片面的解读，如果不同意，就当楼主在放屁。
最近看到有关东方project系列所要表达的核心思想的讨论，某些评论给出了相当负面的评价。虽然我并不赞同，但也让我开始思考这个问题：“zun二十年如一日地创作东方系列，他是否有一个想要表达的主旨思想？”
最终，我在秘封组的故事中找到了答案。文章有些长，勿插楼。
秘封健身俱乐部
镇楼

在《鸟船遗迹》的故事中，人类朝太空发射了“鸟船卫星”，上面搭载着各种动植物，以进行外星地球化环境改造的实验。可惜的是不久后发生了事故，鸟船失去控制，成为了停留在地月系拉格朗日点上被人遗忘的太空垃圾。
值得注意的是，在作为人类科技结晶的宇宙空间站上，梅莉发现了一个充满违和感的设计——鸟居。
Zun在文档中写到：“无论人类科学再怎么进步，最后还是会依赖于神明。”
乍看之下，zun认为人类的实践活动最终仍然会导向唯心主义，十分消极和悲观。可真的是这样吗？

　　让我们回过头来看《大空魔术》。这是我个人最喜欢的秘封专辑，zun的音乐充满了对太空的浪漫幻想。
　　故事中，人类的科学已经进步到了能够进行月面旅行的程度，甚至还能建造“卫星露天咖啡馆”这种不可思议的东西。但是，人类却仍然没有开始对月球另一侧，也就是所谓的月之暗面的探索，这让不禁让人有些诧异，在技术如此发达的“科学世纪”，人类仍然不能对月面另一侧展开探索吗？
　　——或者，只是不想呢？
　「梅莉：“这里写『另外，此次火星有人探测再次推延了』诶。”
　　莲子：“是吗。嘛，火星探测什么的怎样都好啦。
　　　　　 梅莉，首要的是号外报道的『月球旅行』的内容”」
梅莉莲子的这段对话展现了当时人们的心态，比起探索火星，人们更在乎在享有现有科学技术给他们带来的成果。
　　人类对于未知的探索止步不前。

　　最后是《伊奘诺物质》的故事。梅莉通过境界的能力将自己和莲子带到鸟船卫星上，却遭遇了怪物，受了伤。接受治疗后，医院得出的结论是“发烧导致神志不清造成梦游症状和看见其他世界的幻觉”
　　“人类一直以来都试图创造自然，将一切纳入自己的管理之下。到达否定无法管理的事物的存在的程度也只是时间问题。疾病也大致都确立了疗法。完全无法治疗的先天性的东西，则已经不视作疾病，而是认定为个性，使其变得能适应社会。
　　无法治疗的疾病，实际上已经“不存在”了。”
　　多么讽刺，在人人信仰科学的“科学世纪”，却不能用科学的方式对待与解决问题，只能盲目地将“未知”纳入“已知”之下。
　　人类的好奇心与求知欲，已荡然无存。

　　用于宇宙探索的卫星仅在发射数年后就被人遗忘；人们醉心于开展昂贵的月球旅行，在娱乐卫星上建造咖啡馆；不去研究尚未认知的事物，只会盲目地将其纳入已知的知识体系中。就连对月面另一侧的畅想，居然也仅仅只存在于两个“普通”的女大学生身上。
　　“如今，全日本都是神明的墓园。”
　　这是zun在《日本中の不思議を集めて》的附带文档中写下的话。
　　秘封世界的人们，丧失的并不是对神的信仰，也不是什么民俗文化的传承。他们失去的，是追寻真相与探索未知的勇气与动力。这个世界不止是神明的墓园，更是人类想象力的墓园。
　　《轮椅上的未来宇宙》的附带文档中，莲子说：“到头来，还没有能够超越霍金的物理学家也是个问题呢。”这并非是zun夹带私货，而是暗示在秘封组的世界，已经没有了以前那样愿意去想象、去探索的科学家。真是呜呼哀哉！

　　还记得CCTV10著名的节目《走近科学》吗？节目在开头总是会用玄乎其神的描述，激发我们的好奇心，吸引我们的注意。随着节目组和专家运用科学技术不断研究，一个个未知化为已知。最后得出的结果通常令我们有些哑然失笑，但人类社会发展进步的历史，不就是这样吗？
　　祖先曾经想象，云上有神仙。后来我们造出了飞机，知道了云上并没有神仙。祖先曾经想象，月亮上有嫦娥，后来我们登陆了月球，知道了月球上并没有嫦娥。但驱动着一代又一代人前仆后继，献身科学的好奇心与求知欲并非虚假。人们为想象力所驱动，运用科学方法去探究，去前进。
　　正如走近科学的副标题“从疑问开始”。
　　（当然，我们知道社会发展进步有其客观规律，生产方式是其决定力量。但践行这个客观规律的是一个个活生生的人，马哲也并没有否定人的意识的作用，而认为意识对物质有着反作用。）

　　回到题目，东方project系列的核心思想是什么？我相信看到这里的大家已然有答案。东方project就是zun所创作的《燕石博物志》，而我们就是《旧约酒场》中的爱好者。
　　虽然东方每一作所表达的东西都有所不同，但始终贯穿系列的，是想象力。Zun用自己对民俗文化的奇妙解构与天马行空的音乐创作，于科学研究之外，向我们展示了想象力的奇妙。祖先对于世界的奇妙想象，被他再“想象”了一次。
　　我认为zun想表达的，就是希望让我们不要忘记去想象，让我们去积极地想象，用这份好奇求知的热情去创作、去学习、去生活吧！不要让我们的世界变成“神明的墓场”，不要让我们的大脑成为想象力的墓场。

　　“无论人类科学再怎么进步，最后还是会依赖于神明。”的真正含义，是“无论人类科学再怎么进步，也不要忘记敢于求知的好奇心。”
　　世界是可解之谜，当我们脚踏实地的同时，也要去仰望星空。
　　以上

另一个可供精神进行寄托的乌托邦

承载那些逝去的旧时代的善良产物的博物馆

还有就是对现实的人为关怀的理想写照处

我有工程学位，我是在职程序员，但我就要在作品里大谈特谈超自然力量，诶我就是玩儿

其实我觉得zun的想法可能会比较简单，希望车万人多睡觉，少操心

首先很赞同楼主的说法
其次不存在过度解读，毕竟读者或者说玩家既是文学活动或者说游戏的参与者，又是意义的生产者，只要提出的观点有道理，哪怕与作者所表达的无关都不重要
实际上常常能在各个作品中看出来，zun所用到的最多的词就是马菠萝西，幻，就是幻想，也就是想象力。和楼主说的差不多
顺便说一句，很多人误以为zun很保守，甚至反对科学，实则不然。zun确实不激进，但是zun也是一个与时俱进的人（虽然慢一点），举例子比如zun开始反对上steam，反对手游，最终也看到了，虽然晚了点，但不至于是顽固守旧科学方面，zun多次提到要警惕科学发展，并不是就反对科学，在幻想乡还搞起了核聚变呢、登月呢，文文新闻还发文嘲讽“走路手机”呢，是反对移动互联网吗？显然是提醒各位朋友要合理利用科学，科学要发展，但是要谨慎，不能滥用