以下猜测建立在当时赤坂水平还没有下降的基础上。
我们可以看到弥子对石上的态度以修学旅行为分界线是截然不同的：
圣诞夜：姑且算是有点点吃醋。
148：大佛“这样不好，弥子马上要察觉到了”。
153：弥子“如果石上的交往对象是燕学姐的话，我还想为你们加油”。
164：虽然被誉为石弥圣经，但弥子对石上的态度只能算有所好转。
168：弥子很痛苦，被会长看到了。
修学旅行
178：提起石燕约会就痛苦。
179：整个人都不对。
180：著名的鼻子发酸，抑制不住的恋心。
修学旅行前弥子的恋心顶多算个萌芽，到了修学旅行后已经控制不住了，请问这段时间内发生了什么？
请看一下著名的182话：大佛看到弥子在看某个东西，然后马上去找石上问花信的事情，按照最简单的逻辑来推理弥子看的就是花信，只不过赤坂为了留个小悬念故意不画。那为什么弥子在陷入对石上的恋心无法自拔的时候要看花信，而且看的次数还不少不然不会引起大佛注意，最好的解释是她知道花信是石上送的。而由大佛的人设来看她不可能告诉弥子这件事，只能是弥子自己领悟到的，而根据弥子的感情表现来看时间段应该是164话之后到修学旅行之前。刨开早坂篇最重要的其实就是164和168两话。
先分析一下168话，为什么弥子会这么痛苦呢？如果说是因为大佛偷秘录的行为的话，弥子根本没看过秘录的内容怎么知道大佛这个行为不好？或者我们换一个角度，究竟弥子什么样的行为让从来没什么行动力的大佛突然下手偷秘录？我这里大胆推测一下，弥子已经猜到了送花信的是石上然后跟大佛说了这件事，没想到石燕党大佛根本不支持她的恋心，所以她才像天塌了一样痛苦。所以这一话把弥子知道花信的这个flag推到了168之前。
那么在164之后168之前究竟发生了什么让弥子领悟了真相？再回头看164你会发现一个比较明显的伏笔，那就是弥子断手写不好字所以让石上帮她抄笔记，既然有了石上的笔迹跟花信对一下不就清楚了吗？按照弥子年级第一的智商不至于这都察觉不到吧。
所以按照这个推论我还原的事实真相应该是：
148话大佛说的“弥子就要察觉到了”指的就是花信真相，因为她认为一旦察觉到了弥子很可能会恋心觉醒插足石燕。
164话弥子拿到了石上的笔迹，马上察觉到了花信真相。
168话弥子跟大佛说了这件事，大佛并没有支持闺蜜的恋心让弥子很痛苦，同时大佛害怕夜长梦多赶紧偷秘录加速推进石燕。
到了178话弥子的恋心已经藏不住了。

预言家，刀了

这样安排确实挺合适，毕竟花信能起到的作用顶多就是让弥子对石上改观，而现在弥子已经觉醒恋心对石上早就改观了，这个时候花信能发挥的作用已经很有限了

大佛究竟做错了什么，你们要这样黑她，要是这样大佛都快成反面角色了

确实这样就合理许多，石燕线结束之后，弥子很明显是已经知道了机密文件的事，但什么时候知道却不清楚，照理说这是个重要情节。
要是照这么考虑，168后弥子摘掉石膏也就可以解释了，本来弥子使唤石上就是因为平时积累的不满，如果弥子知道了石上以前帮助过她，就会产生心态上的转变——这家伙其实没有亏欠我那么多。
弥子拆掉石膏、决心不插手石燕，有可能是因为知道了花信才发生的转变
（不过前提是赤坂真的能想到这一层）

在一段单纯的感情中花信这类性质的东西只能起到锦上添花的作用，而如果起到决定感情的作用，这段感情就只是因为感动而非纯粹的心动了。

比较合理

虽然楼主的整体逻辑和思路非常到位，整个观感也非常流畅，但是我感觉不能太高看赤坂，他可能想不到第五层…

这个帖子很一阵见血呀 我插个眼 说中了回来刀预言家

有可能，不過這樣的話我會有點失望

花信起到伏笔铺垫作用，弥子对石上有感觉的起点是奉心祭，自己骨折成为主要转折，石上帮他抄写笔记的确让弥子联想到花信情况。也是因为弥子骨折期间石上一直被照顾，弥子的恋情由此转变，这也是大佛看到弥子后非常担忧的情况

我也觉得花信早拆了比较好，最好是弥子自己发现，一方面弥子很聪明，另一方面有石上抄笔记伏笔，最主要的是，后面弥子再也没提到过花信的事了，弥子猜到是石上但是还没确认也觉得没必要确认的可能性比较大