关于EVA零号机来源的问题，争论已久，在下也曾经和几位好友交流过，但始终没有一个确定的结果。
认为零号机来源于Adam的朋友主要证据是TV 21话中直子关于零号机的叙述：“这是人类利用亚当制造的东西，叫做 EVA（采用原Eva-Fans字幕组制作的字幕）”。
而认为零号机来源于Lilith的朋友则将证据集中在TV 14话的机体互换实验上律子与依吹的对话：“零号机和初号机的个体模式也极为相似，正因为如此才有可能同步”。
然而，在下从与白鸟君的交流中得知，以上两个都不能作为直接证据。
原EF字幕组在TV21话时的翻译并不很准确，准确的应为：“这是源自于亚当，但却由是我们人类制造出来的东西，名为EVA”这与原翻译的差异想必大家都能够看出来。原翻译几乎肯定了零号机就是来源于Adam，而准确翻译却没有如此肯定。
“个体模式（パーソナルパターン）”指的是：“驾驶员在操纵EVA时特有的神经波长模式”（见附图）
因此，律子和依吹的对话只能说明真嗣和绫波的精神波长模式相近（这是显然的，毕竟有遗传因子的相似）。
以此来作为初号机与零号机相似的证据显然是不合适的。

我们来看一看EVANGELION CHRONICLE里关于零号机的叙述：
原句：“だが、最终的に试作ボディはすべて破弃され、実用化されたEVAには、新たなボディが用いられている”
翻译：“正式使用的零号机采用的是不同于那些被全部废弃的实验体，而是一副全新的身体”
既然如此，我们可以尝试确定一下那些被废弃的实验体的来源。
只是，很遗憾，不论是NGE剧中，抑或是EVANGLEION CHRONICLE中都没有指出那些废弃品的来源。
于是，我们回到14话时候律子与依吹的对话。
“零号机和初号机的个体模式也极为相似，正因为如此才有可能同步”
虽然这句话没有直接说明零号机与初号机本身的相似，但是可以从中推断一下“零号机与初号机相似”这个假设的可行性。
“机体互换实验”的根本目的是为了日后Dummy System的开发。TV版第14话《SEELE，魂之座》中，律子和伊吹有如下对话：
“这样一来，那个计划也就可以继续实行了。”“是指Dummy System吧。”
从伊吹的反应中，我们得知“那个计划”指的就是日后NERV研制成功的Dummy Syste。
词本见下（请注意红色线框标注的部分）：
然而，Dummy System意味着残害丽的复制体，这是一种不人道的行为，就连身为开发者的律子自己也不认为这很值得骄傲。因此，零号机失控后的行为，在律子看来就变成了“零号机中残留的部分绫波的潜意识控制零号机替被人类百般利用的丽‘修理’自己”。而绫波的灵魂来自于Lilith，所以零号机核心里的是属于Lilith的意识。这也是为什么“个体模式相近”的真嗣通过了前两次接触，但在第三次接触链接A^10神经的时候失败了。
这就说明了律子是知道“零号机从侧面反映了丽（Lilith）的一部分意识（也就是身为Lilith的深层意识）”的。
顺便一说，Lilith深层意识的另一个翻译在TV 25话中。
在第25话里用一人目的丽来具象化的那个“本我”的声音——一而再再而三地在丽的心中呼唤着，让她“回来”，回归Lilith的本体，回归虚无的声音——是她的灵魂产生的最本源的意志，也就是源自于Lilith的部分在呼唤她放弃“绫波丽这个虚假的躯壳”。

好了，我们回到正题。
参考OriginalX对于此问题的回复（https://tieba.baidu.com/f?kz=709105401 ）中3L的叙述，由绫波产生的Dummy Plug对零号机是有效的。
换言之，零号机与[同样能够用由绫波产生的Dummy Plug操纵的]初号机很相似。
事实上，在原画设定资料本里，有提到“为了让零号机与绫波能够同步，在零号机的核心以及中枢部分采用了Lilith的组织”。而如若其他部分采用的是来自Adam的组织，试着想想一下那“被禁止的融合”吧。
所以，可以肯定，零号机不可能来自于Adam，很可能完全来自于Lilith，至少是有一部分是来自于Lilith的。