自己构筑的一个世界观，因为感觉百度到的解读都无法解释很多疑点，整个故事只有一条时间线，一个现实世界一个虚拟世界，拯救行动发生两次。
先画个时间线
A点就是小直实和小琉璃时间点，B点2037年大直实带回琉璃的量子精神的时间，D点为大直实醒来的未知时间
先说A到B这段时间，被量子计算机纪录，16岁的小琉璃和小直实约会，小琉璃被雷劈中脑死亡。小直实在大一使用量子数据修复神经的案例的动物实验。然后为了复活脑死亡的小直实努力奋斗，直到2037年
显然，上面提到的还只是理论知识，只能在动物身上实验，然后我们的小直实自己把自己当作小白鼠一直秘密的做着实验
B点2037年是个非常重要的一点，这是第一次营救开始。长大的直实进入量子计算机阿尔塔拉中的2027年去获取小琉璃的量子数据，来修复脑死亡的琉璃。这是第一次拯救，并没有后来的三脚乌鸦帮助，他成功偷出了琉璃的量子数据，救活了琉璃。
因为B到C作者并没有写发生了什么，但是我们根据后面直实复活的条件和阿尔塔拉修复程序发生的事来脑补剧情，虽然偷出量子数据救活了琉璃，但是阿尔塔拉修复程序为了进入不可控状态，影响了物质位面也就是现实世界。通过直实的复活条件推断出，直实是为了重要的人（琉璃）牺牲了自己（脑死亡）。
然后现在C时间点之后的情况，琉璃活了（直实脑死亡），教授的理论有了第一个在人身上成功的案例，证明理论可行。但是，量子计算机能够对物质世界进行影响，甚至造成伤害。这就有了结局那一幕
理论有了，实验有成功对象了，那么就有了后来的“国际记录机构月面研究所”。国际方面开始投资，记录全球的数据。为了不使量子计算机对现实世界影响发生在地面，所以把研究所建在月球也解释得通了。而琉璃为了救直实跟着上了月球。
接下来就是我们电影看到的整个完整的第二次拯救，救男主直实。
首先，三脚乌鸦是啥。动画最后直实醒来，看到琉璃，然后插入了一次乌鸦的画面。很多人就认为三脚乌鸦就是琉璃进入虚拟世界的化身。其实不是。
直实进入虚拟世界付出了代价，并且只是虚化的影像，而且不具备和量子计算机抗衡的力量。但是三脚乌鸦不一样，他有实体，能叼书，能被其他人看见，甚至能通过小直实的手制造黑洞。所以，我们可以把它理解为琉璃或者教授那边的软件组开发的一款能够抗衡，制约量子计算机自我修复程序的一个金手指，单机游戏的修改器。
我说过，2037年的直实进入虚拟世界是没带乌鸦的。那么前面的乌鸦是怎么来的呢？
其实就是D点的琉璃通过乌鸦这个修改器对整个A-C这个被量子计算机阿尔塔拉记录的时间线的一个修改，最后达成直实为了救重要的人（认可自己的过去的自己）牺牲，达到和前面救重要的人（琉璃）而牺牲的一种精神状态。从而用乌鸦把这段数据带出来复活直实。
这也就是我们电影中看到的整个剧情，都是第二次拯救。第一次拯救属于隐藏线，记录在量子计算机阿尔塔拉中。
几个疑点答疑
1，最后小直实和小琉璃是否去到了阿尔塔拉创造的新的世界,？
并没有。他们是去到了一个由琉璃创造的新虚拟世界，有了金手指的琉璃，要在无限内存的阿尔塔拉中创造一个世界非常简单。
2，为什么小直实说是一个没人知道的新世界？
有两点依据，一是我们前面看到的，大直实拿的笔记本是有字的，但是小直实穿越的时候看到的确实没字的。这一点说明了新的虚拟世界里面他们的未来并没有被记录。二是三脚乌鸦的羽毛消散。在阿尔塔拉建立到2037年这个阶段，量子计算机都是属于跑记录的数据，怎么记录就怎么跑，甚至未来也一样，有记录就跑记录。但是没有记录的世界，那就真的属于一方新世界。
3，为什么不是最初脑死亡的就是直实？
因为在前面男主就提到过，阿尔塔拉记录了一切数据，虽然只有一个京都。那么要跑数据，而且不引起阿尔塔拉的自我修复，那么一开始脑死亡的只能是记录在案的琉璃，而不是直实，否则直接就能数据崩溃了。
4，结尾在月球，写着国际记录机构能说明什么？
还是前面说的，一项意义长远的科技，有了成果，那么必定会有大量支持。能在月球建基地只要那个时候科技力量够，那就不是什么难事。至于有人说这项科技有啥用。那可得好好说下了，医学上认为人死亡就是大脑死亡开始，这项技术成功直接能救活无数意外死亡的人。甚至于如果加入克隆技术，那是被炸得飞飞湮灭都可以复活的。当然，老死的可能不能通过这个复活。
5，三脚乌鸦为什么不能是琉璃而是金手指？
在月球建研究所的目的就是为了量子计算机不影响物质世界，之前没有能够和阿尔塔拉抗衡的软件才导致它能够影响到物质世界。而有了金手指单机游戏还能让你不能通关？
后一点，琉璃最后说终于成功了，说明救男主，想了肯定不止一次，实验了不止一次。至于期间有哪些磨难，就自己脑补咯
纯属个人观点，如有疑问可以提出我帮你想想

忘了说一个关键点

楼主分析的很对，关于为什么会重建在月球上，我认为是因为在第一次男主救人时引发了阿尔塔拉的失控，导致了在一座一线城市发生了世界被量子入侵的灾难，所以在后来重建时把阿尔塔拉建在了月球防止再次失控波及到人类文明引起什么巨大灾难

我曾经加过一个QQ群说过我的理解，没你的详细但大致差不多，结果被喷的那叫一个惨，一群人拿着b站不知道哪个小up主的观点怼我，直接无视原片里的关于量子力学的东西，还说什么“作者要是懂这些还来画漫画？”这种奇葩言论，还说什么“建月球根本就不重要，人家想建哪建哪”总之就是无视所有线索，然后得出最nt的结论

不过可惜，我又去逛了一圈，网上流行的男主在烟花大会被雷劈的言论依然盛行，唉

我刚看完，被带回去大琉璃（的身体）跟小直实在一起了

楼主补充的确实挺合理的，可能都是一次拯救，两次的话会更合理，也更好的解释了大女主年龄更大的问题，话说10年过去了为啥小女主没啥变化呢，奇怪

顶一下

问一下，小说和漫画在哪买？

刚看完电影，有不少疑问都被楼主解决了很奈斯

感谢楼主为我们提供了一个很新奇的思路。
我认为楼主的思路就是女主先被劈，男主为了救女主脑死亡，最后女主醒了又救了男主。
我认为楼主提供的思路是自洽的，不过，我有一个比较含糊的问题，就是脑死亡的大直实在进入虚拟世界后的情景应该是怎样的？它又是怎么达到同调的呢？