紫苑·帕布利切柯和他老爹以复制整个地球和人类为代价换取玛达姆・欧雷优的帮助到东京与银见面，与银见面后以帮助银打开地狱之门出现某种东西为代价换来银实现让复制的苏芳作为一个普通人活在复制的地球上，并让复制的地球和人类稳定存在的愿望。这就是一开始紫苑说的交易和银说的实现了紫苑的愿望的真相。故事中的苏芳就是作为复制体稳定存在的实验品。最后的流星核被打碎一是为了让黑恢复能力，二是为了让复制的地球和人类变的稳定。
另一个事实是紫苑和银打开地狱之门最终会导致地球灭亡，也就是说人类灭亡是注定的未来。这从门出现之时琥珀就知道了，（以下为推测）进而组织也知道了，组织为了阻止地球的毁灭决议消灭所有契约者。这导致了南美事件和白的死亡，估计白也知道人类将灭亡的事实。第一季结束后黑也知道了这个事实所以决意杀掉银，阻止毁灭。作为组织一员的博士当然也知道，他和紫苑为了苏芳才要创造另一个人类的家园，一个正常的地球和人类世界。3号机关我怀疑根本就是组织的下属单位或者变种一类的，他们为了阻止毁灭而绑架了银。
在最后美国知道了这个秘密，认为日本要毁灭世界，所以联合世界各个强国占领了日本 ，并毁灭性的摧毁了组织。紫苑的愿望得以实现，所有的人类被复制（除了黑之外）登上了复制的地球这个诺亚方舟。黑的星星陨落（所以雾原未咲才说坚信黑还活着），并且使用了他的最大化的能力，但是银到底杀没杀死，毁灭到底被阻止没有却不知道，因为地狱之门还是被打开了，有个东西还是出来了。可能是黑用能力改变了银的内部什么的就不知道了，从最后黑不知所踪，冒出来的新银是个男孩，我想是不是两人融合了。

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