明初，兵部只负责传达政令，“尚书掌天下武卫官军选授、简练之政令”，没有参与军队指挥的权利，但到明末大规模战争时，兵部干预武将指挥战局的事例比比皆是。
《明史·陈新甲传》也详细的记载了兵部尚书陈新甲干预松山会战的情况：
“时锦州被围久，声援断绝。有卒逸出，传祖大寿语，请以车营逼，毋轻战。
总督洪承畴集兵数万援之，亦未敢决战。帝召新甲问策，新甲请与阁臣及侍郎
吴甡计之，因陈十可忧、十可议，而遣职方郎张若麒面商于承畴。若麒未返，新甲请分四道夹攻，承畴以兵分力弱，意主持重以待。帝以为然，而新甲坚执
前议。若麒素狂躁，见诸军稍有斩获，谓围可立解，密奏上闻。新甲复贻书趣承畴，承畴激新甲言，又奉密敕，遂不敢主前议。若麒益趣诸将进兵。诸将以
八月次松山，为我大清兵所破，大溃，士卒死亡数万人。”
松山会战本不该轻易出击，洪承畴认为应该稳扎稳打，逐步解决清军围困锦州的困难局面，而兵
部尚书陈新甲武断干预，催促其贸然出击，导致明军大败。

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起初五军都督府事务兵部不得过问，后来五军都督府各事务皆由兵部最后定夺，“它只不过是兵部等文官各部管理军事的中
介机构。”
明朝初年，地方卫所将领的选拔、更替皆有五军都督府负责，后来，
“凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，行奏过送兵部奏请定夺。……
后行奏俱改属兵部。”
到明朝末年，都司卫所任命官员连呈送五军都督府的步骤都直接省去，这使五军都督府彻底丧失了武将官员的选拔任命权。

兵部负责统筹，督抚负责在制定具体战术，总兵等将官负责执行，此外还有监军御史太监负责监察。
兵部有兵部的考虑，需从全局出发，松锦大战的时候，河南湖广局势岌岌可危，明朝急于从辽东抽身，更重要的是，调集八镇之兵，千里馈粮，师老饷匮，不待战败，将自败。
前线洪承畴进退两难，而张监军意气风发，恨不得直抵锦州城外，解围歼敌，而八路总兵也各怀鬼胎，如此自上而下，各打各的算盘，这仗能赢才怪。(朱仙镇之战也差不多是这样)