主要优点：
英文文献兼容性好，可以通过Internet到Pubmed直接检索后保存到数据库中或者读入各种格式的medline检索的结果。
其他的优点有：
1、根据杂志的要求自动生产参考文献，所以在写文章的时候你再也不要考虑如何根据杂志的要求进行排版了。
2、随时调整参考文献的格式。使用这些软件可以在需要的时候随时调整参考文献的格式。
3、方便自己查找文献。可以把自己读过的参考文献全部输入到Endnote里头，这样在查找的时候就非常方便。
4、参考文献库一经建立，以后在不同文章中作引用时，既不需重新录入参考文献，也不需仔细地人工调整参考文献的格式。而且参考文献很多情况下可以直接从网上下载导入至库中，很方便。可谓一劳永逸。
5、对文章中的引用进行增、删、改以及位置调整都会自动重新排好序。文章中引用处的形式(如数字标号外加中括号的形式，或者是作者名加年代的形式，等等) 以及文章后面参考文献列表的格式都可自动随意调整。这对修改退稿准备另投它刊时特别有用。
6、EndNote处理中文有点问题，主要是显示不正确，但其功能不受影响。实际上，真正的不方便之处在于中英文混合引用的时候。这时，由于习惯不同，中英文文献格式会出再混乱。比如，某个文献的多位中文作者排列时出现类似“刘某某,张某某,et al”字样而不是中文习惯里的“刘某某、张某某，等”字样。
7、与WORD的真正协同功能。安装了EN后，自动在WORD中建立了一个新的工具栏，我们在写作时最常用的几项功能都只需简单点击这个工具栏即可。
在这里，我们要对Endnote的基本使用方法做一个大概的了解。而且所介绍的内容基本上借鉴了一些旧帖中的内容。由于本人水平所限，一定有不妥错误之处，希望多多批评，多多指正！